AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all001_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238642
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG035	28	histidyl-tRNA synthetase
#1	MG077	233	oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB)
#2	MG081	55	ribosomal protein L11 (rpl11)
#3	MG087	28	ribosomal protein S12 (rpS12)
#4	MG109	59	serine/threonine protein kinase, putative
#5	MG136	48	lysyl-tRNA synthetase (lysS)
#6	MG140	300	conserved hypothetical protein
#7	MG142	258	translation initiation factor 2 (infB)
#8	MG144	24	conserved hypothetical protein
#9	MG148	38	conserved hypothetical protein
#10	MG149	75	lipoprotein, putative
#11	MG149.1	90	conserved hypothetical protein
#12	MG150	89	ribosomal protein S10 (rpS10)
#13	MG304	176	ABC transporter, ATP binding protein
#14	MG305	87	heat shock protein 70 (dnaK)
#15	MG309	53	lipoprotein, putative
#16	MG311	22	ribosomal protein S4
#17	MG312	59	cytadherence accessory protein (hmw1)
#18	MG313	44	conserved hypothetical protein
#19	MG314	23	conserved hypothetical protein
#20	MG316	40	conserved hypothetical protein
#21	MG319	103	conserved hypothetical protein
#22	MG320	43	conserved hypothetical protein
#23	MG321	300	lipoprotein, putative
#24	MG328	38	conserved hypothetical protein
#25	MG332	300	conserved hypothetical protein
#26	MG341	89	DNA-directed RNA polymerase, subunit beta (rpoB)
#27	MG342	78	conserved hypothetical protein
#28	MG345	43	isoleucyl-tRNA synthetase (ileS)
#29	MG355	153	ATP-dependent Clp protease, ATPase subunit (clpB)
#30	MG357	300	acetate kinase (ackA)
#31	MG361	119	ribosomal protein L10 (rpl10)
#32	MG362	22	ribosomal protein L7/L12 (rpl7)
#33	MG451	52	elongation factor Tu (tuf)

Motif 1
GCCATTGAATAGTTAAAAACCTGATTTATT	6	157	1
GTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTTA	13	133	1
ACTTTATTAAAGTTAAAAACTCGTTATTTT	31	53	0
ATTTACCCTTAGTTAAAAACTAAAAGTAGT	23	214	0
TTCTTTACAAAGATAAAAACAAGCAAGAGG	25	224	1
TTGGTGTATCAACTAAAAACTAAAGCGTTA	12	26	0
AAGTTAGCAAAACTAAAAACATGGTGCACC	23	91	0
TTCGAGTGCTAATTAAAAACTAGGTTTTTT	29	78	0
GTTTAAAGCTAGATAAAAAACACCTCAAAG	7	154	1
GTTTTTTGGTAGATAAAAAACAAAAAAGCA	13	58	0
AGTAAAAAAGAGTTAAAAAACAGCAATTTA	23	239	0
TACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTT	1	212	0
TTTCTCAATTAAATAAAAAAACAGTGTAAG	11	62	0
AACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCACA	13	23	1
AAACAATGAAAATTAAAAAATGCTATATTA	30	178	0
TCTAGCTTTAAACCAAAAACACTCAAATAA	7	137	0
TAGATTGCAAAATCAAAAACTAATGTTTTT	23	161	0
AATAAAAAGTATTTAAAAACAATTTAATAG	27	38	0
TTCTAAATTAAGTTAATAACTATCTTTTTT	11	12	0
       TGCAACTAATAACAAGACTTTGT	7	3	1
AATTAGAGATAAACAAAAAACCTAGTTTTT	29	64	1
CTATAAGTGAAGATAAAAAGTAAAAAAGAA	30	121	1
ATTGTTATTGATCTAAAAAAAAAGT     	14	72	1
TCAAGCTTCAATCTAAAAAACTGTTTTGAA	18	19	1
AAAAACACTCAAATAATAACCCCTGCCCTT	7	123	0
TATTGCAAGTAAATAATAACATAACTTGAT	31	14	0
TAAATGTTTTAACTAAAAAGAAATATTATT	30	215	0
ATGTCTTTGTAGCTAATAAAACCTTTCAAG	25	11	1
TAATTTGTCAATATAAAAAAA         	22	1	0
CTTAAATTTTAAATAAAAAGTATTTAAAAA	27	49	0
TTCACTAGTTAGTTAATAAATTGACTACGG	12	59	0
AATAAGTCAGAGCTAAAAATCTGTTTTTTG	13	80	0
AATGTTGCTAATACAAAAAATACAGTTGCT	30	60	1
TTCTTTATCTATTCAAAAAAA         	30	1	0
TAAAAAAGAAAACCAATAAAAGCTGAAATA	30	141	1
     TGCACAGTCAAAAATTTCAATAATT	15	38	0
   TTGTATTAGTCAAAAATAAAACTACTC	21	86	0
ACTTATTTAAAATTAACAACATAATTTAAA	33	29	1
TTTCTAAATAAGCTAACAAATTAAACC   	10	7	0
CAGTAATTATAAACAAAAATTAGCACTCAA	14	38	0
          **********
MAP Score: 49.5952

Motif 2
CAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAAAACAGATTTTT	13	54	1
ATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAACATCAGCAC	1	22	1
GCTGCTCTTTTTTATTTGGAATATGTTCTATATGAACAGG  	13	8	0
ATAACAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAACATTTTGTTAAA	7	18	1
TATTAATAGATTTATTTTGAACTTTTTAACAAA         	20	1	0
       GGTTTAATTTGTTAGCTTATTTAGAAAAATTCAAA	10	3	1
TTAAATACTTTTTATTTAAAATTTAAGTGTTAATTT      	27	52	1
TAGCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATAAGCTTAGTTT	13	95	1
ATAAATAAGCTTAGTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTT	13	120	1
AGTGCTAATTTTTGTTTATAATTACTGAGTAATTGTTATTGA	14	41	1
CCACACTATATTAATTTAGTATTATTTTTTAATAAATAAGGT	30	251	1
AATTATGTTGTTAATTTTAAATAAGTTTAAGATAAGCTGGAG	33	13	0
AGTTATTAACTTAATTTAGAATTAACTAATGACAGTGTACAC	11	21	1
AAAACTACTTTTAGTTTTTAACTAAGGGTAAATTGCTGTTTT	23	211	1
ACTTACACTGTTTTTTTATTTAATTGAGAAAATATTGGG   	11	61	1
AAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA          	1	211	1
AGCTCTATAGTTAATTTAATTAATTACATAAACCATTTGCTT	21	20	1
AAAAACCTGATTTATTTTTATAGAAACAGTTACTTTGAAGAT	6	171	1
TAGAAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAACCAGTACCATTTC	1	147	1
          TTTTTTTATATTGACAAATTAAAATTTAACAA	22	0	1
GTTTTCTTTTTTACTTTTTATCTTCACTTATAGGGATAACAG	30	112	0
         ACTTTTTTTTTAGATCAATAACAATTACTCAGT	14	64	0
GCCTTGAGTGCTAATTTTATATAATTTTTGCATTAAAAGGAG	29	109	1
AACAAAAAACCTAGTTTTTAATTAGCACTCGAATGCCTTGAG	29	75	1
CTTTGAGGTGTTTTTTATCTAGCTTTAAACCAAAAACACTCA	7	142	0
TTTTTAACTCTTTTTTACTAATCAGCAATCAATTAACCGATT	23	250	1
GATAATATACTTATTTATCTAATATTCCAACATAATCC    	24	10	1
CTACCTCTTGCTTGTTTTTATCTTTGTAAAGAATTTTAGTGT	25	215	0
AATTGGAAAATTATTTATCTTAATTTTAAGCAATAAGTA   	5	7	0
TAATATAGCATTTTTTAATTTTCATTGTTTAAGATTTAATAA	30	178	1
CTTTTTGCAACTAATTAATTAGTTAACTAATA          	9	16	1
          *** ***  **  *       *
MAP Score: 31.3984

Motif 3
CTAAAAAAGATAGTTATTAACTTAATTTAGAATTA	11	10	1
GTTCACTAGTTAGTTAATAAATTGACTACGGATTT	12	55	0
TCTAAGGGATTACTTACTAATCTTAAGGTAGTTGT	25	64	1
AAACTAAGCTTATTTATAAATTTTAAAAATAAGTC	13	102	0
CGCCATTGAATAGTTAAAAACCTGATTTATTTTTA	6	156	1
TTTGTCAAAATAATTAGAAACCTAAAATAACTA  	29	8	0
TATTATTTTTTAATAAATAAGGTAAATATTCTTCG	30	270	1
TTATTGCAAGTAAATAATAACATAACTTGATAAAT	31	10	0
AATTACTCAGTAATTATAAACAAAAATTAGCACTC	14	40	0
         TTTGTTAAAAAGTTCAAAATAAATCT	20	1	1
AATTTACCCTTAGTTAAAAACTAAAAGTAGTTTTA	23	210	0
ATGTTGTTAATTTTAAATAAGTTTAAGATAAGCTG	33	16	0
TTTTGAATTTTTCTAAATAAGCTAACAAATTAAAC	10	11	0
ATGTTTTAACTAAAAAGAAATATTATTAAATCTTA	30	207	0
CAAGCCCTTTAAATTACTAACATGATCAGCTCAAG	25	134	0
AAATGTTTTCTTGTTAATAAACAAAGTCTTGTTAT	7	18	0
GTAAGTTAGATAAATATTAATAAAATTACTCTGAT	28	15	1
         ATTTTTAGTAAAGAAAGACACCTAAT	10	59	0
AGTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTTAAATA	13	132	1
TCTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAATAAC	1	19	0
TGTTTTTTGGTAGATAAAAAACAAAAAAGCAGCTG	13	54	0
      TTACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTG	1	214	0
AAGTGAGCAATTGATAAAAACATTAGTTTTTGATT	23	146	1
AACATAAATTTAGTGATAAAGATCATGTGCTGATG	1	55	0
TGGTTTATGTAATTAATTAAATTAACTATAGAGCT	21	20	0
CCATTTGCTTAACTAAATAAAGTTAAAATTCACAG	21	52	1
TACTTATTGCTTAAAATTAAGATAAATAATTTTCC	5	10	1
AATTTCGAAATTATAATTAATGACAC         	0	12	1
GCCCTTGAGATTTTGATTAAGATCAATTTCAAGTT	7	94	0
GGTAATAATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTGA	15	12	1
  TTTTTTTATATTGACAAATTAAAATTTAACAAG	22	8	1
CTTAATTTAGAATTAACTAATGACAGTGTACACTT	11	30	1
ATATTTTCTCAATTAAATAAAAAAACAGTGTAAGT	11	61	0
TTTAGAAAAATTCAAAATAAGCAAATTATAATTAG	10	29	1
TGAAGATAAAAAGTAAAAAAGAAAACCAATAAAAG	30	128	1
TTATTAAAAAATAATACTAAATTAATATAGTGTGG	30	251	0
TTAGATAAATTAGAGATAAACAAAAAACCTAGTTT	29	57	1
          ** *** ***  * *
MAP Score: 30.7773

Motif 4
ATATATTAGTATGAGTGCTTAATTTAAATTATTA	6	220	0
TTAATCCCTTTAGATTGCTTAACTCTTTAAAACT	6	253	1
CACCTAATTATAATTTGCTTATTTTGAATTTTTC	10	33	0
AAAAAGCAGCTGTTGTGCTGCTCTTTTTTATTTG	13	32	0
CTCAAACACTAAAAGTGCTAATTAAAGTTTGTT 	14	9	0
CTTTTAGTGTTTGAGTGCTAATTTTTGTTTATAA	14	28	1
TGATAAAAACATTAGTTTTTGATTTTGCAATCTA	23	157	1
TAACTAAGGGTAAATTGCTGTTTTTTAACTCTTT	23	229	1
AATCGGTTAATTGATTGCTGATTAGTAAAAAAGA	23	258	0
GTTAGTAATTTAAAGGGCTTGTTTGGTTTTGCAG	25	148	1
TATTTAAAATTTAAGTGTTAATTT          	27	64	1
CTCAAGGCATTCGAGTGCTAATTAAAAACTAGGT	29	83	0
CTCGAATGCCTTGAGTGCTAATTTTATATAATTT	29	102	1
          *  ******  ***
MAP Score: 0.7278