AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MG/MG_operons016_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238456 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MG013_MG014 239 MG013: methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methylenetetrahydrofolate cyclohydrolase (folD), MG014: ABC transporter, ATP-binding protein #1 MG015 46 ABC transporter, ATP-binding protein #2 MG017 65 ATP-dependent RNA helicase, putative #3 MG018 188 ATP-dependent RNA helicase, putative #4 MG019 41 heat shock protein (dnaJ) #5 MG022 29 DNA-directed RNA polymerase, subunit delta (rpoE) #6 MG025 202 conserved hypothetical protein #7 MG062 300 PTS system, fructose-specific IIABC component (fruA) #8 MG063 94 1-phosphofructokinase (fruK) #9 MG064 255 conserved hypothetical protein Motif 1 TAACTAATTATTATAACAATTTTAATTTAACCAAAATA 0 54 0 TCTTGAAAGATTTTAAAGAGATTAATTACTTCA 1 23 1 AATGTTTGTCTTTCAACACTATTAAATTTAT 2 3 0 AAGTAAACGGTTGAAGTTTGATGTATTAGTTTTTTGAG 3 10 0 TGAAGAATTATTTCAAATAGATTATTTAAGAAGATTTG 3 77 1 TTTTTGATGATTACAAAACCATTGATTTAGCAGAA 3 163 1 AAAAGTAGTATTAGAATTTTATTGATTT 5 11 1 AAAACTCATTTTGAAAATAGATTAATTT 6 0 0 AATGAGTTTTTTCAACATTTATTAATTAAAAATTAATG 6 28 1 AAGATTCAACTTTAAAAAGCATTAATTTTTAATTAATA 6 47 0 CTTTTTAAAGTTGAATCTTAATTCATTTTTCAATACTT 6 66 1 TATTCTTTAATTAAATTAATACGCTTTTCTAAAAGTAA 6 116 1 TAAGACAGAATTTACATTAGACTAATTTTAAAAGCTGT 7 10 1 AGGGTCTGTTTTTTATTTTTATTCAATTTTGTTGTTAA 7 114 0 CGCTCCCAGTTTGTTGTTAAATTTATTATAAATATGCA 7 255 1 CCACCAGGTATTAAAACACTATTTTTTTGCTTGTTTAA 8 41 0 CATTGTCTTTTTTTAAAAGAACTGATTTTTAAATTTGT 9 208 1 GATTTTTAAATTTGTCTCTGACTAATTTATTAGT 9 231 1 ** * *** **** MAP Score: 27.5161 Motif 2 CTCGAATTTTAACAGTTTTTATAATCAAAACAGC 0 17 0 AGTTTGATGTATTAGTTTTTTGAG 3 0 0 CAAGCACTACAAAGGTTTTATGAAGAATTATTTC 3 57 1 AATTATTTCAAATAGATTATTTAAGAAGATTTGA 3 82 1 AAGAATCAAATTGCGCTTTTTAAAACTGTTTTTG 3 135 1 AAATTAATCTATTTTCAAAATGAGTTTTT 6 5 1 TATTTTCAAAATGAGTTTTTTCAACATTTATTAA 6 19 1 AATTAAAAATTAATGCTTTTTAAAGTTGAATCTT 6 51 1 GTTGAATCTTAATTCATTTTTCAATACTTTTTTA 6 75 1 AATTAAATTAATACGCTTTTCTAAAAGTAAAAGT 6 124 1 ATTCAAACAAAAACGTTTTTATAATTTTAGAGAT 6 174 1 AACAATTAGCTACAGCTTTTAAAATTAGTCTAAT 7 25 0 GCTGTAGCTAATTGTTTTTTAGAACAAACTGAAT 7 43 1 TTTTTATTCAATTTTGTTGTTAAATGCTGTTAAC 7 103 0 AACACTATTTTTTTGCTTGTTTAAATCAACATAA 8 31 0 AAGATCATACTAAAGATTGTTAAAACAATCTGGA 9 72 0 GCTATCTTTAATCTTGTTTTTGAGTTTGCAAAGT 9 118 1 GTAGATAACATTGTCTTTTTTTAAAAGAACTGAT 9 200 1 TTTTTAAAAGAACTGATTTTTAAATTTGTCTCTG 9 217 1 ** * ***** ** MAP Score: 17.9264 Motif 3 ACTATCCAGATTGTTTTAACAATCTTTAGTAT 9 68 1 AGCTAATTGTTTTTTAGAACAAACTGAATCAA 7 48 1 ATTTAACTAATTATTATAACAATTTTAATTTA 0 63 0 ATTATTATGTTGATTTAAACAAGCAAAAAAAT 8 27 1 ACATTGTCTTTTTTTAAAAGAACTGATTTTTA 9 207 1 CCGTTTACTTTTTTATGAACAAGCACTACAAA 3 38 1 ACTACAAAGGTTTTATGAAGAATTATTTCAAA 3 62 1 TAATATTTGATGGTAAAAAGAAAGCGAAAGCC 9 11 1 AAAAACGTTTTTGTTTGAATAAAAGTACTTTT 6 162 0 TCAAAATGAGTTTTTTCAACATTTATTAATTA 6 24 1 GCGTATTAATTTAATTAAAGAATAGGAAGCCT 6 108 0 TCTCTTTAAAATCTTTCAAGAACTTGGTTTTA 1 12 0 TTAGCTGTTTTGATTATAAAAACTGTTAAAAT 0 14 1 TGTTAACAGCATTTAACAACAAAATTGAATAA 7 102 1 TTTATAATAAATTTAACAACAAACTGGGAGCG 7 255 0 GCTTTATTTCTGTTTTCAACTAAAGCTGTAGC 9 158 0 TTTCAAATAGATTATTTAAGAAGATTTGAAAA 3 87 1 ** *** ***** MAP Score: 13.5641 Motif 4 AATTTTAACAGTTTTTATAATCAAAACAGCTAATTTT 0 6 0 AAATTTAATAGTGTTGAAAGACAAACATTATTAATTTTTGA 2 12 1 CAACCGTTTACTTTTTTATGAACAAGCACTACAAAGGTTTT 3 35 1 GTTTTTTCAACATTTATTAATTAAAAATTAATGCTTTTTAA 6 33 1 AAAATTAATGCTTTTTAAAGTTGAATCTTAATTCATTTTTC 6 56 1 GCCTAAAAAAGTATTGAAAAATGAATTAAGATTCAACTTTA 6 71 0 TTTAGGCTTCCTATTCTTTAATTAAATTAATACGCTTTTCT 6 105 1 AATTAATACGCTTTTCTAAAAGTAAAAGTTAAGAAAAGTAC 6 129 1 AAGAAAAGTACTTTTATTCAAACAAAAACGTTTTTATAATT 6 159 1 GTAGCTAATTGTTTTTTAGAACAAACTGAATCAAAGAATTT 7 46 1 TTGTTAAATGCTGTTAACAATGAAAGACAATTTCAAATTCT 7 80 0 TTGTTAACAGCATTTAACAACAAAATTGAATAAAAATAAAA 7 101 1 TTATTATGTTGATTTAAACAAGCAAAAAAATAGTGTTTTAA 8 28 1 CTTTCGCTTTCTTTTTACCATCAAATATTAA 9 0 0 AGCTTTATTTCTGTTTTCAACTAAAGCTGTAGCTAAATTAC 9 150 0 ATAACATTGTCTTTTTTTAAAAGAACTGATTTTTAAATTTG 9 204 1 ***** * * ** * MAP Score: 13.0335 Motif 5 GAATTTGAAATTGTCTTTCATTGTTAACAGCA 7 81 1 TTAATAATGTTTGTCTTTCAACACTATTAAAT 2 14 0 AGCAAAAAAATAGTGTTTTAATACCTGGTGGT 8 48 1 CCATCAGGGTCTGTTTTTTATTTTTATTCAAT 7 125 0 TAAAAAGCATTAATTTTTAATTAATAAATGTT 6 41 0 ATAAAAACGTTTTTGTTTGAATAAAAGTACTT 6 164 0 TTATTCAATTTTGTTGTTAAATGCTGTTAACA 7 102 0 CGCTCCCAGTTTGTTGTTAAATTTATTATAAA 7 255 1 AATTTGATTCTTATCTTTAATGGGAATGTTTT 3 115 0 TTAGGCTTCCTATTCTTTAATTAAATTAATAC 6 106 1 CAAACATTATTAATTTTTGATCAGCTAAATAA 2 33 1 GTAGATAACATTGTCTTTTTTTAAAAGAACTG 9 200 1 ATCTTTAATCTTGTTTTTGAGTTTGCAAAGTA 9 121 1 TTAATTCGCGTAATATTTTAACTATCCAGATT 9 48 1 TTGCTTTGTTTTATTTAGCTGATCA 2 50 0 TCTTACTTTGCTATCTTTAATCTTGTTTTTGA 9 109 1 CTTTTTAAAACTGTTTTTGATGATTACAAAAC 3 150 1 TTAAAAGAACTGATTTTTAAATTTGTCTCTGA 9 220 1 TTAATATTTGATGGTAAAAAGAA 9 1 1 TCGAGGGGTATTTTGGTTAAATTAAAATTGTT 0 46 1 GAATCTTAATTCATTTTTCAATACTTTTTTAG 6 78 1 **** *** *** MAP Score: 11.0184 Motif 6 GCTGTTTTGATTATAAAAACTGTTAAAATTCGAGGGGT 0 17 1 TATTTTGGTTAAATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTA 0 54 1 TAAAACCAAGTTCTTGAAAGATTTTAAAGAGATTAATT 1 12 1 ATGAACAAGCACTACAAAGGTTTTATGAAGAATTATTT 3 52 1 CAAATCTTCTTAAATAATCTATTTGAAATAATTCTTCA 3 77 0 TCTTATCTTTAATGGGAATGTTTTCAAATCTTCTTAAA 3 101 0 TTTGTAATCATCAAAAACAGTTTTAAAAAGCGCAATTT 3 142 0 TTCTGCTAAATCAATGGTTTTGTAATCATCAAAAA 3 163 0 AAATCAATAAAATTCTAATACTACTTTT 5 11 0 AAATTAATCTATTTTCAAAATGAGTTTTT 6 1 1 ATTAATTTTTAATTAATAAATGTTGAAAAAACTCATTT 6 27 0 TATTAATTAAAAATTAATGCTTTTTAAAGTTGAATCTT 6 47 1 TTAAAGTTGAATCTTAATTCATTTTTCAATACTTTTTT 6 70 1 CTTTAATTAAATTAATACGCTTTTCTAAAAGTAAAAGT 6 120 1 TTTTATTCAAACAAAAACGTTTTTATAATTTTAGAGAT 6 170 1 TTAAAAGCTGTAGCTAATTGTTTTTTAGAACAAACTGA 7 37 1 GCTGTTAACAATGAAAGACAATTTCAAATTCTTTGATT 7 74 0 TCAATTTTGTTGTTAAATGCTGTTAACAATGAAAGACA 7 92 0 TCCCAGTTTGTTGTTAAATTTATTATAAATATGCAACT 7 258 1 TTAAACAAGCAAAAAAATAGTGTTTTAATACCTGGTGG 8 41 1 AAAAAGATCATACTAAAGATTGTTAAAACAATCTGGAT 9 71 0 ACAAATTTAAAAATCAGTTCTTTTAAAAAAAGACAATG 9 208 0 * ** **** *** MAP Score: 10.4342 Motif 7 CTCGAATTTTAACAGTTTTTATAATCAAAACA 0 19 0 TAATTATTATAACAATTTTAATTTAACCAAAA 0 56 0 AGGGTATTTAACTAATTATTATAACAATTTTA 0 68 0 CAAGTTCTTGAAAGATTTTAAAGAGATTAATT 1 18 1 GTTGAAAGACAAACATTATTAATTTTTGATCA 2 24 1 ATTATTTCAAATAGATTATTTAAGAAGATTTG 3 83 1 AATCATCAAAAACAGTTTTAAAAAGCGCAATT 3 143 0 AGCAAGAATTATAATTAACACTCTA 4 3 1 GAGTTTTTTCAACATTTATTAATTAAAAATTA 6 31 1 TTTAAAAAGCATTAATTTTTAATTAATAAATG 6 43 0 ATTCAAACAAAAACGTTTTTATAATTTTAGAG 6 174 1 TTTACATTAGACTAATTTTAAAAGCTGTAGCT 7 20 1 AGCTGTAGCTAATTGTTTTTTAGAACAAACTG 7 42 1 TTGTTGTTAAATTTATTATAAATATGCAACTA 7 265 1 CGCTTGCGCAATTGATTATTATGTTGATTTAA 8 13 1 TTTTAAAAGAACTGATTTTTAAATTTGTCTCT 9 218 1 ** ******** MAP Score: 7.63732 Motif 8 TCAAACTTCAACCGTTTACTTTTTTATGAACAAGCACTA 3 27 1 AAAGATAAGAATCAAATTGCGCTTTTTAAAACTGTTTTT 3 129 1 AAATTAATCTATTTTCAAAATGAGTTTTT 6 0 1 TATTAATTAAAAATTAATGCTTTTTAAAGTTGAATCTTA 6 47 1 TTAAAGTTGAATCTTAATTCATTTTTCAATACTTTTTTA 6 70 1 TTCTTTAATTAAATTAATACGCTTTTCTAAAAGTAAAAG 6 118 1 TTTTGTTTGAATAAAAGTACTTTTCTTAACTTTTACTTT 6 147 0 ACTTTTATTCAAACAAAAACGTTTTTATAATTTTAGAGA 6 168 1 TAAAAGCTGTAGCTAATTGTTTTTTAGAACAAACTGAAT 7 38 1 TAAACAAGCAAAAAAATAGTGTTTTAATACCTGGTGGTA 8 42 1 GAACTTGTAGATAACATTGTCTTTTTTTAAAAGAACTGA 9 194 1 * * * * * **** * MAP Score: 2.70927 Motif 9 TTCTTGAAAGATTTTAAAGAGATTAATTACTTCA 1 22 1 AATTTAATAGTGTTGAAAGACAAACATTATTAATTTTTG 2 13 1 ATGAAGAATTATTTCAAATAGATTATTTAAGAAGATTTG 3 76 1 CAAATTGCGCTTTTTAAAACTGTTTTTGATGATTACAAA 3 141 1 AATTAATCTATTTTCAAAATGAGTTTTTTCAACATTTAT 6 11 1 AACATTTATTAATTAAAAATTAATGCTTTTTAAAGTTGA 6 41 1 TTAATACGCTTTTCTAAAAGTAAAAGTTAAGAAAAGTAC 6 131 1 AAAGTACTTTTATTCAAACAAAAACGTTTTTATAATTTT 6 163 1 ATTAGACTAATTTTAAAAGCTGTAGCTAATTGTTTTTTA 7 25 1 CTACAGCTTTAGTTGAAAACAGAAATAAAGCTGTGGAAC 9 159 1 ACATTGTCTTTTTTTAAAAGAACTGATTTTTAAATTTGT 9 207 1 * ** *** * * * * MAP Score: 1.08467 Motif 10 ATTTTAACAGTTTTTATAATCAAAACAGCTAAT 0 13 0 TAAATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAAATA 0 63 1 AATTTAATAGTGTTGAAAGACAAACATTATTAA 2 13 1 TTGTAGTGCTTGTTCATAAAAAAGTAAACGGTT 3 36 0 CAAATTGCGCTTTTTAAAACTGTTTTTGATGAT 3 141 1 ATCCTTAGAGTGTTAATTATAATTCTTGCT 4 7 0 AAAAAACTCATTTTGAAAATAGATTAATTT 6 7 0 CCTAAAAAAGTATTGAAAAATGAATTAAGATTC 6 78 0 AAGCGTATTAATTTAATTAAAGAATAGGAAGCC 6 109 0 TAAAAGTAAAAGTTAAGAAAAGTACTTTTATTC 6 145 1 AACGTTTTTGTTTGAATAAAAGTACTTTTCTTA 6 158 0 TAGCTACAGCTTTTAAAATTAGTCTAATGTAAA 7 20 0 TTGATTCAGTTTGTTCTAAAAAACAATTAGCTA 7 47 0 TGTTAAATGCTGTTAACAATGAAAGACAATTTC 7 87 0 TGTTAACAGCATTTAACAACAAAATTGAATAAA 7 102 1 TTTATAATAAATTTAACAACAAACTGGGAGCGT 7 254 0 TAATATTTGATGGTAAAAAGAAAGCGAAAGCCT 9 11 1 ATACTAAAGATTGTTAAAACAATCTGGATAGTT 9 67 0 AAAGATAGCAAAGTAAGAAAAAAGATCATACTA 9 94 0 CTACAGCTTTAGTTGAAAACAGAAATAAAGCTG 9 159 1 AAATCAGTTCTTTTAAAAAAAGACAATGTTATC 9 203 0 **** * ** *** MAP Score: 0.4093