AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons014_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238382
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG244	300	DNA helicase II, putative
#1	MG254	175	DNA ligase
#2	MG261	300	DNA polymerase III, subunit alpha (polC-2)
#3	MG263	115	conserved hypothetical protein

Motif 1
ATGTTATTTAATGTTCATTAACTAATTGATTAATTACAGCATTACT	3	77	0
GCTCTTGATGAAGTGGAAAAACTCATTAATTAATAACA        	0	272	1
CAAGTTTTAAATGAAGTTGAACTTGATGATATTAAAAAGATAACAG	2	157	1
TTTACAAGAGATACTGTCAAACACCTTTATGGTTCAAGAAAAACAC	0	154	1
          ATAAGCAAGAACAATCTAATTCTTTATTAGAATTTA	2	0	1
TATCTTAAAATTAACTTTTAACAAACTAATTGAAAACTTTATTTAA	3	28	1
GATCTATTTGAACGTACAAAACTTGAAGATACACAAGTTTTAAATG	2	124	1
AATTCTTTATTAGAATTTAAACGATTTCATCTAATAGTTCAAATCA	2	27	1
ACACTTTAAAATCAAAACCAACTAGCTTAAAAACCAACAATCAACC	0	198	1
AAAACCAACAATCAACCTGATCCAGCTAATTTACCAGGCGTAATAG	0	227	1
GAGCTTAGAAAAGAACTTGAACATACTTTTGAACCACAAACAAGAA	2	202	1
AGCCTAATGCAATAGCGATAACAATTAGAACCATAACAATTTTGAT	0	51	1
TACTAAATATTAAAGTAACAACGCAGATATAGTTCAATGGTAGAAC	1	23	1
ACAAACAAGAATGCAAATTAAGCGTGAAATTAAAGAAATAGAACGC	2	237	1
          **       ***    * **  *  *
MAP Score: 12.7675

Motif 2
TAGCGATAACAATTAGAACCATAACAATTTTGATTAGTTTTTT	0	63	1
TGTTTTTCAGAACTAAAACAAAAATAACCAATAAAAATCAGTT	0	108	0
GCTCTTGATGAAGTGGAAAAACTCATTAATTAATAACA     	0	272	1
        GCAAGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAAC	1	2	1
ATCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGTAAAATCCTGATTGGTA	1	109	1
TCTTTATTAGAATTTAAACGATTTCATCTAATAGTTCAAATCA	2	30	1
GTTCAACTTCATTTAAAACTTGTGTATCTTCAAGTTTTGTACG	2	136	0
GTTTTAAATGAAGTTGAACTTGATGATATTAAAAAGATAACAG	2	160	1
CTTAGAAAAGAACTTGAACATACTTTTGAACCACAAACAAGAA	2	205	1
ACAAGAATGCAAATTAAGCGTGAAATTAAAGAAATAGAACGCA	2	241	1
ATAGAACGCAAAATGAAACGTTCTAGTCGCTAATTG       	2	274	1
AACTTTAAATATCTTAAAATTAACTTTTAACAAACTAATTGAA	3	19	1
TTAACAAACTAATTGAAAACTTTATTTAACAAAGTAATGCTGT	3	45	1
          ** * **** *     *     *
MAP Score: 12.2822

Motif 3
GATAACAATTAGAACCATAACAATTTTGATTAG	0	67	1
CTTGTTTTTCAGAACTAAAACAAAAATAACCAA	0	120	0
GTGTTTTTCTTGAACCATAAAGGTGTTTGACAG	0	167	0
AACACACTTTAAAATCAAAACCAACTAGCTTAA	0	195	1
TAGCTCTTGATGAAGTGGAAAAACTCATTAATT	0	270	1
TAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAACGCAG	1	16	1
     TACTATAAATAAGAAAAATCCTGACTTA	1	157	0
ATTCTTTATTAGAATTTAAACGATTTCATCTAA	2	28	1
CACATATGGCAAAAGATAAAAAAAATAAGGTTG	2	71	1
TTGATCTATTTGAACGTACAAAACTTGAAGATA	2	122	1
GTACAAAACTTGAAGATACACAAGTTTTAAATG	2	137	1
AAGTTTTAAATGAAGTTGAACTTGATGATATTA	2	158	1
AGCTTAGAAAAGAACTTGAACATACTTTTGAAC	2	203	1
AACATACTTTTGAACCACAAACAAGAATGCAAA	2	221	1
   ATTTTTTAAAACTTTAAATATCTTAAAATT	3	7	1
AATTAGTTAATGAACATTAAATAACATTT    	3	96	1
          ***** * *** *
MAP Score: 10.1274

Motif 4
TAAATTAGTGAAAAAATTAAGCGCTTCGCTG	0	16	0
AATCAGTTGTAAAAAACTAATCAAAATTGTT	0	85	0
ACTAAAACAAAAATAACCAATAAAAATCAGT	0	109	0
GAAGTGGAAAAACTCATTAATTAATAACA  	0	281	1
GATTGGTATCAACTAAGTCAGGATTTTTCTT	1	144	1
 ATAAGCAAGAACAATCTAATTCTTTATTAG	2	9	1
GCAAAAGATAAAAAAAATAAGGTTGATGGAA	2	79	1
AGGTTGATGGAACAGAGCAATCAGTTGATCT	2	98	1
ATTAACTTTTAACAAACTAATTGAAAACTTT	3	37	1
AACTTTATTTAACAAAGTAATGCTGTAATTA	3	62	1
AATGTTCATTAACTAATTGATTAATTACAGC	3	83	0
          ****** ****
MAP Score: 8.73994

Motif 5
TTTAGTTCTGAAAAACAAGCTTTACAAGAGATACTG	0	134	1
ATGGTTCAAGAAAAACACACTTTAAAATCAAAACCA	0	182	1
TAAAATCAAAACCAACTAGCTTAAAAACCAACAATC	0	204	1
GATGAAGTGGAAAAACTCATTAATTAATAACA    	0	278	1
GCAAGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAACG	1	10	1
CCTGATTGGTATCAACTAAGTCAGGATTTTTCTTAT	1	141	1
ATAAGCAAGAACAATCTAATTCTTTATTAGAATTTA	2	10	1
AAACTTGAAGATACACAAGTTTTAAATGAAGTTGAA	2	142	1
CTTTTGAACCACAAACAAGAATGCAAATTAAGCGTG	2	227	1
TTAACTTTTAACAAACTAATTGAAAACTTTATTTAA	3	38	1
TTTAATGTTCATTAACTAATTGATTAATTACAGCAT	3	81	0
          * ******* *    *
MAP Score: 7.33697

Motif 6
TTAGAACCATAACAATTTTGATTAGTTTTTTACAAC	0	75	1
GGTTCAAGAAAAACACACTTTAAAATCAAAACCAAC	0	184	1
TGAAGTGGAAAAACTCATTAATTAATAACA      	0	280	1
  GCAAGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAA	1	8	1
TAACCTTGGCAAGGTTATGTTCTACCATTGAACTAT	1	51	0
TCCAAATTAAAACTTCTTTGTAAAATCCTGATTGGT	1	115	1
AAGCAAGAACAATCTAATTCTTTATTAGAATTTAAA	2	12	1
GGAACAGAGCAATCAGTTGATCTATTTGAACGTACA	2	106	1
CATCAAGTTCAACTTCATTTAAAACTTGTGTATCTT	2	149	0
TTTGTGGTTCAAAAGTATGTTCAAGTTCTTTTCTAA	2	206	0
CTATTTCTTTAATTTCACGCTTAATTTGCATTCTTG	2	242	0
TAGAACGCAAAATGAAACGTTCTAGTCGCTAATTG 	2	275	1
AGTTTGTTAAAAGTTAATTTTAAGATATTTAAAGTT	3	19	0
AACTTTTAACAAACTAATTGAAAACTTTATTTAACA	3	40	1
TTTATTTAACAAAGTAATGCTGTAATTAATCAATTA	3	65	1
         AAATGTTATTTAATGTTCATTAACTAA	3	98	0
          **  * *** * ** *
MAP Score: 7.29448

Motif 7
AAGCGCTTAATTTTTTCACTAATTTAGATAAGC	0	21	1
CATAACAATTTTGATTAGTTTTTTACAACTGAT	0	82	1
ACAACTGATTTTTATTGGTTATTTTTGTTTTAG	0	106	1
AGTGGAAAAACTCATTAATTAATAACA      	0	283	1
TATATCTGCGTTGTTACTTTAATATTTAGTATA	1	21	0
AAGTCAGGATTTTTCTTATTTATAGTA      	1	158	1
CAAGAACAATCTAATTCTTTATTAGAATTTAAA	2	15	1
CAACCTTATTTTTTTTATCTTTTGCCATATGTG	2	71	0
CTAAGCTCTGTTATCTTTTTAATATCATCAAGT	2	177	0
ATTTTGCGTTCTATTTCTTTAATTTCACGCTTA	2	255	0
AAATTAACTTTTAACAAACTAATTGAAAACTTT	3	35	1
TGTTCATTAACTAATTGATTAATTACAGCATTA	3	79	0
          ** ***  *****
MAP Score: 4.85187

Motif 8
GCGAAGCGCTTAATTTTTTCACTAATTTAGATA	0	18	1
ACAATTTTGATTAGTTTTTTACAACTGATTTTT	0	86	1
ACAACTGATTTTTATTGGTTATTTTTGTTTTAG	0	106	1
TCTTGTAAAGCTTGTTTTTCAGAACTAAAACAA	0	130	0
GAAAAACTCATTAATTAATAACA          	0	287	1
GCGTTGTTACTTTAATATTTAGTATATTTTAAC	1	14	0
CAAATTAAAACTTCTTTGTAAAATCCTGATTGG	1	117	1
AGTCAGGATTTTTCTTATTTATAGTA       	1	159	1
CAAGAACAATCTAATTCTTTATTAGAATTTAAA	2	15	1
ACGATTTCATCTAATAGTTCAAATCACATATGG	2	47	1
TCCATCAACCTTATTTTTTTTATCTTTTGCCAT	2	76	0
TAAGCTCTGTTATCTTTTTAATATCATCAAGTT	2	176	0
TGCATTCTTGTTTGTGGTTCAAAAGTATGTTCA	2	219	0
ATTTTGCGTTCTATTTCTTTAATTTCACGCTTA	2	255	0
AAGTTTTCAATTAGTTTGTTAAAAGTTAATTTT	3	34	0
AATTACAGCATTACTTTGTTAAATAAAGTTTTC	3	59	0
TGTTCATTAACTAATTGATTAATTACAGCATTA	3	79	0
  AAATGTTATTTAATGTTCATTAACTAATTGA	3	94	0
          *** ** **** *
MAP Score: 3.27476

Motif 9
AGCGAAGCGCTTAATTTTTTCACTAATTTA	0	17	1
AATTTTTTCACTAATTTAGATAAGCCTAAT	0	29	1
TGTTATGGTTCTAATTGTTATCGCTATTGC	0	59	0
CATAACAATTTTGATTAGTTTTTTACAACT	0	82	1
TTTTTTACAACTGATTTTTATTGGTTATTT	0	100	1
CTGATTTTTATTGGTTATTTTTGTTTTAGT	0	110	1
CTTGTAAAGCTTGTTTTTCAGAACTAAAAC	0	132	0
CTAGTTGGTTTTGATTTTAAAGTGTGTTTT	0	193	0
GGTTTTTAAGCTAGTTGGTTTTGATTTTAA	0	203	0
AGGTTGATTGTTGGTTTTTAAGCTAGTTGG	0	215	0
CGTTGTTACTTTAATATTTAGTATATTTTA	1	16	0
CAAAGAAGTTTTAATTTGGAGCAGATAACG	1	105	0
TTGTAAAATCCTGATTGGTATCAACTAAGT	1	132	1
TCCATCAACCTTATTTTTTTTATCTTTTGC	2	79	0
AATTTCACGCTTAATTTGCATTCTTGTTTG	2	238	0
TTGTTAAAAGTTAATTTTAAGATATTTAAA	3	22	0
AAGTTTTCAATTAGTTTGTTAAAAGTTAAT	3	37	0
AATTACAGCATTACTTTGTTAAATAAAGTT	3	62	0
TGTTCATTAACTAATTGATTAATTACAGCA	3	82	0
          **********
MAP Score: 0.935093

Motif 10
AGCGCTTAATTTTTTCACTAATTTAGATAAGCC	0	22	1
TTTTGATTAGTTTTTTACAACTGATTTTTATTG	0	90	1
    TGTTATTAATTAATGAGTTTTTCCACTTC	0	281	0
TAATATTTAGTATATTTTAACTTGC        	1	2	0
TCTGCGTTGTTACTTTAATATTTAGTATATTTT	1	17	0
TGGTATCAACTAAGTCAGGATTTTTCTTATTTA	1	147	1
AATCTAATTCTTTATTAGAATTTAAACGATTTC	2	22	1
AAGTTCAACTTCATTTAAAACTTGTGTATCTTC	2	148	0
TTTTGCGTTCTATTTCTTTAATTTCACGCTTAA	2	254	0
         ATTTTTTAAAACTTTAAATATCTT	3	1	1
TTTCAATTAGTTTGTTAAAAGTTAATTTTAAGA	3	30	0
TTTAACAAACTAATTGAAAACTTTATTTAACAA	3	44	1
TTGAAAACTTTATTTAACAAAGTAATGCTGTAA	3	57	1
AGTAATGCTGTAATTAATCAATTAGTTAATGAA	3	77	1
          ***** * ** **
MAP Score: 0.682839