AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MG/MG_operons016_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238435 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MG013 239 methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methylenetetrahydrofolate cyclohydrolase (folD) #1 MG018 188 ATP-dependent RNA helicase, putative #2 MG019 41 heat shock protein (dnaJ) #3 MG022 29 DNA-directed RNA polymerase, subunit delta (rpoE) #4 MG025 202 conserved hypothetical protein #5 MG064 255 conserved hypothetical protein Motif 1 TAACTAATTATTATAACAATTTTAATTTAACCAAAATA 0 54 0 ACTACAAAGGTTTTATGAAGAATTATTTCAAATAGATT 1 62 1 TTTTCAAATCTTCTTAAATAATCTATTTGAAATAATTC 1 81 0 TTTAAGAAGATTTGAAAACATTCCCATTAAAGATAAGA 1 101 1 TCAAAAACAGTTTTAAAAAGCGCAATTTGATTCTTATC 1 132 0 TTTTTGATGATTACAAAACCATTGATTTAGCAGAA 1 163 1 AAAAGTAGTATTAGAATTTTATTGATTT 3 11 1 AAAACTCATTTTGAAAATAGATTAATTT 4 0 0 AAATGAGTTTTTTCAACATTTATTAATTAAAAATTAAT 4 27 1 AAGATTCAACTTTAAAAAGCATTAATTTTTAATTAATA 4 47 0 CTTTTTAAAGTTGAATCTTAATTCATTTTTCAATACTT 4 66 1 AACGTTTTTGTTTGAATAAAAGTACTTTTCTTAACTTT 4 153 0 CATTGTCTTTTTTTAAAAGAACTGATTTTTAAATTTGT 5 208 1 ** ** * * **** MAP Score: 20.9921 Motif 2 TACCCCTCGAATTTTAACAGTTTTTATAATCAAAACAGC 0 17 0 TTTTGGTTAAATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAAAT 0 56 1 ATGAACAAGCACTACAAAGGTTTTATGAAGAATTATTTC 1 52 1 CAAATAGATTATTTAAGAAGATTTGAAAACATTCCCATT 1 90 1 TTTGTAATCATCAAAAACAGTTTTAAAAAGCGCAATTTG 1 141 0 TTCTGCTAAATCAATGGTTTTGTAATCATCAAAAAC 1 162 0 AAATTAATCTATTTTCAAAATGAGTTTTT 4 0 1 TTATTAATTAAAAATTAATGCTTTTTAAAGTTGAATCTT 4 46 1 TTAAAGTTGAATCTTAATTCATTTTTCAATACTTTTTTA 4 70 1 TCTTTAATTAAATTAATACGCTTTTCTAAAAGTAAAAGT 4 119 1 TTTTGTTTGAATAAAAGTACTTTTCTTAACTTTTACTTT 4 147 0 CTTTTATTCAAACAAAAACGTTTTTATAATTTTAGAGAT 4 169 1 CTAAAGCTGTAGCTAAATTACTTTGCAAACTCAAAAACA 5 132 0 ACAAATTTAAAAATCAGTTCTTTTAAAAAAAGACAATGT 5 207 0 * * ** * *** ** MAP Score: 16.6437 Motif 3 CCACAGCTTTATTTCTGTTTTCAACTAAAGCTGT 5 161 0 GTAGATAACATTGTCTTTTTTTAAAAGAACTGAT 5 200 1 TAAGAATCAAATTGCGCTTTTTAAAACTGTTTTT 1 134 1 AAATTAATCTATTTTCAAAATGAGTTTT 4 4 1 TTTTTCTTACTTTGCTATCTTTAATCTTGTTTTT 5 105 1 GTTGAATCTTAATTCATTTTTCAATACTTTTTTA 4 75 1 TATTTTCAAAATGAGTTTTTTCAACATTTATTAA 4 19 1 AAAATTAGCTGTTTTGATTATAAAAACT 0 4 1 CCCTCGAATTTTAACAGTTTTTATAATCAAAACA 0 19 0 ACTAATTATTATAACAATTTTAATTTAACCAAAA 0 56 0 TAATTAAAAATTAATGCTTTTTAAAGTTGAATCT 4 50 1 TTTTTAAAAGAACTGATTTTTAAATTTGTCTCTG 5 217 1 TCTTCTTAAATAATCTATTTGAAATAATTCTTCA 1 77 0 CCAGATTGTTTTAACAATCTTTAGTATGATCTTT 5 73 1 AGTTTGATGTATTAGTTTTTTGAG 1 0 0 GCGCAATTTGATTCTTATCTTTAATGGGAATGTT 1 117 0 TTTTTTAGGCTTCCTATTCTTTAATTAAATTAAT 4 102 1 TTAATCTTGTTTTTGAGTTTGCAAAGTAATTTAG 5 125 1 TAATTAAATTAATACGCTTTTCTAAAAGTAAAAG 4 123 1 TATTCAAACAAAAACGTTTTTATAATTTTAGAGA 4 173 1 ACTTCAACCGTTTACTTTTTTATGAACAAGCACT 1 31 1 AGCTTAGGCTTTCGCTTTCTTTTTACCATCAAAT 5 15 0 GAAAAGTAGTATTAGAATTTTATTGATTT 3 10 1 ** ** **** ** MAP Score: 12.891 Motif 4 AAAATTAGCTGTTTTGATTATAAAAACTGTTAAAAT 0 9 1 ATTCGAGGGGTATTTTGGTTAAATTAAAATTGTTATA 0 44 1 TTCAACCGTTTACTTTTTTATGAACAAGCACTACAAA 1 33 1 TTTTAAAACTGTTTTTGATGATTACAAAACCATTGAT 1 152 1 TAAAAAGCATTAATTTTTAATTAATAAATGTTGAAAA 4 36 0 TAAAAATTAATGCTTTTTAAAGTTGAATCTTAATTCA 4 54 1 TTTTTAGGCTTCCTATTCTTTAATTAAATTAATACGC 4 103 1 TAAATTAATACGCTTTTCTAAAAGTAAAAGTTAAGAA 4 127 1 TTAAGAAAAGTACTTTTATTCAAACAAAAACGTTTTT 4 157 1 GGCTTTCGCTTTCTTTTTACCATCAAATATTAA 5 6 0 TCTTTTTTCTTACTTTGCTATCTTTAATCTTGTTTTT 5 102 1 GTAGCTAAATTACTTTGCAAACTCAAAAACAAGATTA 5 126 0 GTTCCACAGCTTTATTTCTGTTTTCAACTAAAGCTGT 5 161 0 AGATAACATTGTCTTTTTTTAAAAGAACTGATTTTTA 5 202 1 * ***** * * ** MAP Score: 11.415 Motif 5 AAAATTAGCTGTTTTGATTATAAAAACTGT 0 0 1 TAATTATTATAACAATTTTAATTTAACCAAAATACCCCTC 0 48 0 TTATGCTTGGAAGTATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACACCC 0 105 1 TACTTCCACCAATAATGGGGATGTAGCTCAACTGATAGAG 0 179 1 ATCAAACTTCAACCGTTTACTTTTTTATGAACAAGCACTA 1 26 1 AAATCTTCTTAAATAATCTATTTGAAATAATTCTTCATAA 1 74 0 TTCTGCTAAATCAATGGTTTTGTAATCATCAAAAACAG 1 160 0 GAAAAGTAGTATTAGAATTTTATTGATTT 3 6 1 CAACTTTAAAAAGCATTAATTTTTAATTAATAAATGTTGA 4 39 0 ACTTTTAGAAAAGCGTATTAATTTAATTAAAGAATAGGAA 4 112 0 TTTTTGTTTGAATAAAAGTACTTTTCTTAACTTTTACTTT 4 147 0 ACTTTTATTCAAACAAAAACGTTTTTATAATTTTAGAGAT 4 168 1 GTAATATTTTAACTATCCAGATTGTTTTAACAATCTTTAG 5 57 1 TAACAATCTTTAGTATGATCTTTTTTCTTACTTTGCTATC 5 84 1 AGTTCTTTTAAAAAAAGACAATGTTATCTACAAGTTCCAC 5 191 0 ** ** **** * * MAP Score: 9.322 Motif 6 TTAAATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAAATA 0 62 1 ACTTCAACCGTTTACTTTTTTATGAACAAGCACT 1 31 1 GCAATTTGATTCTTATCTTTAATGGGAATGTTTT 1 115 0 AAATTAATCTATTTTCAAAATGAGTTTTTTC 4 7 1 TTTAAAAAGCATTAATTTTTAATTAATAAATGTT 4 41 0 TTGAATCTTAATTCATTTTTCAATACTTTTTTAG 4 76 1 TTTCTTAACTTTTACTTTTAGAAAAGCGTATTAA 4 131 0 TCAAACAAAAACGTTTTTATAATTTTAGAGATAG 4 176 1 AACTATCCAGATTGTTTTAACAATCTTTAGTATG 5 67 1 TTTAGTATGATCTTTTTTCTTACTTTGCTATCTT 5 92 1 CTATCTTTAATCTTGTTTTTGAGTTTGCAAAGTA 5 119 1 GATAACATTGTCTTTTTTTAAAAGAACTGATTTT 5 203 1 TTTTAAAAGAACTGATTTTTAAATTTGTCTCTGA 5 218 1 TTTGTCTCTGACTAATTTATTAGT 5 241 1 *** ***** * * MAP Score: 3.90711 Motif 7 ACCCCTCGAATTTTAACAGTTTTTATAATCAAAAC 0 20 0 ATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAAATACCCTT 0 66 1 TTTACTTTTTTATGAACAAGCACTACAAAGGTTTT 1 41 1 ACAAAGGTTTTATGAAGAATTATTTCAAATAGATT 1 65 1 ATGGGAATGTTTTCAAATCTTCTTAAATAATCTAT 1 93 0 AAATTGCGCTTTTTAAAACTGTTTTTGATGATTAC 1 142 1 AAATGAGTTTTTTCAACATTTATTAATTAAAAATT 4 27 1 TTAATTCATTTTTCAATACTTTTTTAGGCTTCCTA 4 83 1 AAGTAAAAGTTAAGAAAAGTACTTTTATTCAAACA 4 148 1 ATCCAGATTGTTTTAACAATCTTTAGTATGATCTT 5 71 1 CATTGTCTTTTTTTAAAAGAACTGATTTTTAAATT 5 208 1 *** ** * * *** MAP Score: 3.26708 Motif 8 GGTATTTTGGTTAAATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAAATA 0 52 1 GAACAAGCACTACAAAGGTTTTATGAAGAATTATTTCAAATAGA 1 54 1 AAGAATTATTTCAAATAGATTATTTAAGAAGATTTGAAAACATT 1 79 1 AAGATAAGAATCAAATTGCGCTTTTTAAAACTGTTTTTGATGAT 1 130 1 TTAATCTATTTTCAAAATGAGTTTTTTCAACATTTATTAATTAA 4 13 1 TAAAGTTGAATCTTAATTCATTTTTCAATACTTTTTTAGGCTTC 4 71 1 TCTTTAATTAAATTAATACGCTTTTCTAAAAGTAAAAGTTAAGA 4 119 1 TTTTTGTTTGAATAAAAGTACTTTTCTTAACTTTTACTTTTAGA 4 143 0 ACTTTTATTCAAACAAAAACGTTTTTATAATTTTAGAGATAGTT 4 168 1 GTAATATTTTAACTATCCAGATTGTTTTAACAATCTTTAGTATG 5 57 1 TAACAATCTTTAGTATGATCTTTTTTCTTACTTTGCTATCTTTA 5 84 1 AACTTGTAGATAACATTGTCTTTTTTTAAAAGAACTGATTTTTA 5 195 1 * ** **** ** * MAP Score: 2.14012