AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons014_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238401
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG244	300	DNA helicase II, putative
#1	MG254	175	DNA ligase
#2	MG261	300	DNA polymerase III, subunit alpha (polC-2)
#3	MG263	115	conserved hypothetical protein

Motif 1
TAGCGATAACAATTAGAACCATAACAATTTTGATTAGTTTTTT	0	63	1
TGTTTTTCAGAACTAAAACAAAAATAACCAATAAAAATCAGTT	0	108	0
GCTCTTGATGAAGTGGAAAAACTCATTAATTAATAACA     	0	272	1
        GCAAGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAAC	1	2	1
ATCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGTAAAATCCTGATTGGTA	1	109	1
TCTTTATTAGAATTTAAACGATTTCATCTAATAGTTCAAATCA	2	30	1
GTTCAACTTCATTTAAAACTTGTGTATCTTCAAGTTTTGTACG	2	136	0
GTTTTAAATGAAGTTGAACTTGATGATATTAAAAAGATAACAG	2	160	1
CTTAGAAAAGAACTTGAACATACTTTTGAACCACAAACAAGAA	2	205	1
ACAAGAATGCAAATTAAGCGTGAAATTAAAGAAATAGAACGCA	2	241	1
ATAGAACGCAAAATGAAACGTTCTAGTCGCTAATTG       	2	274	1
AACTTTAAATATCTTAAAATTAACTTTTAACAAACTAATTGAA	3	19	1
TTAACAAACTAATTGAAAACTTTATTTAACAAAGTAATGCTGT	3	45	1
          ** * **** *     *     *
MAP Score: 12.2822

Motif 2
AGCGAAGCGCTTAATTTTTTCACTAATTTAGATAAGCCTAATGCA	0	17	1
AAAACAAAAATAACCAATAAAAATCAGTTGTAAAAAACTAATCAA	0	92	0
AAAACACACTTTAAAATCAAAACCAACTAGCTTAAAAACCAACAA	0	193	1
TAGCTCTTGATGAAGTGGAAAAACTCATTAATTAATAACA     	0	270	1
    GCAAGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAACGCAGAT	1	6	1
CGTTATCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGTAAAATCCTGATTGG	1	105	1
TATTAGAATTTAAACGATTTCATCTAATAGTTCAAATCACATATG	2	34	1
ATAGTTCAAATCACATATGGCAAAAGATAAAAAAAATAAGGTTGA	2	60	1
GTACAAAACTTGAAGATACACAAGTTTTAAATGAAGTTGAACTTG	2	137	1
TTGATGATATTAAAAAGATAACAGAGCTTAGAAAAGAACTTGAAC	2	179	1
AGCGTGAAATTAAAGAAATAGAACGCAAAATGAAACGTTCTAGTC	2	257	1
AAAGTTAATTTTAAGATATTTAAAGTTTTAAAAAAT         	3	1	0
CTTTGTTAAATAAAGTTTTCAATTAGTTTGTTAAAAGTTAATTTT	3	34	0
AACTAATTGATTAATTACAGCATTACTTTGTTAAATAAAGTTTTC	3	59	0
          * **       **    ***   **
MAP Score: 11.7542

Motif 3
AATAACCAATAAAAATCAGTTGTAAAAAACTAAT	0	95	0
TTTAGTTCTGAAAAACAAGCTTTACAAGAGATAC	0	134	1
TTCTTGAACCATAAAGGTGTTTGACAGTATCTCT	0	160	0
ATGGTTCAAGAAAAACACACTTTAAAATCAAAAC	0	182	1
TAAAATCAAAACCAACTAGCTTAAAAACCAACAA	0	204	1
ATTACGCCTGGTAAATTAGCTGGATCAGGTTGAT	0	237	0
TCAGGATTTTACAAAGAAGTTTTAATTTGGAGCA	1	112	0
GAACTATTAGATGAAATCGTTTAAATTCTAATAA	2	33	0
AAAAGATAAAAAAAATAAGGTTGATGGAACAGAG	2	81	1
AAACTTGAAGATACACAAGTTTTAAATGAAGTTG	2	142	1
AACAGAGCTTAGAAAAGAACTTGAACATACTTTT	2	198	1
TTAGTTTGTTAAAAGTTAATTTTAAGATATTTAA	3	23	0
TTAACTTTTAACAAACTAATTGAAAACTTTATTT	3	38	1
          * ***  ***** *
MAP Score: 10.1505

Motif 4
AGGCTTATCTAAATTAGTGAAAAAATTAAGCGCTTCGCT	0	17	0
ATAACCAATAAAAATCAGTTGTAAAAAACTAATCAAAAT	0	89	0
TTGTTTTTCAGAACTAAAACAAAAATAACCAATAAAAAT	0	113	0
GGTTCAAGAAAAACACACTTTAAAATCAAAACCAACTAG	0	184	1
AAATCAAAACCAACTAGCTTAAAAACCAACAATCAACCT	0	206	1
TGAAGTGGAAAAACTCATTAATTAATAACA         	0	280	1
AAGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAACGCAGAT	1	12	1
TCACATATGGCAAAAGATAAAAAAAATAAGGTTGATGGA	2	70	1
TTTGAACCACAAACAAGAATGCAAATTAAGCGTGAAATT	2	229	1
GAAATTAAAGAAATAGAACGCAAAATGAAACGTTCTAGT	2	262	1
TAAATATCTTAAAATTAACTTTTAACAAACTAATTGAAA	3	24	1
TTTATTTAACAAAGTAATGCTGTAATTAATCAATTAGTT	3	65	1
          *** * *     ***  **
MAP Score: 8.97162

Motif 5
TTTAACAAACTAATTGAAAACTTTATTTAACAAAGTAAT	3	44	1
AGCGCTTAATTTTTTCACTAATTTAGATAAGCCTAATGC	0	22	1
TCTGCGTTGTTACTTTAATATTTAGTATATTTTAACTTG	1	11	0
         ATTTTTTAAAACTTTAAATATCTTAAAATT	3	1	1
TGGTATCAACTAAGTCAGGATTTTTCTTATTTATAGTA 	1	147	1
AGTAATGCTGTAATTAATCAATTAGTTAATGAACATTAA	3	77	1
TTTCAATTAGTTTGTTAAAAGTTAATTTTAAGATATTTA	3	24	0
TTTTGATTAGTTTTTTACAACTGATTTTTATTGGTTATT	0	90	1
        TGTTATTAATTAATGAGTTTTTCCACTTCAT	0	279	0
AAGTTCAACTTCATTTAAAACTTGTGTATCTTCAAGTTT	2	142	0
CAACCTTATTTTTTTTATCTTTTGCCATATGTGATTTGA	2	65	0
TTTTCTAAGCTCTGTTATCTTTTTAATATCATCAAGTTC	2	175	0
          *  ** *  * **   ***
MAP Score: 8.03232

Motif 6
TTATCGCTATTGCATTAGGCTTATCTAAATTAGTGAAAAAATTA	0	28	0
CATAACAATTTTGATTAGTTTTTTACAACTGATTTTTATTGGTT	0	82	1
ACAACTGATTTTTATTGGTTATTTTTGTTTTAGTTCTGAAAAAC	0	106	1
TGATTGTTGGTTTTTAAGCTAGTTGGTTTTGATTTTAAAGTGTG	0	197	0
TTACGCCTGGTAAATTAGCTGGATCAGGTTGATTGTTGGTTTTT	0	226	0
TGTGATTTGAACTATTAGATGAAATCGTTTAAATTCTAATAAAG	2	31	0
AATAAAGTTTTCAATTAGTTTGTTAAAAGTTAATTTTAAGATAT	3	27	0
CTGTAATTAATCAATTAGTTAATGAACATTAAATAACATTT   	3	84	1
          *  ***** *         * * *
MAP Score: 7.20257

Motif 7
AAATCAGTTGTAAAAAACTAATCAAAATTGTTATGGTTCTAAT	0	74	0
CAGAACTAAAACAAAAATAACCAATAAAAATCAGTTGTAAAAA	0	101	0
GTTTTAGTTCTGAAAAACAAGCTTTACAAGAGATACTGTCAAA	0	132	1
TATGGTTCAAGAAAAACACACTTTAAAATCAAAACCAACTAGC	0	181	1
ACCAACTAGCTTAAAAACCAACAATCAACCTGATCCAGCTAAT	0	214	1
TGATGAAGTGGAAAAACTCATTAATTAATAACA          	0	277	1
AATCAGGATTTTACAAAGAAGTTTTAATTTGGAGCAGATAACG	1	105	0
  ATAAGCAAGAACAATCTAATTCTTTATTAGAATTTAAACGA	2	8	1
TTGATGATATTAAAAAGATAACAGAGCTTAGAAAAGAACTTGA	2	179	1
GAAATAGAACGCAAAATGAAACGTTCTAGTCGCTAATTG    	2	271	1
AATTAACTTTTAACAAACTAATTGAAAACTTTATTTAACAAAG	3	36	1
AAACTTTATTTAACAAAGTAATGCTGTAATTAATCAATTAGTT	3	61	1
          * ****   * *  *  *    *
MAP Score: 4.90023

Motif 8
AACTAAAACAAAAATAACCAATAAAAATCAG	0	110	0
TTAGTTCTGAAAAACAAGCTTTACAAGAGAT	0	135	1
TGGTTCAAGAAAAACACACTTTAAAATCAAA	0	183	1
CTTTAAAATCAAAACCAACTAGCTTAAAAAC	0	201	1
AACTAGCTTAAAAACCAACAATCAACCTGAT	0	217	1
   GCAAGTTAAAATATACTAAATATTAAAG	1	7	1
TCAATGGTAGAACATAACCTTGCCAAGGTTA	1	56	1
   ATAAGCAAGAACAATCTAATTCTTTATT	2	7	1
AAAGATAAAAAAAATAAGGTTGATGGAACAG	2	82	1
TAAATATCTTAAAATTAACTTTTAACAAACT	3	24	1
          ******* ***
MAP Score: 3.50388

Motif 9
TATCTAAATTAGTGAAAAAATTAAGCGCTTCGCT	0	17	0
TAAAAATCAGTTGTAAAAAACTAATCAAAATTGT	0	86	0
TAAAGCTTGTTTTTCAGAACTAAAACAAAAATAA	0	124	0
AGAAAAACACACTTTAAAATCAAAACCAACTAGC	0	190	1
AAAACCAACTAGCTTAAAAACCAACAATCAACCT	0	211	1
        GCAAGTTAAAATATACTAAATATTAA	1	2	1
ATATAGTTCAATGGTAGAACATAACCTTGCCAAG	1	49	1
ATCTAATTCTTTATTAGAATTTAAACGATTTCAT	2	23	1
CAAATCACATATGGCAAAAGATAAAAAAAATAAG	2	66	1
GAACTTGATGATATTAAAAAGATAACAGAGCTTA	2	175	1
AAGATAACAGAGCTTAGAAAAGAACTTGAACATA	2	193	1
        ATTTTTTAAAACTTTAAATATCTTAA	3	2	1
AACTTTAAATATCTTAAAATTAACTTTTAACAAA	3	19	1
TAAAATTAACTTTTAACAAACTAATTGAAAACTT	3	33	1
TGAAAACTTTATTTAACAAAGTAATGCTGTAATT	3	58	1
          ** ******   **
MAP Score: 2.96794