AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_profile001_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238589
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG001	300	DNA polymerase III, subunit beta (dnaN)
#1	MG003	84	DNA gyrase subunit B (gyrB)
#2	MG013	239	methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methylenetetrahydrofolate cyclohydrolase (folD)
#3	MG255	175	conserved hypothetical protein
#4	MG255.1	196	conserved hypothetical protein
#5	MG256	166	conserved hypothetical protein
#6	MG257	45	ribosomal protein L31 (rpL31)

Motif 1
ATTAATTTCTGTTATATATAATAGTATCTATTTTA	0	54	1
TTTTTAATGTGTTATAATTATTTGTTATGCCATAA	1	21	1
CTTAATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAATA	0	82	0
TTTATTTTCTTTAATATCTATTATTTATTATAAGA	0	169	0
AGTGAATATATTAATATTTATTGGTCTTTGTCAAA	6	13	1
ATGTACATATGTAATTATTACTGCT          	0	0	0
ATGAGCATTAGTAATTGGTACTGATTTTGAGTTTA	4	73	1
GGTTATGATATTTATTTCTATTTTTTTATTTTCTT	0	193	0
AATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAAATACCCT	2	65	1
AATTGCTAGGTTTTTATCTAGTTTTAGGGGGTGTA	5	69	1
AACCCAGAAATTAATACTTAATCAAAAATGAAAAT	0	234	1
CAATTCACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTTTG	0	256	0
CGTTGTTACTTTAATATTTAGTATATTTTAACTTG	3	149	1
TAATTAAGCATTTATGCTTAATTATAAGCTTTTTA	0	109	1
AGCTGTTTTGATTATAAAAACTGTTAAAATTCGAG	2	16	1
CTAAGTCAGGATTTTTCTTATTTATAGTA      	3	4	0
          ******  ** *  *
MAP Score: 15.2533

Motif 2
CTATTATATATAACAGAAATTAATGATATTTTACATATGT	0	38	0
ATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAATAGATACTATT	0	73	0
AAGCTTTTTATGAACAAAATTATAGACATTTTAGTTCTTA	0	134	1
TTATAATAAATAATAGATATTAAAGAAAATAAAAAAATAG	0	171	1
AATTAATACTTAATCAAAAATGAAAATATTAATTAATAAA	0	242	1
AAAATATTAATTAATAAAAGTGAATTGAATAAAATTTTGG	0	264	1
GCTGTTTTGATTATAAAAACTGTTAAAATTCGAGGGGTAT	2	17	1
GTATTTTGGTTAAATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAA	2	53	1
         GCAAGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAA	3	154	0
CGCTAAAAAATCAAATAATTTCTTTTGATTTTCTTGAAAT	4	31	0
GTCATATTCCTGTTTAAAACTGTTATCAATTACAAAGTGG	4	133	0
GGCCAATTTATGATAAAAACTTAGTTAAATTGCTAGGTTT	5	42	1
         TTAAGTGAATATATTAATATTTATTGGTCTT	6	1	1
          * *   *** *    * ***
MAP Score: 13.9841

Motif 3
TGTACATATGTAATTATTACTGCT      	0	4	0
CATATGTAAAATATCATTAATTTCTGTTAT	0	39	1
ATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAAT	0	83	0
CATAAATGCTTAATTATAGTAATAATTAAT	0	95	0
CATTTATGCTTAATTATAAGCTTTTTATGA	0	117	1
TATCTATTATTTATTATAAGAACTAAAATG	0	160	0
TAAATAATAGATATTAAAGAAAATAAAAAA	0	177	1
AAAAAAATAGAAATAAATATCATAACCCTT	0	201	1
GATAACCCAGAAATTAATACTTAATCAAAA	0	231	1
AATTAATACTTAATCAAAAATGAAAATATT	0	242	1
TCACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTTT	0	257	0
GCATAACAAATAATTATAACACATTAAAAA	1	21	0
ACAGTTTTTATAATCAAAACAGCTAATTTT	2	10	0
TATTTTGGTTAAATTAAAATTGTTATAATA	2	54	1
GGTATTTAACTAATTATTATAACAATTTTA	2	68	0
AGGATTTTTCTTATTTATAGTA        	3	2	0
TATCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGTAA	3	57	0
AATATACTAAATATTAAAGTAACAACGCAG	3	146	0
AATTTCAAGAAAATCAAAAGAAATTATTTG	4	30	1
AGACCAATAAATATTAATATATTCACTTAA	6	10	0
          **********
MAP Score: 4.18119

Motif 4
AAATATCATTAATTTCTGTTATATATAATAGTATCTA	0	47	1
ATAAATGCTTAATTATAGTAATAATTAATACTCTCTA	0	87	0
ACTATAATTAAGCATTTATGCTTAATTATAAGCTTTT	0	105	1
TAGACATTTTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTA	0	156	1
ATTAATTAATATTTTCATTTTTGATTAAGTATTAATT	0	242	0
TTTTATTCAATTCACTTTTATTAATTAATATTTTCAT	0	261	0
          AAAACCTTTCATTTTTAATGTGTTATA	1	0	1
TTCATTTTTAATGTGTTATAATTATTTGTTATGCCAT	1	17	1
TTGTGGCAAAAGCTTCTGTACTGTTTATTTA      	1	63	1
       AAAATTAGCTGTTTTGATTATAAAAACTGT	2	3	1
TTTTGATTATAAAAACTGTTAAAATTCGAGGGGTATT	2	21	1
GTTAAATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAAATACC	2	61	1
AAAAAATCAAATAATTTCTTTTGATTTTCTTGAAATT	4	30	0
GAGTTTAATAACGTGTTGTGATCATTTAATAACCACT	4	101	1
AATTTAACTAAGTTTTTATCATAAATTGGCCTTCCCT	5	36	0
          *  * ** *  * ****
MAP Score: 3.48563

Motif 5
ATATAACAGAAATTAATGATATTTTACATATGTAC	0	36	0
AGAGAGTATTAATTATTACTATAATTAAGCATTTA	0	88	1
ATTTATGCTTAATTATAAGCTTTTTATGAACAAAA	0	118	1
TTATGAACAAAATTATAGACATTTTAGTTCTTATA	0	141	1
GGGTTATGATATTTATTTCTATTTTTTTATTTTCT	0	194	0
ATACTTAATCAAAAATGAAAATATTAATTAATAAA	0	247	1
CCAAAATTTTATTCAATTCACTTTTATTAATTAAT	0	269	0
TACCCCTCGAATTTTAACAGTTTTTATAATCAAAA	2	21	0
TTTAACTAATTATTATAACAATTTTAATTTAACCA	2	59	0
CTAAGTCAGGATTTTTCTTATTTATAGTA      	3	4	0
AATCAAAAGAAATTATTTGATTTTTTAGCGTTATG	4	41	1
CCACTTTGTAATTGATAACAGTTTTAAACAGGAAT	4	133	1
AAACCTAGCAATTTAACTAAGTTTTTATCATAAAT	5	47	0
AAAGACCAATAAATATTAATATATTCACTTAA   	6	7	0
          ******     ****
MAP Score: 2.00775