AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons023_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238539
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG077	233	oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB)
#1	MG081	55	ribosomal protein L11 (rpl11)
#2	MG087	28	ribosomal protein S12 (rpS12)
#3	MG090	51	ribosomal protein S6 (rpS6)
#4	MG094	49	replicative DNA helicase (dnaB)
#5	MG096	182	conserved hypothetical protein
#6	MG097	56	uracil DNA glycosylase (ung)
#7	MG098	99	Glu-tRNA amidotransferase subunit gatC-related protein

Motif 1
 CTAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAA	0	9	1
GCACATGATCTTTATCACTAAATTTATGTTTGGTTT	0	60	1
GATTTAGAAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAACCA	0	143	1
TTTGTTTCAGGTAACCAGTACCATTTCCAAAAAACT	0	162	1
AACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA     	0	212	1
AAATATAACTTTACTCAATGAGTTTTTCCAAAAAGT	3	21	1
     CAATTTTAGCCATTCAGTTTTGAAAAGAAAA	5	5	1
AATGGTAAAATTATTCATTAAACTTTCCTTGTTAGT	5	50	1
GTTAGTTGTAGTTTTCAATACTGTTTGTATTTCGAA	5	80	1
TTAAAATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTAATTTCA	5	148	1
TAAGAAATTTTTGATCAGTTACTTTTACCTAGATAA	6	15	1
TAATAATCACTTAGTTAAATAATTTTACAAGGTTGT	7	57	0
TAAGTGATTATTACTTAATTGCACTTTAG       	7	80	1
          *** *** *    ***
MAP Score: 14.9579

Motif 2
TCTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAATAACG	0	18	0
GCACATGATCTTTATCACTAAATTTATGTTTGGTTT	0	60	1
AGGTTCTCAGTTTTTTGGAAATGGTACTGGTTACCT	0	170	0
AAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA 	0	208	1
AGCTCCCACATTTTTGGAAAATTTTAAA        	1	2	0
       ATTTTGTTAGAATACTTCAGTTGTCTAT 	2	3	1
AGTAAAGTTATATTTTTATTAAGTAT          	3	0	0
TTGGAAAAACTCATTGAGTAAAGTTATATTTTTATT	3	16	0
ACTCAATGAGTTTTTCCAAAAAGTTTTT        	3	33	1
AATGTTGCTATCATTTGCATATTTAAAA        	4	2	0
TTTAAACTTTTCTTTTCAAAACTGAATGGCTAAAAT	5	12	0
AAAGTTTAAATTAATGGTAAAATTATTCATTAAACT	5	38	1
TAGTTCTAGATCTTTAAAATATGTTATTTAATTGTC	5	135	1
TTGTCTTTTTTAATTTCATAAATTGT          	5	166	1
TAAGAAATTTTTGATCAGTTACTTTTACCTAGATAA	6	15	1
AATAATCACTTAGTTAAATAATTTTACAAGGTTGTT	7	56	0
AACTAAGTGATTATTACTTAATTGCACTTTAG    	7	77	1
          ** **   *** ** *
MAP Score: 11.6636

Motif 3
ACCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACC	0	175	1
TCAATGAGTTTTTCCAAAAAGTTTTT    	3	35	1
  TTTAAAATTTTCCAAAAATGTGGGAGCT	1	8	1
TCGAAGTTCATTTTAAAAAATTCGTAGTTC	5	111	1
AGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAA	0	25	1
TAAACTTTTCTTTTCAAAACTGAATGGCTA	5	16	0
TCTTTTTTAATTTCATAAATTGT       	5	169	1
          **********
MAP Score: 9.49358