AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons019_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238487
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG069	300	PTS system, glucose-specific IIABC component (ptsG)
#1	MG070	110	ribosomal protein S2 (rpS2)
#2	MG221	243	conserved hypothetical protein

Motif 1
AACAAGCTAAAAACCACAAAACCAAGGTTTT	1	41	0
AACCCTTGATAAACTACAAAACAATAAAAAA	2	164	0
GATGAAAAAGAAACAACAAATTAGTTTTATT	0	189	1
AATTTCACTTAAAGAACAAAAGAAAGGTCAA	0	100	1
AAAATTCCAAAAACAACTAAAAGAGCATATG	0	27	0
      TTTAAAACTACTAAATTTTATTAAC	0	285	0
TGAAATTTTTAAAGCTCAAAATAAAAATCCT	0	76	0
AGAACAAAAGAAAGGTCAAATTACTAATGAT	0	112	1
TGTTGCATGCAAACAACATATGCTCTTTTAG	0	11	1
TTATGCAGTAAAACTGCAATAATATTGTTAT	1	73	0
 CTAAATCTAAAAGTGCCAAAGTTTTATAAT	2	9	1
          **** ******
MAP Score: 21.322

Motif 2
CAAACAACATATGCTCTTTTAGTTGTTTTTGGAA	0	20	1
TTAGTTGTTTTTGGAATTTTATTAGTTCTAATTG	0	38	1
CTAATTGGACTAGGATTTTTATTTTGAGCTTTAA	0	65	1
TTTTGAGCTTTAAAAATTTCACTTAAAGAACAAA	0	86	1
CATTAGTAATTTGACCTTTCTTTTGTTCTTTAAG	0	107	0
GTCAAATTACTAATGATTTGACTTCCAATAACTC	0	126	1
CAACTCCCTCTAGGAACTTCATTTTTAAGTGAGT	0	156	0
TAAAACTAATTTGTTGTTTCTTTTTCATCAACTC	0	184	0
TTGCTTGCAATAGTTTTTTTAATGCTAGGAATAG	0	221	1
ACCAAGGTTTTATGGCTTTTAGTTATTATCGAGT	1	18	0
AACAATATTATTGCAGTTTTACTGCATAATGTAA	1	75	1
AAATAACTGGTAGGCTTTTTTATTGTTTTGTAGT	2	149	1
ATTTAAGTTGTAGTCATTTCATTTTGGACAAAAA	2	196	1
TATCTTAGCATAAAAATTTCTTTTTGTCCAAAAT	2	216	0
          ***   ***** **
MAP Score: 17.5439

Motif 3
AAAATTCCAAAAACAACTAAAAGAGCATATGTTG	0	24	0
CCTAGTCCAATTAGAACTAATAAAATTCCAAAAA	0	45	0
AATTTCACTTAAAGAACAAAAGAAAGGTCAAATT	0	100	1
CCTAGCATTAAAAAAACTATTGCAAGCAAAAATA	0	216	0
         TTTAAAACTACTAAATTTTATTAAC	0	285	0
TAAAACTCGATAATAACTAAAAGCCATAAAACCT	1	14	1
ATAAACAAGCTAAAAACCACAAAACCAAGGTTTT	1	41	0
TTTAGCTTGTTTATAACAATATTATTGCAGTTTT	1	61	1
TTGATAAACTACAAAACAATAAAAAAGCCTACCA	2	156	0
          * * ***** ** *
MAP Score: 6.57853

Motif 4
ATGCTCTTTTAGTTGTTTTTGGAATTTTAT	0	30	1
TTGTTTTTGGAATTTTATTAGTTCTAATTG	0	42	1
TTGGACTAGGATTTTTATTTTGAGCTTTAA	0	69	1
CTTTAAGTGAAATTTTTAAAGCTCAAAATA	0	84	0
TCCCTCTAGGAACTTCATTTTTAAGTGAGT	0	156	0
ACAACAAATTAGTTTTATTTTTGCTTGCAA	0	201	1
TGCTTGCAATAGTTTTTTTAATGCTAGGAA	0	222	1
AAAACTACTAAATTTTATTAACCAAACAGC	0	277	0
AATAAAATTTAGTAGTTTTAAA        	0	288	1
GTTATTATCGAGTTTTATTGA         	1	1	0
ACAAAACCAAGGTTTTATGGCTTTTAGTTA	1	27	0
TGTGGTTTTTAGCTTGTTTATAACAATATT	1	54	1
TGTTTATAACAATATTATTGCAGTTTTACT	1	68	1
ATATTATTGCAGTTTTACTGCATAATGTAA	1	79	1
AAAGTGCCAAAGTTTTATAATTGATCAACT	2	19	1
TGACGCCATTAACTTTATTTGCCTATCAGT	2	118	1
ATAACTGGTAGGCTTTTTTATTGTTTTGTA	2	151	1
TTAGCATAAAAATTTCTTTTTGTCCAAAAT	2	216	0
          **********
MAP Score: 6.56437