AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MG/MG_operons012_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238347 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MG077 233 oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB) #1 MG081 55 ribosomal protein L11 (rpl11) #2 MG227 300 thymidylate synthase (thyA) #3 MG232 92 ribosomal protein L21 (rpL21) #4 MG238 29 trigger factor (tig) #5 MG239 68 ATP-dependent protease La (lon) #6 MG457 177 cell division protein (ftsH) #7 MG459 172 conserved hypothetical protein Motif 1 TAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAA 0 11 1 TATCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAG 0 72 1 AAGCAGGATTTATAATCCAACTTCATTTGAAAC 0 92 0 AAAGAACCTGTTTTTTTCAGGTTCTCAGTTTTT 0 191 0 CAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA 0 214 1 TAGCAACACGTTTAATCCCAATTCTTCTGATAA 2 117 1 ATTTTGTTTTTTTAATAAACATTTTAACAGTCA 2 231 0 TAAAACCGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAA 2 245 0 GAAATTGTCTTTTAGACAGGTTATACATTGTA 2 278 0 CTATTAAAGCAGTTAGAATTTGTT 3 1 1 TTTCAATAAATTTTAACACATTTCTTAGCACTC 5 24 0 CGCATAAAATTTTAATATCTGTT 6 0 0 GGTTCAAGGCTTTTATTGCACTTTTAAGTAAAC 6 35 1 AAATTATCTTTTTATGTTTACTTAAAAGTGCAA 6 50 0 TTTTCGTCACTTTATTAACACTTATTAGTTTCA 6 80 1 CACTTATTAGTTTCATTACCATTGGCAGTATAA 6 98 1 CCATTGGCAGTATAATTACAGTTAATGTAGTTC 6 116 1 CTATGTTAGTTTTTGACCGATTTGGGTTTTTT 6 155 0 TATACTTCAATTTTATTTTGGTTCACTTTAATA 7 27 1 TTTGGTTCACTTTAATAAATTTTGCTTTGTCTA 7 43 1 AGATGAGCGATATTATAATTATTTGTAACA 7 152 1 ******* * ** MAP Score: 13.4518 Motif 2 GCTCCCCAGCCAAAAAAACAACCACCTATC 2 170 1 TAGTTCAAACCAAAAAAACCCAAATCGGTC 6 143 1 TTTTGTAATCCAAAAAAAGTAAATTCAGGC 7 106 0 TTTTGGATTACAAAACAACACTGTTATTTA 7 121 1 AAATGTTTATTAAAAAAACAAAATAAAAAG 2 240 1 CTGAGAACCTGAAAAAAACAGGTTCTTTTT 0 196 1 TAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTTTTT 0 209 0 TTTAAGTAAACATAAAAAGATAATTTTCGT 6 57 1 AGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCTGA 0 178 1 CTTAAAAGTGCAATAAAAGCCTTGAACCAA 6 33 0 ATATTTGAAGTCAAAAAACTGTTGCCTGAA 7 83 1 AAGATAGTTTTAAAACAAGTAATTCTAACA 3 30 0 ********** MAP Score: 13.167 Motif 3 CCGATTTGGGTTTTTTTGGTTTGAACTACATT 6 139 0 CTGAATTTACTTTTTTTGGATTACAAAACAAC 7 108 1 AAAACCGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAA 2 245 0 ATACTTCAATTTTATTTTGGTTCACTTTAATA 7 28 1 TCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGT 0 74 1 TAGAAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAACCA 0 147 1 TAGGTGGTTGTTTTTTTGGCTGGGGAGCCACC 2 166 0 TTCACTTTAATAAATTTTGCTTTGTCTAAATA 7 48 1 AGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA 0 215 1 CGAAAATTATCTTTTTATGTTTACTTAAAAGT 6 54 0 CTATGTTAGTTTTTGACCGATTT 6 164 0 GCAGTTAGAATTTGTTAGAATTACTTGTTTTA 3 18 1 *** ***** ** MAP Score: 10.4176 Motif 4 AGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATA 0 12 1 TGTGCTGATGTTCTTGATTATTTTATAAAAAAATG 0 30 0 CACATGATCTTTATCACTAAATTTATGTTTGGTTT 0 61 1 CAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA 0 214 1 GCTCCCACATTTTTGGAAAATTTTAAA 1 2 0 GTGGGTGTTTATACCTAACTTTTCACCTGACAT 2 8 1 TTTTGTTTTTTTAATAAACATTTTAACAGTCACTG 2 228 0 ATAAAACCGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAAC 2 244 0 TAATTAGGGAATTTCAATAAATTTTAACACATTTC 5 33 0 GGTTCAAGGCTTTTATTGCACTTTTAAGTAAACAT 6 35 1 GACGAAAATTATCTTTTTATGTTTACTTAAAAGTG 6 53 0 TAAAAAGATAATTTTCGTCACTTTATTAACACTTA 6 69 1 TTATCTAGAGATATACTTCAATTTTATTTTGGTTC 7 16 1 TTCAATTTTATTTTGGTTCACTTTAATAAATTTTG 7 32 1 AATAATTATAATATCGCTCATCTTTAAATAACAGT 7 140 0 ** * *** **** MAP Score: 8.10382 Motif 5 TATTTAAAGATGAGCGATATTATAATTATTTGTAACA 7 145 1 AACAGTTTTTTGACTTCAAATATCCTTATTTAGACAAAGCAAAA 7 62 0 CATCAGCACATGATCTTTATCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAA 0 55 1 GTCCCACCAGTGACTGTTAAAATGTTTATTAAAAAAACAAAATA 2 221 1 TCAAAGCTTGTGAGTGCTAAGAAATGTGTTAAAATTTATTGAAA 5 13 1 CTAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAA 0 4 1 AAAACTATCTTAATCCCTAATATATAAATTAGAAAGGCAACGGT 3 49 1 CACTTTTAAGTAAACATAAAAAGATAATTTTCGTCACTTTATTA 6 53 1 TTTTTTGGTTTGAACTACATTAACTGTAATTATACTGCCAATGG 6 116 0 ATAAAAGCCTTGAACCAACGCATAAAATTTTAATATCTGTT 6 7 0 TAAAATTTATTGAAATTCCCTAATTAACTTTTAAAT 5 42 1 GTCACTTTATTAACACTTATTAGTTTCATTACCATTGGCAGTAT 6 85 1 AGACAGGTTATACATTGTATAAAACCGCTTTTTATTTTGTTTTT 2 253 0 ATCTAAAGCATGATTACAATAAAGCAGGATTTATAATCCAACTT 0 102 0 TTTTTTGGATTACAAAACAACACTGTTATTTAAAGATGAGCGAT 7 119 1 ACTGAGAACCTGAAAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTA 0 195 1 *** * * * *** * MAP Score: 6.76391 Motif 6 TATCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGA 0 72 1 GTAATCATGCTTTAGATTTAGAAGCTGGTTA 0 129 1 AGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAACCAGTA 0 151 1 ATTTTGCTGTGGTACAAACGCT 1 43 0 GATAGGTGGTTGTTTTTTTGGCTGGGGAGCC 2 169 0 TAAAACCGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATA 2 247 0 TATTAAAATTTTATGCGTTGGTTCAAGGCTT 6 16 1 ATTTGGGTTTTTTTGGTTTGAACTACATTAA 6 137 0 TATACTTCAATTTTATTTTGGTTCACTTTAA 7 27 1 CTTTAATAAATTTTGCTTTGTCTAAATAAGG 7 52 1 TAAATAACAGTGTTGTTTTGTAATCCAAAAA 7 120 0 ***** ***** MAP Score: 5.72622 Motif 7 AATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAA 0 15 1 GCACATGATCTTTATCACTAAATTTATGTT 0 60 1 TTTAAAATTTTCCAAAAATG 1 0 1 ACCAGTGACTGTTAAAATGTTTATTAAAAA 2 226 1 TATTAAAGCAGTTAGAATTTGTTAGAATTA 3 11 1 GTTAGAATTTGTTAGAATTACTTGTTTTAA 3 21 1 AATTACTTGTTTTAAAACTATCTTAATCCC 3 36 1 AATTAAGTTAGCACTAGTAGATACAA 4 6 1 TAAGAAATGTGTTAAAATTTATTGAAATTC 5 30 1 AACAGATATTAAAATTTTATGCGTTGG 6 7 1 TCGTCACTTTATTAACACTTATTAGTTTCA 6 83 1 TACCATTGGCAGTATAATTACAGTTAATGT 6 114 1 GATGAGCGATATTATAATTATTTGTAACA 7 153 1 ********** MAP Score: 3.26345 Motif 8 TAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAA 0 14 1 TGGGTGTTTATACCTAACTTTTCACCTGACATCT 2 11 1 TTTGTTTTTTTAATAAACATTTTAACAGTCACTG 2 228 0 TGAAATTCCCTAATTAACTTTTAAAT 5 52 1 AACAGATATTAAAATTTTATGCGTTGGTTC 6 6 1 TCAAGGCTTTTATTGCACTTTTAAGTAAACATAA 6 38 1 TCTAGAGATATACTTCAATTTTATTTTGGTTCAC 7 19 1 ACTGTTGCCTGAATTTACTTTTTTTGGATTACAA 7 100 1 AGATGAGCGATATTATAATTATTTGTAACA 7 152 1 ** * ****** * MAP Score: 2.90851 Motif 9 AAATGGTACTGGTTACCTGAAACAAAAGTA 0 158 0 ATACCTAACTTTTCACCTGACATCTGAACA 2 20 1 ATGCCATTATTGTTACCTTGTTTGCGATAC 2 58 0 TACTACTAGGTTTCACCTGGTCAAGGAGAT 2 86 0 GTGGTTGTTTTTTTGGCTGGGGAGCCACCA 2 165 0 ATTTGGGTTTTTTTGGTTTGAACTACATTA 6 138 0 CTTTAATAAATTTTGCTTTGTCTAAATAAG 7 52 1 GTCAAAAAACTGTTGCCTGAATTTACTTTT 7 92 1 ********** MAP Score: 1.20381 Motif 10 GTTCTTGATTATTTTATAAAAAAATGATAC 0 26 0 GGTTCTCAGTTTTTTGGAAATGGTACTGGT 0 175 0 TTTTTATTTCTATTTAGTAA 0 223 1 AGCTCCCACATTTTTGGAAAATTTTAAA 1 8 0 GGACTGATGGAGTTTGGTAAAGCAGGATAG 2 195 0 ACTGTTAAAATGTTTATTAAAAAAACAAAA 2 233 1 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