AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MG/MG_sum_all001_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238620 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MG035 28 histidyl-tRNA synthetase #1 MG077 233 oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB) #2 MG081 55 ribosomal protein L11 (rpl11) #3 MG087 28 ribosomal protein S12 (rpS12) #4 MG109 59 serine/threonine protein kinase, putative #5 MG136 48 lysyl-tRNA synthetase (lysS) #6 MG140 300 conserved hypothetical protein #7 MG142 258 translation initiation factor 2 (infB) #8 MG144 24 conserved hypothetical protein #9 MG148 38 conserved hypothetical protein #10 MG149 75 lipoprotein, putative #11 MG149.1 90 conserved hypothetical protein #12 MG150 89 ribosomal protein S10 (rpS10) #13 MG304 176 ABC transporter, ATP binding protein #14 MG311 22 ribosomal protein S4 #15 MG312 59 cytadherence accessory protein (hmw1) #16 MG313 44 conserved hypothetical protein #17 MG314 23 conserved hypothetical protein #18 MG316 40 conserved hypothetical protein #19 MG319 103 conserved hypothetical protein #20 MG328 38 conserved hypothetical protein #21 MG332 300 conserved hypothetical protein #22 MG341 89 DNA-directed RNA polymerase, subunit beta (rpoB) #23 MG342 78 conserved hypothetical protein #24 MG345 43 isoleucyl-tRNA synthetase (ileS) #25 MG355 153 ATP-dependent Clp protease, ATPase subunit (clpB) #26 MG361 119 ribosomal protein L10 (rpl10) #27 MG362 22 ribosomal protein L7/L12 (rpl7) #28 MG451 52 elongation factor Tu (tuf) Motif 1 TACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTT 1 212 0 AAAATGTGGGAGCTAATTAAGCGTTTGTAC 2 24 1 CTTAAAATTAAGATAAATAATTTTCCAATT 5 19 1 GCCATTGAATAGTTAAAAACCTGATTTATT 6 157 1 TGCAACTAATAACAAGACTTTGT 7 3 1 AAAAACACTCAAATAATAACCCCTGCCCTT 7 123 0 GTTTAAAGCTAGATAAAAAACACCTCAAAG 7 154 1 AACTTTTTGCAACTAATTAATTAGTTAACT 9 14 1 TATTAGTTAACTAATTAATTAGTT 9 24 0 TTTCTAAATAAGCTAACAAATTAAACC 10 7 0 TTCTAAATTAAGTTAATAACTATCTTTTTT 11 12 0 CTTAATTTAGAATTAACTAATGACAGTGTA 11 30 1 TTTCTCAATTAAATAAAAAAACAGTGTAAG 11 62 0 TTGGTGTATCAACTAAAAACTAAAGCGTTA 12 26 0 TTCACTAGTTAGTTAATAAATTGACTACGG 12 59 0 AACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCACA 13 23 1 GTTTTTTGGTAGATAAAAAACAAAAAAGCA 13 58 0 GTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTTA 13 133 1 TCAAGCTTCAATCTAAAAAACTGTTTTGAA 16 19 1 TAGTTAATTTAATTAATTACATAAACCATT 19 27 1 CCATTTGCTTAACTAAATAAAGTTAAAATT 19 52 1 TTGGAATATTAGATAAATAAGTATATTATC 20 10 0 ATGTCTTTGTAGCTAATAAAACCTTTCAAG 21 11 1 TTCTTTACAAAGATAAAAACAAGCAAGAGG 21 224 1 AATAAAAAGTATTTAAAAACAATTTAATAG 23 38 0 TTCGAGTGCTAATTAAAAACTAGGTTTTTT 25 78 0 TATTGCAAGTAAATAATAACATAACTTGAT 26 14 0 ACTTTATTAAAGTTAAAAACTCGTTATTTT 26 53 0 ACTTATTTAAAATTAACAACATAATTTAAA 28 29 1 ********** MAP Score: 38.3593 Motif 2 AGTTCACTAGTTAGTTAATAAATTGACTACGGATTT 12 55 0 TTCTAAGGGATTACTTACTAATCTTAAGGTAGTTGT 21 63 1 CTAAAAAAGATAGTTATTAACTTAATTTAGAATTA 11 9 1 CAAACTAAGCTTATTTATAAATTTTAAAAATAAGTC 13 102 0 TTAGTCAAGCTTGATTATAAAACTTATCGCTTCGCT 15 10 0 TTTGTTAAAAAGTTCAAAATAAATCT 18 0 1 GACACTAAAATTCTTTACAAAGATAAAAACAAGCAA 21 214 1 ATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAACAT 1 22 1 TTTTGTCAAAATAATTAGAAACCTAAAATAACTA 25 8 0 ACGCCATTGAATAGTTAAAAACCTGATTTATTTTTA 6 155 1 GCTGTTTTATTAATAGATTTATTTTGAACTT 18 19 0 TTGCAACTAATTAATTAGTTAACTAATA 9 20 1 CTTACACTGTTTTTTTATTTAATTGAGAAAATATTG 11 62 1 TATAGTTAATTTAATTAATTACATAAACCATTTGCT 19 25 1 CAAGTTGCTAATAATTTTTAATCTTAC 21 283 1 TTAAATACTTTTTATTTAAAATTTAAGTGTTAATTT 23 52 1 ACAAGCCCTTTAAATTACTAACATGATCAGCTCAAG 21 134 0 CTAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATA 1 6 1 GATAATATACTTATTTATCTAATATTCCAACA 20 6 1 ATTTTGAATTTTTCTAAATAAGCTAACAAATTAAAC 10 11 0 TTTGATAAGTAATTTTAGAGAGG 17 6 0 TAACAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAACATTTTG 7 19 1 ACGAGTTTTTAACTTTAATAAAGTTATCGAGGATTT 26 59 1 AAGTTAGATAAATATTAATAAAATTACTCTGATTTA 24 17 1 TGCCCTTGAGATTTTGATTAAGATCAATTTCAAGTT 7 94 0 TATGTTGTTAATTTTAAATAAGTTTAAGATAAGCTG 28 16 0 ATTTTTAGTAAAGAAAGACACCTAAT 10 59 0 AAACATAAATTTAGTGATAAAGATCATGTGCTGATG 1 55 0 ATAGAAACAGTTACTTTGAAGATTCACTACTAATAA 6 190 1 TGTGAATTTTAACTTTATTTAGTTAAGCAAATGGTT 19 50 0 ACAAAATTGGAAAATTATTTATCTTAATTTTAAGCA 5 17 0 ** *** *** * * MAP Score: 38.269 Motif 3 TCAAGTTATGTTATTATTTACTTGCAATAAAACCAAAGAAA 26 15 1 AATTTCAAGTTGGTTGTCTAATTTTACAAGACGTAAAAGTT 7 64 0 GGTTTAATTTGTTAGCTTATTTAGAAAAATTCAAA 10 4 1 ATGGTTTATGTAATTAATTAAATTAACTATAGAGCTTTAGA 19 15 0 ATATCAACTCTGATTAGATAAATTAGAGATAAACAAAAAAC 25 44 1 TAAATAAGCTTAGTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTT 13 121 1 TACTTATTGCTTAAAATTAAGATAAATAATTTTC 5 3 1 GTGTCATTAATTATAATTTCGAAATTAT 0 4 0 CAAAATCTAGTTCACTAGTTAGTTAATAAATTGACTAC 12 61 0 AGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAAAACAGATTTTT 13 55 1 TTTTTGCAACTAATTAATTAGTTAACTAATA 9 17 1 TAACAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAACATTTTGTTAAA 7 19 1 CTGCTCTTTTTTATTTGGAATATGTTCTATATGAACAGG 13 8 0 ATGTTCTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAATAACGA 1 17 0 ATAGGTGATATTGTTGAAAATAAGTATCAAATTGAAAAGCT 4 12 1 ATTATGTTGTTAATTTTAAATAAGTTTAAGATAAGCTGGAG 28 13 0 CTAAAAAAGATAGTTATTAACTTAATTTAGAATTAACTAAT 11 10 1 TAATCCAACTTCATTTGAAACCAAACATAAATTTAGTGATA 1 72 0 ATAATATACTTATTTATCTAATATTCCAACATAATCC 20 11 1 ATTCACAGAGTAGTTTTATTTTTGACTAATACAA 19 79 1 ACACTTACACTGTTTTTTTATTTAATTGAGAAAATATTGGG 11 59 1 AGCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATAAGCTTAGTTT 13 96 1 GTTAAAAACCTGATTTATTTTTATAGAAACAGTTACTTTGA 6 168 1 AAATCCTGCTTTATTGTAATCATGCTTTAGATTTAGAAGCT 1 114 1 TACCTCTTGCTTGTTTTTATCTTTGTAAAGAATTTTAGTGT 21 215 0 * *** ** ** * * MAP Score: 24.3681 Motif 4 TAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAACATCAGCACATGA 1 24 1 TAATCCAACTTCATTTGAAACCAAACATAAATTTAGTGATAAAG 1 69 0 TTACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTTTTTTTCA 1 205 0 TTTAAAATTTTCCAAAAATGTGGGAGCTAATTAAGCGTTTGT 2 8 1 ATTTGATACTTATTTTCAACAATATCACCTATCT 4 0 0 AGTAACTGTTTCTATAAAAATAAATCAGGTTTTTAACTATTCAA 6 161 0 AACTTTTACGTCTTGTAAAATTAGACAACCAACTTGAAATTGAT 7 64 1 TATTAGTTAACTAATTAATTAGTTGCAAAAAGTT 9 14 0 TTATTTTGAATTTTTCTAAATAAGCTAACAAATTAAACC 10 5 0 ATTTTTAGTAAAGAAAGACACCTAATTATAATTTGCT 10 48 0 ATTAGTTAATTCTAAATTAAGTTAATAACTATCTTTTTTAG 11 7 0 TTCACTAGTTAGTTAATAAATTGACTACGGATTTTGGTGTATCA 12 45 0 TGTTTTTTGGTAGATAAAAAACAAAAAAGCAGCTGTTGTGCTGC 13 45 0 GCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATAAGCTTAGTTTGCTA 13 97 1 TTTGTTAAAAAGTTCAAAATAAATCTATTAATAAAA 18 2 1 GGTTTATGTAATTAATTAAATTAACTATAGAGCTTTAGAAAGCT 19 10 0 ACACTAAAATTCTTTACAAAGATAAAAACAAGCAAGAGGTAGTT 21 215 1 TGGTCAACTTTGTGTGCAAACAGATCAACTACCTCTTGCTTGTT 21 241 0 GTAAGATTAAAAATTATTAGCAACTTGGTCAACTTT 21 274 0 GAGTTGATATTTTTGTCAAAATAATTAGAAACCTAAAATAACTA 25 10 0 TTAGATAAATTAGAGATAAACAAAAAACCTAGTTTTTAATTAGC 25 57 1 TTTGGTTTTATTGCAAGTAAATAATAACATAACTTGATAAAT 26 8 0 TTACTTGCAATAAAACCAAAGAAAATAACGAGTTTTTAACTTTA 26 32 1 TATCTTAAACTTATTTAAAATTAACAACATAATTTAAACAA 28 21 1 * * *** * * * ** MAP Score: 22.9967 Motif 5 AAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTTTTTTTCAGGTTC 1 200 0 CGCCATTGAATAGTTAAAAACCTGATTTATTTTTATAG 6 156 1 TGCAACTAATAACAAGACTTTGTTTATTAA 7 2 1 TTTGTTTATTAACAAGAAAACATTTTGTTAAAAGAGAA 7 28 1 CGTCTTGTAAAATTAGACAACCAACTTGAAATTGATCT 7 72 1 ATTCTAAATTAAGTTAATAACTATCTTTTTTAG 11 5 0 GTTAGTTAATAAATTGACTACGGATTTTGGTGTATCAA 12 44 0 TTTATTAACTAACTAGTGAACTAGATTTTG 12 69 1 GTAGATAAAAAACAAAAAAGCAGCTGTTGTGCTGCTCT 13 42 0 GTTTTTTATCTACCAAAAAACAGATTTTTAGCTCTGAC 13 67 1 AGTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTTAAATACCC 13 132 1 GATAAATATTAATAAAATTACTCTGATTTA 24 23 1 TATTTTGACAAAAATATCAACTCTGATTAGATAAATTA 25 31 1 AATTAGAGATAAACAAAAAACCTAGTTTTTAATTAGCA 25 64 1 TTATTGCAAGTAAATAATAACATAACTTGATAAAT 26 7 0 AATAAAACCAAAGAAAATAACGAGTTTTTAACTTTAAT 26 40 1 AACTTATTTAAAATTAACAACATAATTTAAACAA 28 28 1 ** *** *** ** MAP Score: 17.2687 Motif 6 GCTGATGTTCTTGATTATTTTATAAAAAAA 1 32 0 ATTATAAATCCTGCTTTATTGTAATCATGC 1 109 1 AAAAAAGAACCTGTTTTTTTCAGGTTCTCA 1 197 0 AAAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATT 1 207 1 AGTTAAAAACCTGATTTATTTTTATAGAAA 6 167 1 ATTAGTATGAGTGCTTAATTTAAATTATTA 6 220 0 AGCACTCATACTAATATATTAATCCCTTTA 6 235 1 TATTAGTTAACTAATTAATTAGTTGCAAAA 9 18 0 TACACTTACACTGTTTTTTTATTTAATTGA 11 58 1 TGTGCTGCTCTTTTTTATTTGGAATATGTT 13 23 0 AGCACAACAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATC 13 47 1 ATTTTTAGCTCTGACTTATTTTTAAAATTT 13 90 1 GCTGTTTTATTAATAGATTTA 18 29 0 TATAGTTAATTTAATTAATTACATAAACCA 19 25 1 AGCACCTTTAGTAACATATTTGTCTTGAAA 21 34 0 GACCAAGTTGCTAATAATTTTTAATCTTAC 21 280 1 AAGCGTATAGCTATTTTTTTCAATGTTG 23 8 0 CTATACGCTTCTATTAAATTGTTTTTAAAT 23 28 1 TTTTTAAATACTTTTTATTTAAAATTTAAG 23 49 1 TTTTAGGTTTCTAATTATTTTGACAAAAAT 25 16 1 CTAATCAGAGTTGATATTTTTGTCAAAATA 25 31 0 ATCAAGTTATGTTATTATTTACTTGCAATA 26 14 1 AATATTTTTCTATTTATTTAAT 27 3 0 TTAAATTATGTTGTTAATTTTAAATAAGTT 28 28 0 ********** MAP Score: 2.7192 Motif 7 AGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAA 1 12 1 ATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTTTTTTTCAGGTTCTCAG 1 196 0 TGAAAACAAAATTGGAAAATTATTTATCTTAATTTTAAGC 5 18 0 GAATAGTTAAAAACCTGATTTATTTTTATAGAAACAGTTA 6 163 1 TGCAACTAATAACAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAACA 7 10 1 GATTAAGATCAATTTCAAGTTGGTTGTCTAATTTTACAAG 7 75 0 CAACTACAGCTTTGAGGTGTTTTTTATCTAGCTTTAAACC 7 153 0 ACACCTAATTATAATTTGCTTATTTTGAATTTTTCTAAAT 10 28 0 ATGACAGTGTACACTTACACTGTTTTTTTATTTAATTGAG 11 49 1 GCAGCACAACAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAA 13 45 1 ACAGATTTTTAGCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAAT 13 86 1 AACTTGTAGCAAACTAAGCTTATTTATAAATTTTAAAAAT 13 107 0 TACTCTGTGAATTTTAACTTTATTTAGTTAAGCAAATGGT 19 51 0 TAAAATTCACAGAGTAGTTTTATTTTTGACTAATACAA 19 75 1 GATAATATACTTATTTATCTAATATTCCAAC 20 1 1 TTAATTGATGACACTAAAATTCTTTACAAAGATAAAAACA 21 205 1 CAGATCAACTACCTCTTGCTTGTTTTTATCTTTGTAAAGA 21 225 0 ATTTAATAGAAGCGTATAGCTATTTTTTTCAATGTTG 23 7 0 GCTATACGCTTCTATTAAATTGTTTTTAAATACTTTTTAT 23 27 1 AATCAGAGTAATTTTATTAATATTTATCTAACTTACATCT 24 11 0 GCTAATTAAAAACTAGGTTTTTTGTTTATCTCTAATTTAT 25 61 0 AATATTTTTCTATTTATTTAAT 27 2 0 TTGTTTAAATTATGTTGTTAATTTTAAATAAGTTTAAG 28 24 0 * ** ***** ** MAP Score: 1.77324 Motif 8 GTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAACA 1 19 1 AAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA 1 211 1 AGATAGGTGATATTGTTGAAAATAAGTATCAAATT 4 7 1 TAACAAAATGTTTTCTTGTTAATAAACAAAGTCTTGTT 7 20 0 ACAACCAACTTGAAATTGATCTTAATCAAAATCTCAAG 7 88 1 TTTTTGGTTTAAAGCTAGATAAAAAACACCTCAAAGCT 7 148 1 AAAAACACCTTAAGGTTAGTTGTAATGATGCAAAGCTT 7 193 1 TCTAAACTTTTTGCAACTAATTAATTAGTT 9 2 1 GTTTAATTTGTTAGCTTATTTAGAAAAATTCAAAATAA 10 11 1 AGATAGTTATTAACTTAATTTAGAATTAACTAATGACA 11 17 1 CACTGTTTTTTTATTTAATTGAGAAAATATTGGG 11 66 1 AAATCCGTAGTCAATTTATTAACTAACTAGTGAACTAG 12 55 1 TTTTTAGCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATAAG 13 91 1 TTTGTTAAAAAGTTCAAAATAAATCTATTAAT 18 4 1 GATAATATACTTATTTATCTAATATTCCAACATA 20 6 1 TTGATGACACTAAAATTCTTTACAAAGATAAAAACAAG 21 209 1 CACACAAAGTTGACCAAGTTGCTAATAATTTTTAATCT 21 269 1 TACGCTTCTATTAAATTGTTTTTAAATACTTTTTATTT 23 31 1 CAGATGTAAGTTAGATAAATATTAATAAAATTAC 24 6 1 ATTTTAGGTTTCTAATTATTTTGACAAAAATATCAACT 25 15 1 GATAAACAAAAAACCTAGTTTTTAATTAGCACTCGAAT 25 71 1 AGTTATGTTATTATTTACTTGCAATAAAACCAAAGAAA 26 18 1 CAGCTTATCTTAAACTTATTTAAAATTAACAACATAAT 28 16 1 * * ** ** *** * MAP Score: 0.443959