AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons011_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238319
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG194	300	phenylalanyl-tRNA synthetase, subunit alpha (pheS)
#1	MG196	58	translation initiation factor 3 (infC)
#2	MG449	260	conserved hypothetical protein
#3	MG450	158	conserved hypothetical protein
#4	MG451	52	elongation factor Tu (tuf)

Motif 1
TTGAAAGCGTATCTTTTATTAATGAATGTGGA	0	32	1
GGAACTAAGCAACTATTATTTAAACACAGCAA	0	61	1
TTTGTCAAAAAGCTTTTTTTGTGCAATTTAGT	0	178	0
TACAAAAAATAACTATTTTTTTGTCAAAAAGC	0	197	0
TAACAAACTAAACTATTATTGTTACTTAATGA	0	243	1
AATAGTTGGTAACTATCTTGATAGTAATAAGT	1	14	0
GATAGTTACCAACTATTTTGTTAGTAAAACTT	1	29	1
        CTAACTTTTATGTTTGATATATCT	2	2	1
TTTTGTTTCTATCTTTTATCGTAAAGAAACAT	2	39	1
GCCAAACATACAGTTTTTTAATGTTTCTTTAC	2	59	0
ACAAAGACTGAAGTTTTTTTGTTAATGATGCA	2	134	1
TACTGGTTTTAACTTTTTTAATATCAAAAAAA	2	174	1
AACTTCTTAAAACTTTTTTTGATATTAAAAAA	2	187	0
AAGTTTTAAGAAGTTTTTTTATCACACCGCTT	2	204	1
   TGAGGATCGCTTTTTTAGTTGATTCTGTC	3	7	1
ACATAGAGATGACTATTTTTATCTTCCTTTAG	3	45	0
CCTGATTTGAATGTTTCTTGGTGTTCAGCAAT	3	102	0
GCTTATCTTAAACTTATTTAAAATTAACAACA	4	18	1
          *********  *
MAP Score: 27.9049

Motif 2
TGAAAGCGTATCTTTTATTAATGAATGTGG	0	33	1
AAGCAACTATTATTTAAACACAGCAAAAGC	0	67	1
AAGCGTGTAATTTTTTATTAAAAGCGATTT	0	93	1
TCAAAAAGCTTTTTTTGTGCAATTTAGTAG	0	176	0
AAATAACTATTTTTTTGTCAAAAAGCTTTT	0	193	0
AAAATAGTTATTTTTTGTAATTGCTTAATT	0	210	1
TACTTAATGATTTTTTGATCTATATAGCAC	0	265	1
AGTTACCAACTATTTTGTTAGTAAAACTTA	1	32	1
AGAAACAAAATCTTTAGATATATCAAACAT	2	19	0
TTTGTTTCTATCTTTTATCGTAAAGAAACA	2	40	1
AAACATACAGTTTTTTAATGTTTCTTTACG	2	58	0
CAGTCTTTGTCATTTTGTTGGCGTAAAGTT	2	114	0
AGACTGAAGTTTTTTTGTTAATGATGCAAA	2	138	1
TGGTTTTAACTTTTTTAATATCAAAAAAAG	2	177	1
TTTAAGAAGTTTTTTTATCACACCGCTTTA	2	208	1
        TATTTTTAATGAAGGATAGTTT	2	248	0
GAGGATCGCTTTTTTAGTTGATTCTGTCAG	3	11	1
TTGTTTAAATTATGTTGTTAATTTTAAATA	4	32	0
          **********
MAP Score: 14.9185

Motif 3
ATGTGGAACTAAGCAACTATTATTTAAACAC	0	57	1
CGCTTTTAATAAAAAATTACACGCTTTTGCT	0	88	0
ACATGACTTTATACAACTTCTGTTCCCATCT	0	147	1
TTTTTTTGTCAAAAAGCTTTTTTTGTGCAAT	0	183	0
CTTTTTGACAAAAAAATAGTTATTTTTTGTA	0	198	1
TTATTAAATTAAGCAATTACAAAAAATAACT	0	215	0
TATATAGATCAAAAAATCATTAAGTAACAAT	0	260	0
TAAAAGATAGAAACAAAATCTTTAGATATAT	2	26	0
TTTTATCGTAAAGAAACATTAAAAAACTGTA	2	52	1
AAGAAACATTAAAAAACTGTATGTTTGGCAT	2	62	1
AGTAGAAGTGAAACAACTTTACGCCAACAAA	2	100	1
ATCATTAACAAAAAAACTTCAGTCTTTGTCA	2	132	0
TTTAATATCAAAAAAAGTTTTAAGAAGTTTT	2	190	1
CGGTGTGATAAAAAAACTTCTTAAAACTTTT	2	202	0
TATATTATTGAAACAATTGCTGAACACCAAG	3	87	1
          ******** **
MAP Score: 11.6074

Motif 4
AAGCGTATCTTTTATTAATGAATGTGGAACTAA	0	36	1
AAGCGTGTAATTTTTTATTAAAAGCGATTTAGT	0	93	1
TGTAATTGCTTAATTTAATAACAAACTAAACTA	0	225	1
ACTATTATTGTTACTTAATGATTTTTTGATCTA	0	254	1
TACCAACTATTTTGTTAGTAAAACTTAATACAA	1	35	1
    CTAACTTTTATGTTTGATATATCTAAAGA	2	6	1
AAGACTGAAGTTTTTTTGTTAATGATGCAAATA	2	137	1
TGGTTTTAACTTTTTTAATATCAAAAAAAGTTT	2	177	1
TTTTAAGAAGTTTTTTTATCACACCGCTTTAAT	2	207	1
TTTACCGCTTTATATTATTGAAACAATTGCTGA	3	77	1
          *** *** * ***
MAP Score: 0.831846

Motif 5
GAACTAAGCAACTATTATTTAAACACAGCAAAAGC	0	62	1
TTTATCGTAAAGAAACATTAAAAAACTGTATGTTT	2	53	1
CATCATAGGAAGTAGAAGTGAAACAACTTTACGCC	2	90	1
AGTTTTTTTGTTAATGATGCAAATAGAATTACTGG	2	145	1
TTTTAACTTTTTTAATATCAAAAAAAGTTTTAAGA	2	180	1
AGTAATCTAAAGGAAGATAAAAATAGTCATCTCTA	3	39	1
TTTACCGCTTTATATTATTGAAACAATTGCTGAAC	3	77	1
TAAAATTAACAACATAATTTAAACAA         	4	36	1
          *  *  *** *****
MAP Score: 0.560759