AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons020_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238498
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG369	68	conserved hypothetical protein
#1	MG377	46	conserved hypothetical protein
#2	MG378	28	arginyl-tRNA synthetase (argS)

Motif 1
TATAACCACAATAATTTTAAATTTTAA         	0	1	0
TATTGTGGTTATAAACTTCTTTTTTATCCCTTATAA	0	24	1
TTTATCCCTTATAAGCTAGGGTTTTACTTTAG    	0	46	1
TCACGCATATAGGAATTAAAATTTAATAAGTTTCTA	1	15	1
  TTTGCATCATTAAATATAATTTAAAGTA      	2	8	1
          ** *  **   *****
MAP Score: 7.09542

Motif 2
CACAATAATTTTAAATTTTAA         	0	1	0
CATATAGGAATTAAAATTTAATAAGTTTCT	1	20	1
 TTTGCATCATTAAATATAATTTAAAGTA 	2	9	1
          **********
MAP Score: 2.85808

Motif 3
      TTAAAATTTAAAATTATTGTGGTTA	0	4	1
AATTATTGTGGTTATAAACTTCTTTTTTATC	0	21	1
ATAAGCTAGGGTTTTACTTTAG         	0	56	1
ACGCATATAGGAATTAAAATTTAATAAGTTT	1	17	1
ATTTAATAAGTTTCTAAAAAT          	1	35	1
CTTTAAATTATATTTAATGATGCAAA     	2	5	0
CATTAAATATAATTTAAAGTA          	2	17	1
          ******** **
MAP Score: 0.89094