AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons024_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238557
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG136	48	lysyl-tRNA synthetase (lysS)
#1	MG139	83	conserved hypothetical protein
#2	MG140	300	conserved hypothetical protein
#3	MG142	258	translation initiation factor 2 (infB)
#4	MG144	24	conserved hypothetical protein
#5	MG424	188	ribosomal protein S15 (rps15)

Motif 1
GTTTTCTAATTTTGTTATAATTCAACGTGT	5	158	1
AAGAAAACATTTTGTTAAAAGAGAACTTTT	3	41	1
AAAAACTATATTTATTATAAGTAATAAGTA	5	89	1
CACCTTAAGGTTAGTTGTAATGATGCAAAG	3	198	1
TTGAGTGTTTTTGGTTTAAAGCTAGATAAA	3	141	1
ATTTTCCAATTTTGTTTTCA          	0	38	1
GCTTTGTTAATTTGTTTAGATGTATAGATT	5	20	1
ATTATTTATCTTAATTTTAAGCAATAAGTA	0	10	0
  GGCGATATTTGATTATAAAGGGAAGTTT	2	282	0
AAAAACCTGATTTATTTTTATAGAAACAGT	2	171	1
AAATATAGTTTTTATTTTTATTAATAAATT	5	72	0
GTATGAGTGCTTAATTTAAATTATTAGTAG	2	216	0
 CTTGTGCTAATTGTTGTAAGGCGGTAATC	3	239	0
GTGTTGAAATTTTATTGTGAATACTTTGTT	1	52	0
TTCTTTTGTATTGGTTGATACTTTAACAAA	1	28	1
CAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAACATT	3	22	1
ACGCCATTGAATAGTTAAAAACCTGATTTA	2	155	1
CCTTGAGATTTTGATTAAGATCAATTTCAA	3	97	0
          **********
MAP Score: 14.4865

Motif 2
GATAAATAATTTTCCAATTTTGTTTTCA      	0	30	1
AATGAGCCGTTTTCTAATTTTGTTATAATTCAAC	5	150	1
AGTCAAACCTTTTCCTTTGTTGTTCCTTATTCAA	2	20	1
GTTAAATGGCTTTGTTAATTTGTTTAGATGTATA	5	12	1
       CATTTTTATAATTTGTTATTCTTTTGT	1	3	1
ATAAATATAGTTTTTATTTTTATTAATAAATTCT	5	70	0
CAACTACAGCTTTGAGGTGTTTTTTATCTAGCTT	3	159	0
TTATATTAGTGTTGAAATTTTATTGTGAATACTT	1	56	0
TACAACTAACCTTAAGGTGTTTTTCAACTACAGC	3	183	0
AGGGGTTATTATTTGAGTGTTTTTGGTTTAAAGC	3	129	1
AACCCCTGCCCTTGAGATTTTGATTAAGATCAAT	3	102	0
          ***    *******
MAP Score: 9.77795

Motif 3
     TACTTATTGCTTAAAATTAAGATAAATAATT	0	5	1
ACTTTAACAAAGTATTCACAATAAAATTTCAACACT	1	47	1
TTGAAGATTCACTACTAATAATTTAAATTAAGCACT	2	205	1
TATAAAGGGAAGTTTTAAAGAGTTAAGCAATCTAAA	2	261	0
CTTTAAAACTTCCCTTTATAATCAAATATCGCC   	2	277	1
CAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAACATTTTGTTA	3	22	1
CAAGAAAACATTTTGTTAAAAGAGAACTTTTACGTC	3	40	1
CCAACTTGAAATTGATCTTAATCAAAATCTCAAGGG	3	92	1
TTTGAGTGTTTTTGGTTTAAAGCTAGATAAAAAACA	3	140	1
CCTTAAGGTTAGTTGTAATGATGCAAAGCTTACTGC	3	200	1
TTGTGCTAATTGTTGTAAGGCGGTAATCATTGCAGT	3	231	0
GAGAGAATTTATTAATAAAAATAAAAACTATATTTA	5	67	1
TAAAAACTATATTTATTATAAGTAATAAGTAAGTAG	5	88	1
CGTTTTCTAATTTTGTTATAATTCAACGTGTTTATT	5	157	1
          ***  * * ***  **
MAP Score: 5.15921