AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_profile002_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238614
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG058	85	ribose-phosphate pyrophosphokinase (prs)
#1	MG244	300	DNA helicase II, putative
#2	MG379	28	glucose-inhibited division protein A (gidA)
#3	MG393	125	heat shock protein (groES)
#4	MG395	300	putative lipoprotein

Motif 1
AAAAAGCACGTTATTTTTAGTTTATCTAAA	0	11	1
TCTGAAATATTTAGTTTTTTGCAGATATTT	0	58	0
AGCGAAGCGCTTAATTTTTTCACTAATTTA	1	17	1
ACAATTTTGATTAGTTTTTTACAACTGATT	1	86	1
TTTTTACAACTGATTTTTATTGGTTATTTT	1	101	1
TTTTTATTGGTTATTTTTGTTTTAGTTCTG	1	114	1
CTAGTTGGTTTTGATTTTAAAGTGTGTTTT	1	193	0
AGGTTGATTGTTGGTTTTTAAGCTAGTTGG	1	215	0
 TACTTTAAATTATATTTAATGATGCAAA 	2	9	1
TGAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA  	3	8	0
AAAAGTTATCTTAAATTTATCTGATATTAG	3	62	0
TTCTTTTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAA	3	95	1
AATTATTAAAATATTTTTATT         	3	114	1
TCTAACGGGATTAATTTTTTTGGTTTTAAT	4	34	1
TAGTTCTATTTTCATTTTTAACTTTTTTGA	4	89	1
TTTGCTTTCATTAGTTTTTTCATTAGCTTC	4	127	1
CATTAGCTTCTTCTTTTTAATTGCATCTAA	4	147	1
TTTATTCTGCTTAGTTTTAGATGCAATTAA	4	163	0
ATAAATTTAATTATTTTTATTCTGCTTAGT	4	178	0
ATAAAAATAATTAAATTTATCAGTGAAAAG	4	188	1
ATGAACTCAATTATTTTTGAAGCTAAAGCC	4	218	1
AGGTTTTGAAATATTTTTGTATTAAA    	4	284	1
          **********
MAP Score: 31.7253

Motif 2
TCTGAAATATTTAGTTTTTTGCAGATATTT	0	58	0
AGCGAAGCGCTTAATTTTTTCACTAATTTA	1	17	1
CATAACAATTTTGATTAGTTTTTTACAACT	1	82	1
CTGATTTTTATTGGTTATTTTTGTTTTAGT	1	110	1
AGGTTGATTGTTGGTTTTTAAGCTAGTTGG	1	215	0
GAAAAACTCATTAATTAATAACA       	1	287	1
TGAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA  	3	8	0
GCGCTAAACATTAATTAATATTTAGTGAGA	3	33	0
TACTTTCTTTTAAATTAGTTTTTAATTATT	3	91	1
AAATTAGTTTTTAATTATTAAAATATTTTT	3	102	1
TCTAACGGGATTAATTTTTTTGGTTTTAAT	4	34	1
TGGTTTTAATTTAGTTAGTTTACCTGAGTC	4	54	1
TAGTTCTATTTTCATTTTTAACTTTTTTGA	4	89	1
TGCATTTGCTTTCATTAGTTTTTTCATTAG	4	123	1
ACTGATAAATTTAATTATTTTTATTCTGCT	4	182	0
AAAGATGAACTCAATTATTTTTGAAGCTAA	4	214	1
GCTTCTTAACTTCATTAATTAAAGGTTTTG	4	262	1
          **********
MAP Score: 24.9946