AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons012_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238328
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG077	233	oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB)
#1	MG081	55	ribosomal protein L11 (rpl11)
#2	MG227	300	thymidylate synthase (thyA)
#3	MG232	92	ribosomal protein L21 (rpL21)
#4	MG238	29	trigger factor (tig)
#5	MG239	68	ATP-dependent protease La (lon)
#6	MG457	177	cell division protein (ftsH)
#7	MG459	172	conserved hypothetical protein

Motif 1
ATGTAGTTCAAACCAAAAAAACCCAAATCG	6	140	1
GTGGCTCCCCAGCCAAAAAAACAACCACCT	2	167	1
TTGTTTTGTAATCCAAAAAAAGTAAATTCA	7	109	0
CCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCT	0	176	1
GGATATTTGAAGTCAAAAAACTGTTGCCTG	7	81	1
ACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTTT	0	211	0
TATTAAAGTGAACCAAAATAAAATTGAAGT	7	30	0
TAAAATGTTTATTAAAAAAACAAAATAAAA	2	238	1
TTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAAT	0	22	0
CTTTTAAGTAAACATAAAAAGATAATTTTC	6	55	1
TTTTTTGGATTACAAAACAACACTGTTATT	7	119	1
TTAAGATAGTTTTAAAACAAGTAATTCTAA	3	32	0
 TTTAAAATTTTCCAAAAATGTGGGAGCTA	1	9	1
CTTCATTTGAAACCAAACATAAATTTAGTG	0	75	0
AAAACAAGTAATTCTAACAAATTCTAACTG	3	19	0
          **********
MAP Score: 12.9413

Motif 2
TTGGATTATAAATCCTGCTTTATTGTAATCA	0	105	1
GCTTTATTGTAATCATGCTTTAGATTTAGAA	0	121	1
TGTGGGAGCTAATTAAGCGTTTGTACCACAG	1	28	1
AACAACCACCTATCCTGCTTTACCAAACTCC	2	186	1
AACCGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAAC	2	244	0
        GAAATTGTCTTTTAGACAGGTTA	2	287	0
GAAATTCCCTAATTAACTTTTAAAT      	5	53	1
AAGTGACGAAAATTATCTTTTTATGTTTACT	6	61	0
GATATACTTCAATTTTATTTTGGTTCACTTT	7	25	1
CACTTTAATAAATTTTGCTTTGTCTAAATAA	7	50	1
CTGTTGCCTGAATTTACTTTTTTTGGATTAC	7	101	1
          **** ******
MAP Score: 12.2701

Motif 3
CACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGT	0	75	1
TAGAAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAACC	0	147	1
AAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTA	0	211	1
GCCATTATTGTTACCTTGTTTGCGATACCCT	2	55	0
TAGGTGGTTGTTTTTTTGGCTGGGGAGCCAC	2	167	0
AAACCGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAA	2	245	0
TTTGTTAGAATTACTTGTTTTAAAACTATCT	3	28	1
GAAAATTATCTTTTTATGTTTACTTAAAAGT	6	54	0
CGATTTGGGTTTTTTTGGTTTGAACTACATT	6	139	0
TACTTCAATTTTATTTTGGTTCACTTTAATA	7	29	1
TTAATAAATTTTGCTTTGTCTAAATAAGGAT	7	54	1
TTGCCTGAATTTACTTTTTTTGGATTACAAA	7	104	1
          ** ********
MAP Score: 11.1814

Motif 4
AGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAA	0	12	1
AAGCAGGATTTATAATCCAACTTCATTTGAAACCAA	0	89	0
AGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA        	0	215	1
TAGCAACACGTTTAATCCCAATTCTTCTGATAATAA	2	117	1
AAAACCGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAACATT	2	241	0
TGTGTTAAAATTTATTGAAATTCCCTAATTAACTTT	5	37	1
      AACAGATATTAAAATTTTATGCGTTGGTTC	6	4	1
TTTTCGTCACTTTATTAACACTTATTAGTTTCATTA	6	80	1
CCATTGGCAGTATAATTACAGTTAATGTAGTTCAAA	6	116	1
TATCTAGAGATATACTTCAATTTTATTTTGGTTCAC	7	17	1
TTTGGTTCACTTTAATAAATTTTGCTTTGTCTAAAT	7	43	1
          **** * * * **  *
MAP Score: 7.67539

Motif 5
TAAATCCTGCTTTATTGTAATCATGCTTTAGA	0	113	1
GCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAACCAGTACC	0	152	1
AAGAACCTGTTTTTTTCAGGTTCTCAGTTTTT	0	191	0
AGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA    	0	215	1
AAAACCGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAA	2	245	0
GCAGTTAGAATTTGTTAGAATTACTTGTTTTA	3	18	1
TGTGTTAAAATTTATTGAAATTCCCTAATTAA	5	37	1
GTTCAAGGCTTTTATTGCACTTTTAAGTAAAC	6	36	1
CCGATTTGGGTTTTTTTGGTTTGAACTACATT	6	139	0
ATACTTCAATTTTATTTTGGTTCACTTTAATA	7	28	1
CAGGCAACAGTTTTTTGACTTCAAATATCCTT	7	79	0
CTGAATTTACTTTTTTTGGATTACAAAACAAC	7	108	1
          ******* * **
MAP Score: 5.46252