AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons013_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238368
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG070	110	ribosomal protein S2 (rpS2)
#1	MG336	108	nitrogen fixation protein (nifS)
#2	MG433	85	elongation factor Ts (tsf)

Motif 1
      TCAATAAAACTCGATAATAACTAAAAGC	0	4	1
TTAAATAACTTTAATCTCATTGATTTTTTAAAGA	1	18	0
TTTAACAAGATAAAGATTCTTAATTTAAGTAAAT	1	65	0
TGCACTAAGCTTAATATTACTAATAAGATAGTAA	2	58	0
TAAAGTTATTTAAAGCTTATTGTTTAATTTACTT	1	39	1
TTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTATAACAATATTA	0	51	1
TTTTGGTAATTAATAATTTCTTATTTACTATCTT	2	34	1
        AGTTAAGAACAATTATTTTAATAATT	2	2	1
TAAAAGCCATAAAACCTTGGTTTTGTGGTTTTTA	0	31	1
AATTATTTTAATAATTTTGGTAATTAATAATTTC	2	20	1
          **** ***  * **
MAP Score: 9.05766

Motif 2
TTGTTTATAACAATATTATTGCAGTTTTAC	0	67	1
AAAGTTATTTAAAGCTTATTGTTTAATTTA	1	40	1
TTAACAAGATAAAGATTCTTAATTTAAGTA	1	68	0
TATTAATTACCAAAATTATTAAAATAATTG	2	19	0
TTCTTATTTACTATCTTATTAGTAATATTA	2	51	1
          **********
MAP Score: 2.98543

Motif 3
GGTTTTTAGCTTGTTTATAACAATATTATTGCAGTT	0	57	1
ATCTCATTGATTTTTTAAAGAGAACTTAA       	1	3	0
GAGATTAAAGTTATTTAAAGCTTATTGTTTAATTTA	1	34	1
TTGTTTAATTTACTTAAATTAAGAATCTTTATCTTG	1	58	1
AATCTTTATCTTGTTAAATTAATACTTAACTGGTTT	1	81	1
ATTACCAAAATTATTAAAATAATTGTTCTTAACT  	2	8	0
ATTTTGGTAATTAATAATTTCTTATTTACTATCTTA	2	33	1
          ** ** *** *  * *
MAP Score: 2.11197

Motif 4
TTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTATAACAATATTA	0	52	1
TTATTGCAGTTTTACTGCATAATGTAAAATTAC	0	82	1
TTTAATCTCATTGATTTTTTAAAGAGAACTTAA	1	10	0
TTATTTAAAGCTTATTGTTTAATTTACTTAAAT	1	44	1
TTAAGAATCTTTATCTTGTTAAATTAATACTTA	1	76	1
TTAAGAACAATTATTTTAATAATTTTGGTAATT	2	12	1
TTCTTATTTACTATCTTATTAGTAATATTAAGC	2	51	1
  TATTGCACTAAGCTTAATATTACTAATAAGA	2	64	0
          **  *** *****
MAP Score: 1.06944

Motif 5
AAACCAAGGTTTTATGGCTTTTAGTTATTA	0	24	0
GGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTATAACA	0	49	1
  GCTGTGTAATTTTACATTATGCAGTAAA	0	92	0
TTAAGTTCTCTTTAAAAAATCAATGAGATT	1	10	1
ATTAAAGTTATTTAAAGCTTATTGTTTAAT	1	37	1
TTAAAGCTTATTGTTTAATTTACTTAAATT	1	48	1
CAAGATAAAGATTCTTAATTTAAGTAAATT	1	64	0
AATCTTTATCTTGTTAAATTAATACTTAAC	1	81	1
GAACAATTATTTTAATAATTTTGGTAATTA	2	16	1
TAAATAAGAAATTATTAATTACCAAAATTA	2	31	0
TTATTAGTAATATTAAGCTTAGTGCAATA 	2	66	1
          **********
MAP Score: 1.0645