AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_profile002_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238605
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG058	85	ribose-phosphate pyrophosphokinase (prs)
#1	MG244	300	DNA helicase II, putative
#2	MG379	28	glucose-inhibited division protein A (gidA)
#3	MG393	125	heat shock protein (groES)

Motif 1
         TAAAAAGCACGTTATTTTTAG	0	1	1
TTTGCTTTTAGATAAACTAAAAATAACGTG	0	17	0
TTAGTTTATCTAAAAGCAAAACACTGGTTG	0	27	1
AAATATCTGCAAAAAACTAAATATTTCAGA	0	58	1
TAAATTAGTGAAAAAATTAAGCGCTTCGCT	1	17	0
AATCAGTTGTAAAAAACTAATCAAAATTGT	1	86	0
AAATAACCAATAAAAATCAGTTGTAAAAAA	1	100	0
ACTAAAACAAAAATAACCAATAAAAATCAG	1	110	0
TTTTAGTTCTGAAAAACAAGCTTTACAAGA	1	133	1
TATGGTTCAAGAAAAACACACTTTAAAATC	1	181	1
AAACACACTTTAAAATCAAAACCAACTAGC	1	194	1
CCAACTAGCTTAAAAACCAACAATCAACCT	1	215	1
TGATGAAGTGGAAAAACTCATTAATTAATA	1	277	1
  TTTGTATTTAAAAATTAACAATATCTCA	3	8	1
TTTTAATAATTAAAAACTAATTTAAAAGAA	3	95	0
          **********
MAP Score: 21.8249

Motif 2
  TAAAAAGCACGTTATTTTTAGTTTATCTAAAAGCA	0	8	1
GAACCATAACAATTTTGATTAGTTTTTTACAACTGAT	1	78	1
TGATTTTTATTGGTTATTTTTGTTTTAGTTCTGAAAA	1	111	1
GTTTTTAAGCTAGTTGGTTTTGATTTTAAAGTGTGTT	1	195	0
         TACTTTAAATTATATTTAATGATGCAAA	2	1	1
ATATTTAGTGAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA 	3	9	0
TTAGCGCTAAACATTAATTAATATTTAGTGAGATATT	3	29	0
AAGAAAGTAAAAGTTATCTTAAATTTATCTGATATTA	3	63	0
ATTTAAGATAACTTTTACTTTCTTTTAAATTAGTTTT	3	76	1
TAGTTTTTAATTATTAAAATATTTTTATT        	3	106	1
          *  **   ***  ****
MAP Score: 12.1039

Motif 3
TGCTTTTAGATAAACTAAAAATAACGTGCTT	0	14	0
TTAGTTTATCTAAAAGCAAAACACTGGTTGA	0	27	1
AAAATATCTGCAAAAAACTAAATATTTCAGA	0	57	1
CTTATCTAAATTAGTGAAAAAATTAAGCGCT	1	22	0
AAATCAGTTGTAAAAAACTAATCAAAATTGT	1	86	0
TCAGAACTAAAACAAAAATAACCAATAAAAA	1	114	0
ACCTTTATGGTTCAAGAAAAACACACTTTAA	1	176	1
AAAACACACTTTAAAATCAAAACCAACTAGC	1	193	1
ACCAACTAGCTTAAAAACCAACAATCAACCT	1	214	1
GAAAAACTCATTAATTAATAACA        	1	287	1
TTGTTAATTTTTAAATACAAA          	3	0	0
CAATATCTCACTAAATATTAATTAATGTTTA	3	28	1
GATATTAGCGCTAAACATTAATTAATATTTA	3	39	0
TAATTAAAAACTAATTTAAAAGAAAGTAAAA	3	88	0
AAATATTTTAATAATTAAAAACTAATTTAAA	3	99	0
          ***** *****
MAP Score: 2.44483