AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons017_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238474
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG109	59	serine/threonine protein kinase, putative
#1	MG115	24	conserved hypothetical protein
#2	MG122	39	DNA topoisomerase I (topA)
#3	MG124	46	thioredoxin (trxA)
#4	MG206	35	excinuclease ABC subunit C (uvrC)
#5	MG452	52	conserved hypothetical protein

Motif 1
GTGATATTGTTGAAAATAAGTATCAAATTG	0	16	1
TTGAAAAGCTTTTAAATAGGGGTGGG    	0	43	1
CTTACTTAACTATAAATAAGGTTTTTGT  	2	8	0
TGTTTCAACTAATAAATTGGCCTT      	3	32	1
TTGTTAAAAGATAAAATTAGATAACTA   	4	7	0
       TTGTTTAAATTATGTTGTTAATT	5	3	1
TGTTGTTAATTTTAAATAAGTTTAAGATAA	5	22	1
TTAAATAAGTTTAAGATAAGCTGGAGATA 	5	33	1
          **********
MAP Score: 12.4146

Motif 2
ATAGGTGATATTGTTGAAAATAAGTATCAAAT	0	12	1
          TTGTTTAAATTATGTTGTTAAT	5	0	1
  GCTGGTTATTGTTAAAAGATAAAATTAGAT	4	15	0
TATCTTAAACTTATTTAAAATTAACAACATAA	5	19	0
 ACAAAAACCTTATTTATAGTTAAGTAAGTAG	2	9	1
GCCAATTTATTAGTTGAAACAATTCTAATAAA	3	21	0
       TAGTTATCTAATTTTATCTTTTAAC	4	3	1
GAAACAATTCTAATAAAATCTAATGTAA    	3	6	0
          ***** *** **
MAP Score: 6.6316