AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all002_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238655
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG001	300	DNA polymerase III, subunit beta (dnaN)
#1	MG003	84	DNA gyrase subunit B (gyrB)
#2	MG203	127	topoisomerase IV subunit B (parE)
#3	MG332	300	conserved hypothetical protein
#4	MG388	142	conserved hypothetical protein
#5	MG466	25	ribosomal protein L34 (rpL34)
#6	MG468.1	62	ABC transporter, ATP-binding protein
#7	MG469	300	chromosomal replication initiator protein (dnaA)

Motif 1
AACAGAAATTAATGATATTTTACATATGTAC	0	36	0
TTTAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTAA	0	85	1
TATCAAGGGTTATGATATTTATTTCTATTTT	0	204	0
TAACCCAGAAATTAATACTTAATCAAAAATG	0	233	1
ACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTTTGAT	0	254	0
AAGTGAATTGAATAAAATTTTGGGAAAAA  	0	281	1
TTTAATGTGTTATAATTATTTGTTATGCCAT	1	23	1
       TTATATAAAACTTTAAGTGGTGCC	2	3	1
CCAAGTTGCTAATAATTTTTAATCTTAC   	3	282	1
TTAAACTGCTTTTAATAATTTGGAAACAAAG	4	71	0
AATTTGCGCTTTTAATTGTTTCCTGTTCAAA	4	120	1
TAATCACCTGATTAATTGTTTC         	5	13	1
      CAAAATTAAAATTTTCTAATAGTGT	6	4	1
TAGATGACTTAATGATTGTTT          	6	51	1
TTATTATGATATTGAAAATTTTGTTCCTCTT	7	33	0
TCAATATCATAATAATGGTTTCTTACAGCAA	7	49	1
TGTTGAAAATTTTGATTTTTTTGCTGTAAGA	7	69	0
CATTGTCAAGAATGATAGTTAAAATTCTCGA	7	266	0
          ******* ***
MAP Score: 19.1187

Motif 2
TTACAGCAAAAAAATCAAAATTTTCAACAACAATTCACA	7	71	1
TAAGCTTTTTATGAACAAAATTATAGACATTTTAGTTCT	0	133	1
TATTTTCAAGAGGAACAAAATTTTCAATATCATAATAAT	7	26	1
         CAAAATTAAAATTTTCTAATAGTGTTCTCA	6	1	1
GTCAAAGAGTATGACAAAAAGTTAGAAATTACTCCAAAG	7	210	1
AATTTATGGCATAACAAATAATTATAACACATTAAAAAT	1	20	0
AATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAATAGATACTA	0	75	0
ACTATTATATATAACAGAAATTAATGATATTTTACATAT	0	40	0
AAATTAATACTTAATCAAAAATGAAAATATTAATTAATA	0	241	1
CTGTTGAACGCCAAGAAAAACTAGATACAGGTGTACACT	7	162	1
TTTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTAAAGAAAATA	0	163	1
        GTAAGATTAAAAATTATTAGCAACTTGGTCA	3	279	0
GTCAAGAATGATAGTTAAAATTCTCGAAATTGGGATATT	7	254	0
ATTCTTTACAAAGATAAAAACAAGCAAGAGGTAGTTGAT	3	223	1
TGAACAGGAAACAATTAAAAGCGCAAATTCTGGGTCAAA	4	110	0
GATATTAAAGAAAATAAAAAAATAGAAATAAATATCATA	0	186	1
CTCCCCAACCTAAAACAAAAATACCAGGAATAGTTCCTG	7	126	1
TAAAAGTGAATTGAATAAAATTTTGGGAAAAA       	0	278	1
          * **  **** *    * *
MAP Score: 13.771

Motif 3
TTTATGCTTAATTATAAGCTTTTTATGAACAAAAT	0	119	1
AAGAACTAAAATGTCTATAATTTTGTTCATAAAAA	0	138	0
TATGATATTTATTTCTATTTTTTTATTTTCTTTAA	0	190	0
TTATTAATTAATATTTTCATTTTTGATTAAGTATT	0	246	0
AAAACCTTTCATTTTTAATGTGTTATAATTATTTG	1	10	1
TTACTTACTAATCTTAAGGTAGTTGTTTTAGCGTC	3	73	1
GGTGTTACACATTTTGAGAGTGTTTTAATTGATGA	3	181	1
TCTTGAAAATATCTCTCTTTTTTTGGT        	7	2	0
CATTATTATGATATTGAAAATTTTGTTCCTCTTGA	7	31	0
GTTGTTGAAAATTTTGATTTTTTTGCTGTAAGAAA	7	67	0
CTTTGGAGTAATTTCTAACTTTTTGTCATACTCTT	7	214	0
CGAAATTGGGATATTAACTGCTTTGGAGTAATTTC	7	234	0
TAATATCCCAATTTCGAGAATTTTAACTATCATTC	7	253	1
          ** ** *   *****
MAP Score: 12.6102

Motif 4
AATTAAGCATAAATGCTTAATTATAGTAATAATTAATACTCT	0	90	0
TATAAGAACTAAAATGTCTATAATTTTGTTCATAAAAAGCTT	0	134	0
TTCTTATAATAAATAATAGATATTAAAGAAAATAAAAAAATA	0	168	1
AGAAAATAAAAAAATAGAAATAAATATCATAACCCTTGATAA	0	194	1
AATACTTAATCAAAAATGAAAATATTAATTAATAAAAGTGAA	0	246	1
TGGCATAACAAATAATTATAACACATTAAAAATGAAAGGTTT	1	11	0
AGCTTTTGCCACAAACTAAATTTATGGCATAACAAATAATTA	1	35	0
AAACACTCTCAAAATGTGTAACACCTGCAAAACCAAACAAGC	3	164	0
GATGACACTAAAATTCTTTACAAAGATAAAAACAAGCAAGAG	3	211	1
CTGTTTGCACACAAAGTTGACCAAGTTGCTAATAATTTTTAA	3	262	1
CTTTGTTTCCAAATTATTAAAAGCAGTTTAAACCTATCGTTT	4	71	1
  CAAAATTAAAATTTTCTAATAGTGTTCTCAGGGTATTTTT	6	8	1
       AAACAATCATTAAGTCATCTAAAAAAATACCCTGA	6	37	0
CAAGAGGAACAAAATTTTCAATATCATAATAATGGTTTCTTA	7	32	1
AAAAAAATCAAAATTTTCAACAACAATTCACACAACCACAGC	7	78	1
GAACGCCAAGAAAAACTAGATACAGGTGTACACTTCTATACA	7	167	1
GAGTATGACAAAAAGTTAGAAATTACTCCAAAGCAGTTAATA	7	216	1
          ****  *  *      *  ***
MAP Score: 10.8814

Motif 5
ACAAAATTATAGACATTTTAGTTCTTATAATAAATA	0	147	1
ATCAAGGGTTATGATATTTATTTCTATTTTTTTATT	0	198	0
TTTATTAATTAATATTTTCATTTTTGATTAAGTATT	0	246	0
CCAAAATTTTATTCAATTCACTTTTATTAATTAATA	0	268	0
         AAAACCTTTCATTTTTAATGTGTTATA	1	1	1
GTTATTCGGCACCACTTAAAGTTTTATATAA     	2	5	0
CGGCAGCAAAGCTAATTTCAATTTTAAATTCAAACT	2	97	1
AACCAAACAAGCCCTTTAAATTACTAACATGATCAG	3	140	0
TATCTTTGTAAAGAATTTTAGTGTCATCAATTAAAA	3	203	0
CAAGTTGCTAATAATTTTTAATCTTAC         	3	283	1
CCCAGAATTTGCGCTTTTAATTGTTTCCTGTTCAAA	4	115	1
AACACTATTAGAAAATTTTAATTTTG          	6	0	0
CAAGAGGAACAAAATTTTCAATATCATAATAATGGT	7	32	1
ATTGTTGTTGAAAATTTTGATTTTTTTGCTGTAAGA	7	69	0
TCTCGAAATTGGGATATTAACTGCTTTGGAGTAATT	7	236	0
CCCAATTTCGAGAATTTTAACTATCATTCTTGACAA	7	259	1
          *  * *** * * ***
MAP Score: 10.5443

Motif 6
ACATATGTACTATGTACATATGTAATTATTACTGCT       	0	3	0
ACATAGTACATATGTAAAATATCATTAATTTCTGTTATATATA	0	31	1
TAATAGTATCTATTTTAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTA	0	72	1
ATTATAGACATTTTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTAAA	0	152	1
TCTGGGTTATCAAGGGTTATGATATTTATTTCTATTTTTTTAT	0	199	0
AATATTTTCATTTTTGATTAAGTATTAATTTCTGGGTTATCAA	0	229	0
AAAATTTTATTCAATTCACTTTTATTAATTAATATTTTCATTT	0	259	0
ACCTTTCATTTTTAATGTGTTATAATTATTTGTTATGCCATAA	1	13	1
CACACAAAGTTGACCAAGTTGCTAATAATTTTTAATCTTAC  	3	269	1
AACGATAGGTTTAAACTGCTTTTAATAATTTGGAAACAAAGTT	4	69	0
          TTATAATCACCTGATTAATTGTTTC        	5	0	1
CAGGGTATTTTTTTAGATGACTTAATGATTGTTT         	6	38	1
AGGAACAAAATTTTCAATATCATAATAATGGTTTCTTACAGCA	7	36	1
TTGTGTGAATTGTTGTTGAAAATTTTGATTTTTTTGCTGTAAG	7	70	0
AATTGGGATATTAACTGCTTTGGAGTAATTTCTAACTTTTTGT	7	223	0
          * *         ** *****  *
MAP Score: 9.68402