AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_profile001_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238580
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG001	300	DNA polymerase III, subunit beta (dnaN)
#1	MG003	84	DNA gyrase subunit B (gyrB)
#2	MG013	239	methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methylenetetrahydrofolate cyclohydrolase (folD)
#3	MG256	166	conserved hypothetical protein
#4	MG257	45	ribosomal protein L31 (rpL31)

Motif 1
TTTTAATGTGTTATAATTATTTGTTATGCCATAA	1	22	1
TTAATTTCTGTTATATATAATAGTATCTATTTTA	0	55	1
TTAATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAATA	0	82	0
TTATTTTCTTTAATATCTATTATTTATTATAAGA	0	169	0
GTGAATATATTAATATTTATTGGTCTTTGTCAAA	4	14	1
GCTGTTTTGATTATAAAAACTGTTAAAATTCGAG	2	17	1
ATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAAATACCCT	2	66	1
CATAAAAAGCTTATAATTAAGCATAAATGCTTAA	0	112	0
GTTATGATATTTATTTCTATTTTTTTATTTTCTT	0	193	0
AATTCACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTTTG	0	256	0
TGTACATATGTAATTATTACTGCT          	0	0	0
ATTGCTAGGTTTTTATCTAGTTTTAGGGGGTGTA	3	70	1
CTATTATTTATTATAAGAACTAAAATGTCTATAA	0	153	0
TTAATTATTACTATAATTAAGCATTTATGCTTAA	0	96	1
ACCCAGAAATTAATACTTAATCAAAAATGAAAAT	0	235	1
          ****** ** *  *
MAP Score: 14.4827

Motif 2
     AGCAGTAATAATTACATATGTACATAGTACA	0	5	1
TATATAACAGAAATTAATGATATTTTACATATGTAC	0	36	0
TTTCTGTTATATATAATAGTATCTATTTTAGAGAGT	0	59	1
TTAATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAATAGA	0	80	0
CATTTATGCTTAATTATAAGCTTTTTATGAACAAAA	0	117	1
TTTATGAACAAAATTATAGACATTTTAGTTCTTATA	0	140	1
GACATTTTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTAA	0	158	1
TAAATAATAGATATTAAAGAAAATAAAAAAATAGAA	0	177	1
ATAGAAATAAATATCATAACCCTTGATAACCCAGAA	0	207	1
TCAAAAATGAAAATATTAATTAATAAAAGTGAATTG	0	255	1
GCATAACAAATAATTATAACACATTAAAAATGAAAG	1	15	0
ACAGTTTTTATAATCAAAACAGCTAATTTT      	2	4	0
ATTTAACTAATTATTATAACAATTTTAATTTAACCA	2	59	0
GAAGGCCAATTTATGATAAAAACTTAGTTAAATTGC	3	39	1
  TTAAGTGAATATATTAATATTTATTGGTCTTTGT	4	8	1
          **** ****    * *
MAP Score: 6.87173