AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons011_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238311
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG194	300	phenylalanyl-tRNA synthetase, subunit alpha (pheS)
#1	MG196	58	translation initiation factor 3 (infC)
#2	MG449	260	conserved hypothetical protein

Motif 1
TTGAAAGCGTATCTTTTATTAATGAATGTG	0	32	1
GGAACTAAGCAACTATTATTTAAACACAGC	0	61	1
AAAGCGTGTAATTTTTTATTAAAAGCGATT	0	92	1
AGTCATGTTAATCTTTTATTTCTGTTCCCA	0	125	0
TTTGTCAAAAAGCTTTTTTTGTGCAATTTA	0	180	0
TACAAAAAATAACTATTTTTTTGTCAAAAA	0	199	0
TAACAAACTAAACTATTATTGTTACTTAAT	0	243	1
         GAAGTTATATTAATTGTGCTA	0	289	0
AATAGTTGGTAACTATCTTGATAGTAATAA	1	16	0
GATAGTTACCAACTATTTTGTTAGTAAAAC	1	29	1
   TTGTATTAAGTTTTACTAACAAAATAG	1	41	0
        CTAACTTTTATGTTTGATATAT	2	2	1
TTTTGTTTCTATCTTTTATCGTAAAGAAAC	2	39	1
CAGTTTTTTAATGTTTCTTTACGATAAAAG	2	51	0
ACAAAGACTGAAGTTTTTTTGTTAATGATG	2	134	1
TACTGGTTTTAACTTTTTTAATATCAAAAA	2	174	1
AACTTCTTAAAACTTTTTTTGATATTAAAA	2	189	0
AAGTTTTAAGAAGTTTTTTTATCACACCGC	2	204	1
          **********
MAP Score: 30.4806

Motif 2
AAAAGCGTGTAATTTTTTATTAAAAGCGATTTAGT	0	91	1
TTGTCAAAAAGCTTTTTTTGTGCAATTTAGTAGAT	0	174	0
AAAAATAACTATTTTTTTGTCAAAAAGCTTTTTTT	0	190	0
ACAAAAAAATAGTTATTTTTTGTAATTGCTTAATT	0	205	1
ATAATAGTTTAGTTTGTTATTAAATTAAGCAATTA	0	227	0
GTTACTTAATGATTTTTTGATCTATATAGCACAAT	0	263	1
GTTACCAACTATTTTGTTAGTAAAACTTAATACAA	1	33	1
       CTAACTTTTATGTTTGATATATCTAAAG	2	3	1
ATATCTAAAGATTTTGTTTCTATCTTTTATCGTAA	2	28	1
CCAAACATACAGTTTTTTAATGTTTCTTTACGATA	2	55	0
AGTCTTTGTCATTTTGTTGGCGTAAAGTTGTTTCA	2	108	0
CAAAGACTGAAGTTTTTTTGTTAATGATGCAAATA	2	135	1
ACTGGTTTTAACTTTTTTAATATCAAAAAAAGTTT	2	175	1
AGTTTTAAGAAGTTTTTTTATCACACCGCTTTAAT	2	205	1
          * ******  *  **
MAP Score: 23.9393

Motif 3
TAAACACAGCAAAAGCGTGTAATTTTTTATTA	0	81	1
ATTTTTTATTAAAAGCGATTTAGTGGGAACAG	0	102	1
GAACAGAAATAAAAGATTAACATGACTTTATA	0	128	1
CATGACTTTATACAACTTCTGTTCCCATCTAC	0	148	1
TTTTTTGTCAAAAAGCTTTTTTTGTGCAATTT	0	181	0
CTTTTTGACAAAAAAATAGTTATTTTTTGTAA	0	198	1
TATTGTTACTTAATGATTTTTTGATCTATATA	0	259	1
ATTTTGTTAGTAAAACTTAATACAA       	1	43	1
TTGATATATCTAAAGATTTTGTTTCTATCTTT	2	23	1
GTAGAAGTGAAACAACTTTACGCCAACAAAAT	2	101	1
TCATTAACAAAAAAACTTCAGTCTTTGTCATT	2	130	0
TTTAATATCAAAAAAAGTTTTAAGAAGTTTTT	2	190	1
GGTGTGATAAAAAAACTTCTTAAAACTTTTTT	2	200	0
          ******** * *
MAP Score: 2.85053