AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons010_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238296
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG001	300	DNA polymerase III, subunit beta (dnaN)
#1	MG014	239	ABC transporter, ATP-binding protein
#2	MG015	46	ABC transporter, ATP-binding protein
#3	MG017	65	ATP-dependent RNA helicase, putative
#4	MG018	188	ATP-dependent RNA helicase, putative
#5	MG019	41	heat shock protein (dnaJ)
#6	MG200	251	dnaJ-like protein
#7	MG205	35	transcription repressor (hrcA)
#8	MG305	87	heat shock protein 70 (dnaK)
#9	MG309	53	lipoprotein, putative

Motif 1
TATATAACAGAAATTAATGATATTTTACATATGTACT	0	35	0
TATTTTGGTTAAATTAAAATTGTTATAATAATTAGTT	1	168	0
         AAAATTAGCTGTTTTGATTATAAAAACT	1	221	0
AGCTGATCAAAAATTAATAATGTTTGTCTTTCAACAC	3	22	0
CTTAGAGTGTTAATTATAATTCTTGCT          	5	0	0
 AACAAACTTTAATTAGCACTTTTAGTGTTTGAGTGC	8	9	1
GATAAGAATCAAATTGCGCTTTTTAAAACTGTTTTTG	4	132	1
TTTATGAACAAAATTATAGACATTTTAGTTCTTATAA	0	140	1
     TGAAGTAATTAATCTCTTTAAAATCTTTCAAG	2	24	0
CATTTATGCTTAATTATAAGCTTTTTATGAACAAAAT	0	117	1
TTCTTATAATAAATAATAGATATTAAAGAAAATAAAA	0	168	1
       ATAAATTTAATAGTGTTGAAAGACAAACAT	3	3	1
TAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTAAGCATTTAT	0	87	1
  AGCAGTAATAATTACATATGTACATAGTACATATG	0	8	1
TTTCCAAGATTAATAAGCTGTTTTTTTTCAATTAAAA	6	87	1
ACTATCTAGTTAATTAATAAAATTATACTTACTCTGA	6	214	1
   TTCTGCTAAATCAATGGTTTTGTAATCATCAAAA	4	164	0
AGGGTTATGATATTTATTTCTATTTTTTTATTTTCTT	0	193	0
ATAAATTTTAAAATTATTGAAATTTTTGACTGTGCA 	9	27	1
ATACTCTCTAAAATAGATACTATTATATATAACAGAA	0	60	0
GATTTTTATTTAATTGGCAGTGATGAATCTGGCAAGG	6	157	0
AATTACTGAGTAATTGTTATTGATCTAAAAAAAAAGT	8	60	1
TCACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTTTGATTAAG	0	250	0
AATCTATTTGAAATAATTCTTCATAAAACCTTTGTAG	4	63	0
GATAACCCAGAAATTAATACTTAATCAAAAATGAAAA	0	231	1
ATAATTTTAAAATTTATATTTTTATTATTACCAC   	9	7	0
GAATTATTTCAAATAGATTATTTAAGAAGATTTGAAA	4	81	1
          ******    * **  *
MAP Score: 25.9276

Motif 2
ATGTCTATAATTTTGTTCATAAAAAGCTTATAATT	0	128	0
TTCAATTCACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTT	0	258	0
GTTGCAACTATCTAGTTAATTAATAAAATTATACT	6	208	1
ATTAAGCATTTATGCTTAATTATAAGCTTTTTATG	0	111	1
CTTTAATATCTATTATTTATTATAAGAACTAAAAT	0	161	0
ATTTTAACAGTTTTTATAATCAAAACAGCTAATTT	1	213	1
TTTTTAAAACTGTTTTTGATGATTACAAAACCATT	4	151	1
GAGTGCTAATTTTTGTTTATAATTACTGAGTAATT	8	40	1
         GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTT	9	1	1
CTTTGTTTTATTTAGCTGATCAAAAATTAATAATG	3	37	0
TGCTTAATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAA	0	84	0
CCTTTGTAGTGCTTGTTCATAAAAAAGTAAACGGT	4	37	0
TAAATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAAATACC	1	161	0
     ACTTTTTTTTTAGATCAATAACAATTACTC	8	67	0
TTAGTGCTGTTTTAATTGAAAAAAAACAGCTTATT	6	98	0
GAGGGGTATTTTGGTTAAATTAAAATTGTTATAAT	1	176	0
TATCTAATTTTATCTTTTAACAATAACCAGC    	7	6	0
CCCAGAAATTAATACTTAATCAAAAATGAAAATAT	0	236	1
TGCATCCTTAGAGTGTTAATTATAATTCTTGCT  	5	8	0
ACTTGTAAATTTTCCAAGATTAATAAGCTGTTTTT	6	77	1
TTATACTTACTCTGATTGATTCTTA          	6	236	1
ATAGTACATATGTAAAATATCATTAATTTCTGTTA	0	33	1
          * *  ** ** ****
MAP Score: 23.0927

Motif 3
ACTATTATATATAACAGAAATTAATGATATTTTACATATGT	0	38	0
AGCTGTTTTGATTATAAAAACTGTTAAAATTCGAGGGGTAT	1	202	0
TAAGCTTTTTATGAACAAAATTATAGACATTTTAGTTCTTA	0	133	1
AAATTTTAAAATTATTGAAATTTTTGACTGTGCA       	9	29	1
GAAAATATTAATTAATAAAAGTGAATTGAATAAAATTTTGG	0	263	1
TATCTAGTTAATTAATAAAATTATACTTACTCTGATTGATT	6	216	1
     GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTG	9	5	1
AATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAATAGATACTATT	0	73	0
CTTATAATAAATAATAGATATTAAAGAAAATAAAAAAATAG	0	170	1
GGTTATTGTTAAAAGATAAAATTAGATAACTA         	7	13	1
AAATTAATACTTAATCAAAAATGAAAATATTAATTAATAAA	0	241	1
GGTATTTTGGTTAAATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAA	1	166	0
CATTAAAGATAAGAATCAAATTGCGCTTTTTAAAACTGTTT	4	125	1
CTCAGTAATTATAAACAAAAATTAGCACTCAAACACTAAAA	8	29	0
       AGCAAGAATTATAATTAACACTCTAAGGATGCAA	5	3	1
TTAGCACTCAAACACTAAAAGTGCTAATTAAAGTTTGTT  	8	8	0
          AGCAGTAATAATTACATATGTACATAGTACA	0	0	1
          ** *   *** *    * * *
MAP Score: 17.6428