AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons022_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238524
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG249	44	RNA polymerase sigma-43 factor (rpoD)
#1	MG254	175	DNA ligase
#2	MG418	37	ribosomal protein L13 (rpL13)
#3	MG422	37	conserved hypothetical protein
#4	MG424	188	ribosomal protein S15 (rps15)

Motif 1
AATTTTAGCTTATATAACTT          	0	0	0
TGCGACTAGCATTATAATTTTAGCTTATAT	0	15	0
TATTTAGTATATTTTAACTTGC        	1	2	0
GCGTTGTTACTTTAATATTTAGTATATTTT	1	17	0
TCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGTAAAA	1	110	1
AGTCAGGATTTTTCTTATTTATAGTA    	1	159	1
CGCATTCTATTTTAATATTA          	2	0	0
     GTACCTTTCAAATTTTAATTGCTAA	3	22	0
GTTAAATGGCTTTGTTAATTTGTTTAGATG	4	12	1
AGTTTTTATTTTTATTAATAAATTCTCTCG	4	66	0
CTCCTACTTACTTATTACTTATAATAAATA	4	97	0
AGTAGGAGAATTTATTACTTCTAACCTTGG	4	119	1
AATGAGCCGTTTTCTAATTTTGTTATAATT	4	150	1
ATTCAACGTGTTTATTAATTA         	4	177	1
          **********
MAP Score: 14.505

Motif 2
GCGACTAGCATTATAATTTTAGCTTATATAA	0	13	0
ACTTTAATATTTAGTATATTTTAACTTGC  	1	8	0
TTGATACCAATCAGGATTTTACAAAGAAGTT	1	125	0
ATCAACTAAGTCAGGATTTTTCTTATTTATA	1	151	1
CCGCATTCTATTTTAATATTA          	2	0	0
     GTACCTTTCAAATTTTAATTGCTAAT	3	21	0
CTCTCGATATTTTCGATATTTAAATCTATAC	4	41	0
ATAAATATAGTTTTTATTTTTATTAATAAAT	4	73	0
AATGAGCCGTTTTCTAATTTTGTTATAATTC	4	150	1
          **** ******
MAP Score: 5.58932

Motif 3
AAGTTATATAAGCTAAAATTATAATGCTAG	0	10	1
       GCAAGTTAAAATATACTAAATAT	1	3	1
ATCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGTAAA	1	109	1
       TAATATTAAAATAGAATGCGGTT	2	3	1
AAAGATTAGCAATTAAAATTTGAAAGGTAC	3	17	1
TAGATGTATAGATTTAAATATCGAAAATAT	4	36	1
AGAATTTATTAATAAAAATAAAAACTATAT	4	70	1
TATTACTTATAATAAATATAGTTTTTATTT	4	85	0
          **********
MAP Score: 3.98549