AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons023_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238533
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG096	182	conserved hypothetical protein
#1	MG097	56	uracil DNA glycosylase (ung)
#2	MG098	99	Glu-tRNA amidotransferase subunit gatC-related protein

Motif 1
CATTCAGTTTTGAAAAGAAAAGTTTAAATTAATGGTAAAA	0	20	1
CAAGGAAAGTTTAATGAATAATTTTACCATTAATTTAAAC	0	41	0
TCATTAAACTTTCCTTGTTAGTTGTAGTTTTCAATACTGT	0	64	1
CAATACTGTTTGTATTTCGAAGTTCATTTTAAAAAATTCG	0	95	1
AAAAAATTCGTAGTTCTAGATCTTTAAAATATGTTATTTA	0	125	1
          TCTATTAAGAAATTTTTGATCAGTTACTTT	1	0	1
CAGTTACTTTTACCTAGATAAATTTAAAGTTTATTT    	1	30	1
GTTTTTCTAATCAATAAACAAGTGTCAACTACAGCTTTGT	2	16	0
AATAATCACTTAGTTAAATAATTTTACAAGGTTGTTGTTT	2	52	0
AACTAAGTGATTATTACTTAATTGCACTTTAG        	2	77	1
          *   *  * ** ****   *
MAP Score: 6.62009

Motif 2
ATTTTACCATTAATTTAAACTTTTCTTTTCAAAACTGAA	0	22	0
GTAAAATTATTCATTAAACTTTCCTTGTTAGTTGTAGTT	0	54	1
AGTTGTAGTTTTCAATACTGTTTGTATTTCGAAGTTCAT	0	83	1
TCGAAGTTCATTTTAAAAAATTCGTAGTTCTAGATCTTT	0	111	1
TTAAAATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTAATTTCATAA	0	148	1
TAAAAGTAACTGATCAAAAATTTCTTAATAGA       	1	3	0
AACAAAGCTGTAGTTGACACTTGTTTATTGATTAGAAAA	2	15	1
AGTTAAATAATTTTACAAGGTTGTTGTTTTTCTAATCAA	2	42	0
          *  *  **  ** **  **
MAP Score: 5.92894

Motif 3
CAGTTTTGAAAAGAAAAGTTTAAATTAATGGTA	0	24	1
TACAACTAACAAGGAAAGTTTAATGAATAATTT	0	57	0
ATCTAGAACTACGAATTTTTTAAAATGAACTTC	0	113	0
TGAAATTAAAAAAGACAATTAAATAACATATTT	0	151	0
    TCTATTAAGAAATTTTTGATCAGTTACTT	1	6	1
          AAATAAACTTTAAATTTATCTAG	1	43	0
 TTAAAAACAAAGCTGTAGTTGACACTTGTTTA	2	9	1
AACAACCTTGTAAAATTATTTAACTAAGTGATT	2	56	1
          *** * * *****
MAP Score: 5.57952

Motif 4
TTTAAATTAATGGTAAAATTATTCATTAAACTT	0	42	1
ACTGTTTGTATTTCGAAGTTCATTTTAAAAAAT	0	99	1
GAAGTTCATTTTAAAAAATTCGTAGTTCTAGAT	0	113	1
GTTCTAGATCTTTAAAATATGTTATTTAATTGT	0	137	1
TTAATTGTCTTTTTTAATTTCATAAATTGT   	0	162	1
      TCTATTAAGAAATTTTTGATCAGTTAC	1	4	1
CCTAGATAAATTTAAAGTTTATTT         	1	42	1
AACAACAACCTTGTAAAATTATTTAACTAAGTG	2	53	1
          **  ****** **
MAP Score: 2.93943

Motif 5
AATTTTACCATTAATTTAAACTTTTCTTTTCAAAACTGAA	0	22	0
CAATACTGTTTGTATTTCGAAGTTCATTTTAAAAAATTCG	0	95	1
GTTCATTTTAAAAAATTCGTAGTTCTAGATCTTTAAAATA	0	116	1
TCTAGATCTTTAAAATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTAA	0	139	1
          TCTATTAAGAAATTTTTGATCAGTTACTTT	1	0	1
TAAACAAGTGTCAACTACAGCTTTGTTTTTAA        	2	2	0
GTTAAATAATTTTACAAGGTTGTTGTTTTTCTAATCAATA	2	40	0
GTAAAATTATTTAACTAAGTGATTATTACTTAATTGCACT	2	65	1
          * ** ** *   **  *  *
MAP Score: 2.52143