AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons025_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238574
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG109	59	serine/threonine protein kinase, putative
#1	MG115	24	conserved hypothetical protein
#2	MG127	35	conserved hypothetical protein
#3	MG339	300	recA protein (recA)

Motif 1
ATAAGTATCAAATTGAAAAGCTTTTAAATA	0	31	1
  CCCACCCCTATTTAAAAGCTTTTCAATT	0	41	0
    TATTAGAATTGATAGGGTAATTAAAG	2	6	1
ATTGATAGGGTAATTAAAGGTTATTTTA  	2	17	1
ATTATTAGTAAATATATAGATTTTTGTTCA	3	109	0
ATTTACTAATAATATATAGGAGTTTTAGGA	3	126	1
CAAGTTAACTAATATAAAAAAATAAACTCC	3	178	1
TTTTTAAGAAAAATTAAAAAATAAACAAAA	3	220	1
CAAAATTTCTAATAAAAAAATGTCATTTTT	3	245	1
TAAGTGCAAAAAAATAAAAATGACATTTTT	3	260	0
TTTTTGCACTTATTTATAAGGTGTAATGAA	3	278	1
          **********
MAP Score: 11.311

Motif 2
TGACTAGTTGAATCAAAACTAATCTGGTTATTTGAGCC	3	33	1
AGTAGACTTGAACAAAAATCTATATATTTACTAATAAT	3	101	1
TTATGTCAACAAACCAAACAAGTTAACTAATATAAAAA	3	160	1
CAAGTTAACTAATATAAAAAAATAAACTCCTAAAAAGA	3	178	1
AGATTTTTTTAAGAAAAATTAAAAAATAAACAAAATTT	3	215	1
GAAAAATTAAAAAATAAACAAAATTTCTAATAAAAAAA	3	227	1
CAAAATTTCTAATAAAAAAATGTCATTTTTATTTTTTT	3	245	1
TAAGTGCAAAAAAATAAAAATGACATTTTTTTATTAGA	3	252	0
          ** * ***  **  *  *
MAP Score: 6.40905

Motif 3
ACTTATTTTCAACAATATCACCTATCT      	0	4	0
TGACTAGTTGAATCAAAACTAATCTGGTTATTT	3	33	1
GTAGACTTGAACAAAAATCTATATATTTACTAA	3	102	1
GTTAACTAATATAAAAAAATAAACTCCTAAAAA	3	181	1
AATTTTTCTTAAAAAAATCTCTTTTTAGGAGTT	3	202	0
AGATTTTTTTAAGAAAAATTAAAAAATAAACAA	3	215	1
TTAAAAAATAAACAAAATTTCTAATAAAAAAAT	3	233	1
AATTTCTAATAAAAAAATGTCATTTTTATTTTT	3	248	1
AAATAAGTGCAAAAAAATAAAAATGACATTTTT	3	260	0
          ** ***** ** *
MAP Score: 5.22822

Motif 4
TGATATTGTTGAAAATAAGTATCAAATTGAAAAGCTT	0	17	1
TTTTCACCTTGACTAGTTGAATCAAAACTAATCTGGT	3	24	1
CTTCACCTGAGTAGACTTGAACAAAAATCTATATATT	3	92	1
TAAAACTCCTATATATTATTAGTAAATATATAGATTT	3	116	0
AACCAAACAAGTTAACTAATATAAAAAAATAAACTCC	3	171	1
CCTAAAAAGAGATTTTTTTAAGAAAAATTAAAAAATA	3	206	1
AAAAATAAACAAAATTTCTAATAAAAAAATGTCATTT	3	236	1
TTATAAATAAGTGCAAAAAAATAAAAATGACATTTTT	3	260	0
          **  * *  **  ****
MAP Score: 2.25979

Motif 5
          TATTAGAATTGATAGGGTAATTAAAGGTTATTTT	2	0	1
AGTAGACTTGAACAAAAATCTATATATTTACTAATAATATATAG	3	101	1
GTGTTTATGTCAACAAACCAAACAAGTTAACTAATATAAAAAAA	3	156	1
AGTTAACTAATATAAAAAAATAAACTCCTAAAAAGAGATTTTTT	3	180	1
GAGATTTTTTTAAGAAAAATTAAAAAATAAACAAAATTTCTAAT	3	214	1
TTACACCTTATAAATAAGTGCAAAAAAATAAAAATGACATTTTT	3	260	0
          **  ***    * *     *  **
MAP Score: 1.56082

Motif 6
CCTGAGTAGACTTGAACAAAAATCTATATATTTAC	3	97	1
AACAAGTTAACTAATATAAAAAAATAAACTCCTAA	3	176	1
AAAAAATAAACTCCTAAAAAGAGATTTTTTTAAGA	3	194	1
AACAAAATTTCTAATAAAAAAATGTCATTTTTATT	3	243	1
          **  ** *****  *
MAP Score: 0.775182