AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons022_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238516
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG249	44	RNA polymerase sigma-43 factor (rpoD)
#1	MG254	175	DNA ligase
#2	MG418	37	ribosomal protein L13 (rpL13)
#3	MG422	37	conserved hypothetical protein
#4	MG424	188	ribosomal protein S15 (rps15)

Motif 1
AATTTTAGCTTATATAACTT          	0	0	0
TGCGACTAGCATTATAATTTTAGCTTATAT	0	15	0
GCGTTGTTACTTTAATATTTAGTATATTTT	1	17	0
TCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGTAAAA	1	110	1
AGTCAGGATTTTTCTTATTTATAGTA    	1	159	1
CGCATTCTATTTTAATATTA          	2	0	0
     GTACCTTTCAAATTTTAATTGCTAA	3	22	0
GTTAAATGGCTTTGTTAATTTGTTTAGATG	4	12	1
ATCGAGAGAATTTATTAATAAAAATAAAAA	4	64	1
CTCCTACTTACTTATTACTTATAATAAATA	4	97	0
AGTAGGAGAATTTATTACTTCTAACCTTGG	4	119	1
AATGAGCCGTTTTCTAATTTTGTTATAATT	4	150	1
ATTCAACGTGTTTATTAATTA         	4	177	1
          **********
MAP Score: 14.6848

Motif 2
TATATAAGCTAAAATTATAATGCTAGTCGC	0	14	1
         GCAAGTTAAAATATACTAAAT	1	1	1
AAATATACTAAATATTAAAGTAACAACGCA	1	18	1
TAACCTTGCCAAGGTTAAGATGCGGGTTCG	1	70	1
TTATCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGTA	1	107	1
         TAATATTAAAATAGAATGCGG	2	1	1
  GTACCTTAAAGATTAGCAATTAAAATTT	3	8	1
ATTAGCAATTAAAATTTGAAAGGTAC    	3	21	1
TACATCTAAACAAATTAACAAAGCCATTTA	4	14	0
ATTTATTAATAAAAATAAAAACTATATTTA	4	73	1
GCTCATTGCCAAGGTTAGAAGTAATAAATT	4	127	0
GAATTATAACAAAATTAGAAAACGGCTCAT	4	151	0
          **********
MAP Score: 13.4924

Motif 3
 AAGTTATATAAGCTAAAATTATAATGCTAG	0	9	1
        GCAAGTTAAAATATACTAAATAT	1	2	1
AGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAA	1	13	1
TATCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGTAAA	1	108	1
ACCGCATTCTATTTTAATATTA         	2	1	0
TAAAGATTAGCAATTAAAATTTGAAAGGTAC	3	16	1
ACATCTAAACAAATTAACAAAGCCATTTAAC	4	12	0
ATATTTTCGATATTTAAATCTATACATCTAA	4	35	0
ATATCGAGAGAATTTATTAATAAAAATAAAA	4	62	1
TTATTAATAAAAATAAAAACTATATTTATTA	4	75	1
ATAAAAACTATATTTATTATAAGTAATAAGT	4	87	1
TTCTCCTACTTACTTATTACTTATAATAAAT	4	98	0
TAAGTAGGAGAATTTATTACTTCTAACCTTG	4	117	1
          TAATTAATAAACACGTTGAAT	4	177	0
          ** ********
MAP Score: 5.04308

Motif 4
CCGCATCTTAACCTTGGCAAGGTTATGTTC	1	65	0
ATTACTTCTAACCTTGGCAATGAGCCGTTT	4	132	1
          **********
MAP Score: 1.51473