AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons021_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238507
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG040	158	lipoprotein, putative
#1	MG042	197	spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein (potA)
#2	MG186	300	lipoprotein, putative

Motif 1
ATAACTAACTAAATACTAGAAGATTAATTA      	0	4	0
TTATTTTGCAAAAAAGGATTAGTTTTATAGTTGTGA	0	36	1
CTTTTTATAGAGATACCAAAAAGTAAATCACAACTA	0	63	0
GTATCTCTATAAAAAGTAGTATCAAACATTTTTTTA	0	83	1
TTTAGTAAAAAGAAATCAAAAGATAAAAAAATGTTT	0	106	0
TCTTTTTACTAAAAATAATTAGCTAAAATACCGTCA	0	129	1
TTTACTATTAAAAAATAAACAGATTTAATTGATTAA	1	21	0
TTTTTAATAGTAAAAACACAATTTAACCTTGTTTCT	1	43	1
TTTTGCTGTAAAAAATTAAGATATTTTTTATCAAAA	1	112	1
ATTTTTTATCAAAAATTAGCATAAAAAATTGTTATA	1	134	1
TTTTTTATTGAAAATTAAGTATTTAAA         	1	180	1
TTATCCGGTGAAAAAAGATCAAAAATCAACTGTCAA	2	43	1
ACAATGGTTAATAAATAAGTAAATAATTTGGGTAAA	2	147	0
CAAATTGTTAAAAAATAACAATTTATAGAGTGGGGA	2	203	0
TTAAATTGCAAAAAATAACTATATTAATGTAAATTT	2	244	1
       CTCAAAAACAACCAGTTAAGCTTGTTAGC	2	281	0
          *****  *  *  ***
MAP Score: 30.7271

Motif 2
TAAATACTAGAAGATTAATTA          	0	0	0
TTTTTGCAAAATAACTAACTAAATACTAGAA	0	19	0
TTATTTTGCAAAAAAGGATTAGTTTTATAGT	0	36	1
GTATCTCTATAAAAAGTAGTATCAAACATTT	0	83	1
TCAAAAGATAAAAAAATGTTTGATACTACTT	0	96	0
TCTTTTTACTAAAAATAATTAGCTAAAATAC	0	129	1
TTAATTGATTAAAATATGCTAAG        	1	2	0
TCTATTTAACAAAATTGGTTTGAAAAAGGCT	1	76	1
AAATTGGTTTGAAAAAGGCTATCAATTTTGC	1	87	1
GATATTTTTTATCAAAAATTAGCATAAAAAA	1	131	1
AATTAGCATAAAAAATTGTTATACTAATTAA	1	147	1
AATTTTCAATAAAAAACGTTAATTAGTATAA	1	165	0
TTTTTTATTGAAAATTAAGTATTTAAA    	1	180	1
CGCTACGCCGTTGAATAGTTATGGGGATTTA	2	97	1
ACAATGGTTAATAAATAAGTAAATAATTTGG	2	152	0
AAAATTGGGTAACAATGGTTAATAAATAAGT	2	163	0
TCCCCACTCTATAAATTGTTATTTTTTAACA	2	203	1
ATTTAATTGTTCAAATTGTTAAAAAATAACA	2	219	0
TTAAATTGCAAAAAATAACTATATTAATGTA	2	244	1
          ****** ****
MAP Score: 9.62372

Motif 3
TTCTAGTATTTAGTTAGTTATTTTGCAAAAAAGGATTAGT	0	19	1
AAAAGTAGTATCAAACATTTTTTTATCTTTTGATTTCTTT	0	94	1
TTTTATCTTTTGATTTCTTTTTACTAAAAATAATTAGCTA	0	114	1
       ATATGACGGTATTTTAGCTAATTATTTTTAGTA	0	135	0
         CTTAGCATATTTTAATCAATTAAATCTGTTT	1	1	1
TAGCCTTTTTCAAACCAATTTTGTTAAATAGAAACAAGGT	1	68	0
TTGAAAAAGGCTATCAATTTTGCTGTAAAAAATTAAGATA	1	95	1
CTGTAAAAAATTAAGATATTTTTTATCAAAAATTAGCATA	1	117	1
TTAATTAGTATAACAATTTTTTATGCTAATTTTTGATAAA	1	138	0
GTTATACTAATTAACGTTTTTTATTGAAAATTAAGTATTT	1	164	1
AGTTGATTTTTGATCTTTTTTCACCGGATAAGCAGTTTTA	2	34	0
ATAATCACACCAAGTTAATTTACCCAAATTATTTACTTAT	2	129	1
TACTTATTTATTAACCATTGTTACCCAATTTTTCAACCAC	2	162	1
CTTCCCCACTCTATAAATTGTTATTTTTTAACAATTTGAA	2	201	1
TACATTAATATAGTTATTTTTTGCAATTTAATTGTTCAAA	2	235	0
GTTAAGCTTGTTAGCTAAATTTACATTAATATAGTTATTT	2	256	0
          * *    *****     ***
MAP Score: 0.0111311