AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons019_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238481
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG070	110	ribosomal protein S2 (rpS2)
#1	MG221	243	conserved hypothetical protein

Motif 1
CAAAACCAAGGTTTTATGGCTTTTAGTTATTATCGA	0	20	0
TAAAACCTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTATA	0	40	1
          GCTGTGTAATTTTACATTATGCAGTA	0	94	0
AAGTGCCAAAGTTTTATAATTGATCAACTGTCATCA	1	20	1
AGGGTTACAGGTTCGATTCCTGTTGGTGACGCCATT	1	92	1
AAGCCTACCAGTTATTTAACTGATAGGCAAATAAAG	1	130	0
TAAATAACTGGTAGGCTTTTTTATTGTTTTGTAGTT	1	148	1
CTTTTTTATTGTTTTGTAGTTTATCAAGGGTTAATT	1	163	1
          *** * *  *** * *
MAP Score: 7.93013

Motif 2
          TCAATAAAACTCGATAATAA	0	0	1
TCAATAAAACTCGATAATAACTAAAAGCCA	0	10	1
ATAACTAAAAGCCATAAAACCTTGGTTTTG	0	26	1
CAGTAAAACTGCAATAATATTGTTATAAAC	0	69	0
TTTACATTATGCAGTAAAACTGCAATAATA	0	80	0
TGACAGTTGATCAATTATAAAACTTTGGCA	1	23	0
TATTTGCCTATCAGTTAAATAACTGGTAGG	1	133	1
AAACTACAAAACAATAAAAAAGCCTACCAG	1	155	0
          **********
MAP Score: 6.27778

Motif 3
         TCAATAAAACTCGATAATAACTA	0	1	1
AACTAAAAGCCATAAAACCTTGGTTTTGTGGT	0	28	1
AGCTAAAAACCACAAAACCAAGGTTTTATGGC	0	36	0
AGTAAAACTGCAATAATATTGTTATAAACAAG	0	66	0
TTACATTATGCAGTAAAACTGCAATAATATTG	0	77	0
GTTGATCAATTATAAAACTTTGGCACTTTTAG	1	16	0
ACAAAACAATAAAAAAGCCTACCAGTTATTTA	1	148	0
CTACAACTTAAATTAACCCTTGATAAACTACA	1	177	0
TTTATCTTAGCATAAAAATTTCTTTTTGTCCA	1	220	0
          ** ******* *
MAP Score: 3.42012

Motif 4
GGTTTTATGGCTTTTAGTTATTATCGAGTTTTATTGA	0	10	0
GTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTATAACAATATTATT	0	50	1
 GCTGTGTAATTTTACATTATGCAGTAAAACTGCAAT	0	84	0
CCTACCAGTTATTTAACTGATAGGCAAATAAAGTTAA	1	126	0
ACTGGTAGGCTTTTTTATTGTTTTGTAGTTTATCAAG	1	154	1
TTTTATTGTTTTGTAGTTTATCAAGGGTTAATTTAAG	1	166	1
TCAAGGGTTAATTTAAGTTGTAGTCATTTCATTTTGG	1	186	1
GTTGTAGTCATTTCATTTTGGACAAAAAGAAATTTTT	1	202	1
AGCATAAAAATTTCTTTTTGTCCAAAATGAAATGACT	1	207	0
          TTTTATCTTAGCATAAAAATTTCTTTT	1	226	0
          *****  ****     *
MAP Score: 2.62075

Motif 5
CAAAACCAAGGTTTTATGGCTTTTAGTTATTATCGAGTTTT	0	15	0
TAAAACCTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTATAACAAT	0	40	1
AAGTGCCAAAGTTTTATAATTGATCAACTGTCATCATAGCT	1	20	1
TTGCCTATCAGTTAAATAACTGGTAGGCTTTTTTATTGTTT	1	136	1
CTTTTTTATTGTTTTGTAGTTTATCAAGGGTTAATTTAAGT	1	163	1
          *** * *   *  * *   **
MAP Score: 1.0904

Motif 6
AAGGTTTTATGGCTTTTAGTTATTATCGAGTTTTATTGA   	0	7	0
TAAAACCTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTATAACAATA	0	40	1
AAATCTAAAAGTGCCAAAGTTTTATAATTGATCAACTGTCAT	1	12	1
CGGAGCTGAGGGTTACAGGTTCGATTCCTGTTGGTGACGCCA	1	84	1
AACTTTATTTGCCTATCAGTTAAATAACTGGTAGGCTTTTTT	1	128	1
TAACTGGTAGGCTTTTTTATTGTTTTGTAGTTTATCAAGGGT	1	152	1
          *  *   ****   *   ** *
MAP Score: 0.350337