AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons024_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238551
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG136	48	lysyl-tRNA synthetase (lysS)
#1	MG139	83	conserved hypothetical protein
#2	MG142	258	translation initiation factor 2 (infB)
#3	MG144	24	conserved hypothetical protein
#4	MG424	188	ribosomal protein S15 (rps15)

Motif 1
ACAAGAAAACATTTTGTTAAAAGAGAACTTTT	2	39	1
CCGTTTTCTAATTTTGTTATAATTCAACGTGT	4	156	1
TGGCTTTGTTAATTTGTTTAGATGTATAGATT	4	18	1
ATATCGAGAGAATTTATTAATAAAAATAAAAA	4	62	1
AACAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAACATT	2	20	1
TAATTTTCCAATTTTGTTTTCA          	0	36	1
ATTTGAGTGTTTTTGGTTTAAAGCTAGATAAA	2	139	1
TATTGTGAATACTTTGTTAAAGTATCAACCAA	1	38	0
TATTCTTTTGTATTGGTTGATACTTTAACAAA	1	26	1
GCCCTTGAGATTTTGATTAAGATCAATTTCAA	2	97	0
ATAAAAACTATATTTATTATAAGTAATAAGTA	4	87	1
 CATTTTTATAATTTGTTATTCTTTTGTATTG	1	9	1
TAGTGTTGAAATTTTATTGTGAATACTTTGTT	1	52	0
      TACTTATTGCTTAAAATTAAGATAAA	0	4	1
TAATTCAACGTGTTTATTAATTA         	4	175	1
ATCAATTTCAAGTTGGTTGTCTAATTTTACAA	2	76	0
   CTTGTGCTAATTGTTGTAAGGCGGTAATC	2	239	0
          * ******** *
MAP Score: 19.0363

Motif 2
TGGAAAATTATTTATCTTAATTTTAAGCAAT	0	15	0
        CATTTTTATAATTTGTTATTCTT	1	2	1
TTGTTATTCTTTTGTATTGGTTGATACTTTA	1	22	1
        TGTTTATATTAGTGTTGAAATTT	1	70	0
AAACAAAGTCTTGTTATTAGTTGCA      	2	4	0
TTAACAAAATGTTTTCTTGTTAATAAACAAA	2	28	0
TTTCAAGTTGGTTGTCTAATTTTACAAGACG	2	72	0
CAACTTGAAATTGATCTTAATCAAAATCTCA	2	93	1
TCAAGGGCAGGGGTTATTATTTGAGTGTTTT	2	121	1
TATTATTTGAGTGTTTTTGGTTTAAAGCTAG	2	135	1
TGAGGTGTTTTTTATCTAGCTTTAAACCAAA	2	150	0
     TAGGATTAATTTTACTTCAAGCTG  	3	8	0
GCTTTGTTAATTTGTTTAGATGTATAGATTT	4	20	1
ATAGTTTTTATTTTTATTAATAAATTCTCTC	4	67	0
AAAACTATATTTATTATAAGTAATAAGTAAG	4	90	1
GCAATGAGCCGTTTTCTAATTTTGTTATAAT	4	148	1
TTTTCTAATTTTGTTATAATTCAACGTGTTT	4	159	1
TAATTCAACGTGTTTATTAATTA        	4	175	1
          ********* *
MAP Score: 18.9765

Motif 3
AGATAAATAATTTTCCAATTTTGTTTTCA 	0	29	1
       CATTTTTATAATTTGTTATTCTT	1	3	1
ATAACAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAA	2	18	1
TTCAAGTTGGTTGTCTAATTTTACAAGACG	2	72	0
GTTAAATGGCTTTGTTAATTTGTTTAGATG	4	12	1
ATCGAGAGAATTTATTAATAAAAATAAAAA	4	64	1
AGTAGGAGAATTTATTACTTCTAACCTTGG	4	119	1
CAATGAGCCGTTTTCTAATTTTGTTATAAT	4	149	1
TTTCTAATTTTGTTATAATTCAACGTGTTT	4	160	1
ATTCAACGTGTTTATTAATTA         	4	177	1
          **********
MAP Score: 8.48645