AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons015_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238427
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG301	30	glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (gap)
#1	MG304	176	ABC transporter, ATP binding protein
#2	MG305	87	heat shock protein 70 (dnaK)
#3	MG309	53	lipoprotein, putative
#4	MG431	59	triosephosphate isomerase (tpiA)
#5	MG432	85	conserved hypothetical protein

Motif 1
ATTAAAATCTAATTATTAAATTAAAGT   	0	13	1
CTTATTTATAAATTTTAAAAATAAGTCAGA	1	99	0
TAAAAATATAAATTTTAAAATTATTGAAAT	3	20	1
TAATTACCAAAATTATTAAAATAATTGTTC	5	59	1
GTTTTTGAAAACTTATAAAATCTTTCAT  	4	41	1
ATTACTCAGTAATTATAAACAAAAATTAGC	2	44	0
     GTGGTAATAATAAAAATATAAATTT	3	5	1
GTAAATAAGAAATTATTAATTACCAAAATT	5	43	1
          AGTATTAAAATCTAATTATT	0	0	1
          **********
MAP Score: 14.627

Motif 2
      AGTATTAAAATCTAATTATTAAATTAAAGT 	0	4	1
TTCATATAGAACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCA	1	14	1
TTTTGGTAGATAAAAAACAAAAAAGCAGCTGTTGTGC	1	48	0
GCTTATTTATAAATTTTAAAAATAAGTCAGAGCTAAA	1	93	0
         AACAAACTTTAATTAGCACTTTTAGTGT	2	1	1
CTCAGTAATTATAAACAAAAATTAGCACTCAAACACT	2	33	0
TGAGTAATTGTTATTGATCTAAAAAAAAAGT      	2	66	1
ATTTTAAAATTTATATTTTTATTATTACCAC      	3	4	0
 TGCACAGTCAAAAATTTCAATAATTTTAAAATTTAT	3	27	0
         CTTAATGATCAATTAGTTGGAAAAGAAA	4	1	1
AAAGATTTTATAAGTTTTCAAAAACCATTTTCTTTTC	4	29	0
GCACTAAGCTTAATATTACTAATAAGATAGTAAATAA	5	14	1
AATAAGATAGTAAATAAGAAATTATTAATTACCAAAA	5	34	1
TTAATTACCAAAATTATTAAAATAATTGTTCTTAACT	5	58	1
          * * * *  *****  *
MAP Score: 9.62824

Motif 3
TTAATTTAATAATTAGATTTTAATACT        	0	2	0
GCTGTTGTGCTGCTCTTTTTTATTTGGAATATGTT	1	23	0
GCAGCACAACAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTAC	1	45	1
AGAGCTAAAAATCTGTTTTTTGGTAGATAAAAAAC	1	67	0
TTTTAGCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATA	1	92	1
CAAGTTAAAAACCTCAGTTTTAAATACCCAAAACA	1	141	1
AGTGTTTGAGTGCTAATTTTTGTTTATAATTACTG	2	33	1
TATAATTACTGAGTAATTGTTATTGATCTAAAAAA	2	57	1
          ACTTTTTTTTTAGATCAATAACAAT	2	72	0
TTTAAAATTTATATTTTTATTATTACCAC      	3	4	0
AATAATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTGAAAT	3	15	1
TTGGAAAAGAAAATGGTTTTTGAAAACTTATAAAA	4	26	1
TATTGCACTAAGCTTAATATTACTAATAAGATAGT	5	10	1
GTAATTAATAATTTCTTATTTACTATCTTATTAGT	5	31	0
 AGTTAAGAACAATTATTTTAATAATTTTGGTAAT	5	61	0
          *  *  ****** **
MAP Score: 4.53692

Motif 4
AGTATTAAAATCTAATTATTAAATTAAAGT  	0	10	1
TAGAACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCAC	1	20	1
TTGGTAGATAAAAAACAAAAAAGCAGCTGTTG	1	51	0
TTGTTTTTTATCTACCAAAAAACAGATTTTTA	1	65	1
TAAGCTTATTTATAAATTTTAAAAATAAGTCA	1	101	0
CTTAGTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTT	1	129	1
AAATTAGCACTCAAACACTAAAAGTGCTAATT	2	20	0
ACTCAGTAATTATAAACAAAAATTAGCACTCA	2	39	0
TTGTTATTGATCTAAAAAAAAAGT        	2	73	1
      GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTT	3	4	1
ATAATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTGAA	3	16	1
ATGGTTTTTGAAAACTTATAAAATCTTTCAT 	4	38	1
ACTATCTTATTAGTAATATTAAGCTTAGTGCA	5	13	0
TAAGATAGTAAATAAGAAATTATTAATTACCA	5	36	1
TATTAATTACCAAAATTATTAAAATAATTGTT	5	56	1
      AGTTAAGAACAATTATTTTAATAATT	5	69	0
          ** ** ******
MAP Score: 2.79159