AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons015_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238420
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG301	30	glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (gap)
#1	MG304	176	ABC transporter, ATP binding protein
#2	MG431	59	triosephosphate isomerase (tpiA)
#3	MG432	85	conserved hypothetical protein

Motif 1
          AGTATTAAAATCTAATTATT	0	0	1
TTAAAATCTAATTATTAAATTAAAGT    	0	14	1
GCTCTTTTTTATTTGGAATATGTTCTATAT	1	17	0
GCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATA	1	97	1
TAAAAACCTCAGTTTTAAATACCCAAAACA	1	146	1
ATGATCAATTAGTTGGAAAAGAAAATGGTT	2	14	1
AAGAAAATGGTTTTTGAAAACTTATAAAAT	2	32	1
TTACTATCTTATTAGTAATATTAAGCTTAG	3	17	0
TAAATAAGAAATTATTAATTACCAAAATTA	3	44	1
AATTACCAAAATTATTAAAATAATTGTTCT	3	60	1
          **********
MAP Score: 14.9716

Motif 2
GTATTAAAATCTAATTATTAAATTAAAGT  	0	11	1
GAACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCACA	1	22	1
TGGTAGATAAAAAACAAAAAAGCAGCTGTTG	1	51	0
TGTTTTTTATCTACCAAAAAACAGATTTTTA	1	66	1
AAAATAAGTCAGAGCTAAAAATCTGTTTTTT	1	81	0
CTTATTTATAAATTTTAAAAATAAGTCAGAG	1	98	0
TAGTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTT	1	131	1
TTTTCTTTTCCAACTAATTGATCATTAAG  	2	8	0
TGGTTTTTGAAAACTTATAAAATCTTTCAT 	2	39	1
CACTAAGCTTAATATTACTAATAAGATAGTA	3	15	1
TACTAATAAGATAGTAAATAAGAAATTATTA	3	30	1
TAGTAAATAAGAAATTATTAATTACCAAAAT	3	41	1
ATTAATTACCAAAATTATTAAAATAATTGTT	3	57	1
          *** *******
MAP Score: 8.54359

Motif 3
        AGTATTAAAATCTAATTATTAAATTAAAGT	0	2	1
ATATAGAACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCACAAC	1	17	1
GCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAAAACAGATTTTTA	1	59	1
CTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATAAGCTTAGTT	1	98	1
AAAACTGAGGTTTTTAACTTGTAGCAAACTAAGCTTAT	1	124	0
AAAACCTCAGTTTTAAATACCCAAAACACCAAAACAAT	1	148	1
AGAAAATGGTTTTTGAAAACTTATAAAATCTTTCAT  	2	33	1
AATAAGAAATTATTAATTACCAAAATTATTAAAATAAT	3	46	1
          **** ** *   *  * *
MAP Score: 4.63653

Motif 4
        ACTTTAATTTAATAATTAGATTTTAATA	0	12	0
ATAGAACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCACAAC	1	19	1
CTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAAAACAGATTTTT	1	60	1
TGACTTATTTTTAAAATTTATAAATAAGCTTAGTTT	1	101	1
AAAACCTCAGTTTTAAATACCCAAAACACCAAAACA	1	148	1
TGCACTAAGCTTAATATTACTAATAAGATAGTAAAT	3	13	1
AAATAAGAAATTATTAATTACCAAAATTATTAAAAT	3	45	1
          **  ** *** **  *
MAP Score: 3.89722

Motif 5
ACTTTAATTTAATAATTAGATTTTAATACT      	0	4	0
AGTCAGAGCTAAAAATCTGTTTTTTGGTAGATAAAA	1	70	0
CTTGTAGCAAACTAAGCTTATTTATAAATTTTAAAA	1	109	0
TTGGGTATTTAAAACTGAGGTTTTTAACTTGTAGCA	1	136	0
TTTCTTTTCCAACTAATTGATCATTAAG        	2	2	0
TTAGTTGGAAAAGAAAATGGTTTTTGAAAACTTATA	2	22	1
          ATGAAAGATTTTATAAGTTTTCAAAA	2	43	0
    TATTGCACTAAGCTTAATATTACTAATAAGAT	3	6	1
ATAATTTCTTATTTACTATCTTATTAGTAATATTAA	3	23	0
GATAGTAAATAAGAAATTATTAATTACCAAAATTAT	3	39	1
     AGTTAAGAACAATTATTTTAATAATTTTGGT	3	64	0
          *  **  ** ** ***
MAP Score: 2.86999

Motif 6
ATTAAAATCTAATTATTAAATTAAAGT      	0	13	1
CATATAGAACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAG	1	16	1
TTATTTATAAATTTTAAAAATAAGTCAGAGCTA	1	95	0
CCTCAGTTTTAAATACCCAAAACACCAAAACAA	1	152	1
ACTAAGCTTAATATTACTAATAAGATAGTAAAT	3	16	1
ATTACTAATAAGATAGTAAATAAGAAATTATTA	3	28	1
AGTAAATAAGAAATTATTAATTACCAAAATTAT	3	42	1
TTAATTACCAAAATTATTAAAATAATTGTTCTT	3	58	1
          * ***  ******
MAP Score: 1.21028