AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons021_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238500
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG042	197	spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein (potA)
#1	MG186	300	lipoprotein, putative

Motif 1
TAAACAGATTTAATTGATTAAAATATGCTAAG	0	10	0
TTAAATCTGTTTATTTTTTAATAGTAAAAACA	0	29	1
TTTAACCTTGTTTCTATTTAACAAAATTGGTT	0	64	1
AAAAATATCTTAATTTTTTACAGCAAAATTGA	0	108	0
AATTAAGATATTTTTTATCAAAAATTAGCATA	0	125	1
CTAATTAACGTTTTTTATTGAAAATTAAGTAT	0	170	1
TATTGAAAATTAAGTATTTAAA          	0	185	1
TGATTTTTGATCTTTTTTCACCGGATAAGCAG	1	39	0
CAAGATCAATTCCTTGATCAACGCTACGCCGT	1	76	1
TAAATCCCCATAACTATTCAACGGCGTAGCGT	1	96	0
TAACTTGGTGTGATTATTTAAATCCCCATAAC	1	114	0
AATTATTTACTTATTTATTAACCATTGTTACC	1	155	1
CATTGTTACCCAATTTTTCAACCACTTCCCCA	1	177	1
CTATAAATTGTTATTTTTTAACAATTTGAACA	1	211	1
TTTTGCAATTTAATTGTTCAAATTGTTAAAAA	1	225	0
ATTAATATAGTTATTTTTTGCAATTTAATTGT	1	240	0
          * *** ******
MAP Score: 20.7406

Motif 2
AAATCTGTTTATTTTTTAATAGTAAAAACACAATTT	0	31	1
TTTTTATGCTAATTTTTGATAAAAAATATCTTAATT	0	125	0
TTAAATACTTAATTTTCAATAAAAAACGTTAATTAG	0	170	0
TAATATAGTTATTTTTTGCAATTTAATTGTTCAAAT	1	234	0
  CTTAGCATATTTTAATCAATTAAATCTGTTTATT	0	8	1
TTTTCAAACCAATTTTGTTAAATAGAAACAAGGTTA	0	66	0
ATAAGTAAATAATTTGGGTAAATTAACTTGGTGTGA	1	133	0
AAGGCTATCAATTTTGCTGTAAAAAATTAAGATATT	0	101	1
GCCGTTGAATAGTTATGGGGATTTAAATAATCACAC	1	103	1
TAATTGTTCAAATTGTTAAAAAATAACAATTTATAG	1	211	0
TTGTTAGCTAAATTTACATTAATATAGTTATTTTTT	1	253	0
ATTGGGTAACAATGGTTAATAAATAAGTAAATAATT	1	155	0
          * ****    * ****
MAP Score: 10.7472