AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons013_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238371
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG069	300	PTS system, glucose-specific IIABC component (ptsG)
#1	MG070	110	ribosomal protein S2 (rpS2)
#2	MG335.2	58	conserved hypothetical protein
#3	MG336	108	nitrogen fixation protein (nifS)
#4	MG433	85	elongation factor Ts (tsf)

Motif 1
CATATGCTCTTTTAGTTGTTTTTGGAATTTT	0	27	1
AAGTCAAATCATTAGTAATTTGACCTTTCTT	0	119	0
GTTAATAAAATTTAGTAGTTTTAAA      	0	285	1
AATAAAACTAATTTGTTGTTTCTTTTTCATC	0	189	0
TTGACCTTTCTTTTGTTCTTTAAGTGAAATT	0	100	0
TTTTATGGCTTTTAGTTATTATCGAGTTTTA	1	14	0
TTTTGCTTGCAATAGTTTTTTTAATGCTAGG	0	219	1
AATTTTGGTAATTAATAATTTCTTATTTACT	4	32	1
GAACAATTATTTTAATAATTTTGGTAATTAA	4	16	1
TTACTATCTTATTAGTAATATTAAGCTTAGT	4	58	1
TTTTAAAATGTTTAATTATTAATATATAGCT	2	10	0
TTGGAATTTTATTAGTTCTAATTGGACTAGG	0	48	1
ATCTTGTTAAATTAATACTTAACTGGTTTA 	3	88	1
CTAAAAGAGCATATGTTGTTTGCATGCAACA	0	11	0
AAAACCTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTT	1	41	1
AATTCGATTATTTAATTTTATAAGACTTTTA	2	36	0
CTTTAATCTCATTGATTTTTTAAAGAGAACT	3	13	0
TTATTAAAATAATTGTTCTTAACT       	4	3	0
TCAATGAGATTAAAGTTATTTAAAGCTTATT	3	29	1
ACTGCAATAATATTGTTATAAACAAGCTAAA	1	61	0
          ******* ***
MAP Score: 24.5607

Motif 2
TGGACTAGGATTTTTATTTTGAGCTTTAAAAATTTC	0	70	1
AGTCAAATCATTAGTAATTTGACCTTTCTTTTGTTC	0	113	0
AGCTTATTGTTTAATTTACTTAAATTAAGAATCTTT	3	52	1
TTAAGAACAATTATTTTAATAATTTTGGTAATTAAT	4	12	1
ATTCGATTATTTAATTTTATAAGACTTTTAAAATGT	2	30	0
CTTTCTTTTGTTCTTTAAGTGAAATTTTTAAAGCTC	0	90	0
TACTATCTTATTAGTAATATTAAGCTTAGTGCAATA	4	59	1
CCATAAAACCTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTT	1	37	1
AATCTTTATCTTGTTAAATTAATACTTAACTGGTTT	3	81	1
ATTTTGGTAATTAATAATTTCTTATTTACTATCTTA	4	33	1
AAATGTTTAATTATTAATATATAGCT          	2	0	0
TTGCTTGCAATAGTTTTTTTAATGCTAGGAATAGGT	0	221	1
GCTCTTTTAGTTGTTTTTGGAATTTTATTAGTTCTA	0	32	1
GCAGTTTTACTGCATAATGTAAAATTACACAGC   	1	87	1
TCCTAAGCTGTTTGGTTAATAAAATTTAGTAGTTTT	0	271	1
ATAAAACTAATTTGTTGTTTCTTTTTCATCAACTCC	0	183	0
TTATGGCTTTTAGTTATTATCGAGTTTTATTGA   	1	7	0
AAGCTTTAAATAACTTTAATCTCATTGATTTTTTAA	3	21	0
TCTCATTGATTTTTTAAAGAGAACTTAA        	3	2	0
AACAACAAATTAGTTTTATTTTTGCTTGCAATAGTT	0	200	1
TGCAATAATATTGTTATAAACAAGCTAAAAACCACA	1	54	0
          **  **** * *  **
MAP Score: 14.4734

Motif 3
TGGACTAGGATTTTTATTTTGAGCTTTAAAAATTTCACTTA	0	70	1
GTCAAATTACTAATGATTTGACTTCCAATAACTCACTTAAA	0	126	1
AACAAATTAGTTTTATTTTTGCTTGCAATAGTTTTTTTAAT	0	203	1
TAAAACTCGATAATAACTAAAAGCCATAAAACCTTGGTTTT	1	14	1
CTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTATAACAATATTATT	1	46	1
AGCTATATATTAATAATTAAACATTTTAAAAGTCTTATAAA	2	10	1
     TTAAGTTCTCTTTAAAAAATCAATGAGATTAAAGTT	3	5	1
AGATAAAGATTCTTAATTTAAGTAAATTAAACAATAAGCTT	3	51	0
ACCAGTTAAGTATTAATTTAACAAGATAAAGATTCTTAATT	3	74	0
AATAAGAAATTATTAATTACCAAAATTATTAAAATAATTGT	4	18	0
AATTAATAATTTCTTATTTACTATCTTATTAGTAATATTAA	4	41	1
          *  * ****       *** *
MAP Score: 3.6276

Motif 4
AAACAACATATGCTCTTTTAGTTGTTTTTGGAATTTTATTAGTTC	0	21	1
TTGGACTAGGATTTTTATTTTGAGCTTTAAAAATTTCACTTAAAG	0	69	1
TTTTTAAGTGAGTTATTGGAAGTCAAATCATTAGTAATTTGACCT	0	124	0
AATAAAACTAATTTGTTGTTTCTTTTTCATCAACTCCCTCTAGGA	0	175	0
GCATTAAAAAAACTATTGCAAGCAAAAATAAAACTAATTTGTTGT	0	201	0
TCCCTTCCTAAGCTGTTTGGTTAATAAAATTTAGTAGTTTTAAA 	0	266	1
TTTATAACAATATTATTGCAGTTTTACTGCATAATGTAAAATTAC	1	70	1
          AGCTATATATTAATAATTAAACATTTTAAAAGTCT	2	0	1
ATAACTTTAATCTCATTGATTTTTTAAAGAGAACTTAA       	3	3	0
ATGAGATTAAAGTTATTTAAAGCTTATTGTTTAATTTACTTAAAT	3	32	1
TAAATTAAGAATCTTTATCTTGTTAAATTAATACTTAACTGGTTT	3	72	1
AGTTAAGAACAATTATTTTAATAATTTTGGTAATTAATAATTTCT	4	10	1
GTAATTAATAATTTCTTATTTACTATCTTATTAGTAATATTAAGC	4	39	1
          * ** ***      **      * *
MAP Score: 0.699653