AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MG/MG_sum_all002_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238680 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MG001 300 DNA polymerase III, subunit beta (dnaN) #1 MG003 84 DNA gyrase subunit B (gyrB) #2 MG200 251 dnaJ-like protein #3 MG203 127 topoisomerase IV subunit B (parE) #4 MG332 300 conserved hypothetical protein #5 MG388 142 conserved hypothetical protein #6 MG390 107 ABC transporter, ATP-binding protein #7 MG393 125 heat shock protein (groES) #8 MG395 300 putative lipoprotein #9 MG466 25 ribosomal protein L34 (rpL34) #10 MG468.1 62 ABC transporter, ATP-binding protein #11 MG469 300 chromosomal replication initiator protein (dnaA) Motif 1 ATTATAGACATTTTAGTTCTTATAATAAATAATAG 0 152 1 ATTTCTATTTTTTTATTTTCTTTAATATCTATTAT 0 180 0 TATTTTCATTTTTGATTAAGTATTAATTTCTGGGT 0 235 0 TTCAATTCACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTT 0 258 0 AAAACCTTTCATTTTTAATGTGTTATAATTA 1 6 1 GTAAGTATAATTTTATTAATTAACTAGATAGTTGC 2 211 0 GCAAAGCTAATTTCAATTTTAAATTCAAACTTTAG 3 102 1 TCTTGAAAGGTTTTATTAGCTACAAAGACATG 4 7 0 AAACAAGCCCTTTAAATTACTAACATGATCAGCTC 4 137 0 TTTAAACTGCTTTTAATAATTTGGAAACAAAGTTC 5 68 0 GAATTTGCGCTTTTAATTGTTTCCTGTTCAAAA 5 119 1 CTACAAACTGTTTTATTAGTTAAAAATAAAGTTAC 6 13 0 TTAAGATAACTTTTACTTTCTTTTAAATTAGTTTT 7 78 1 TTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATATTTTTATT 7 100 1 TTTTTTTGGTTTTAATTTAGTTAGTTTACCTGAGT 8 48 1 TATTTTCATTTTTAACTTTTTTGATGGTTGCATTT 8 95 1 TTTTTGATGGTTGCATTTGCTTTCATTAGTTTTTT 8 112 1 TCATTAGTTTTTTCATTAGCTTCTTCTTTTTAATT 8 134 1 AGCTTCTTCTTTTTAATTGCATCTAAAACTAAGCA 8 151 1 CACTGATAAATTTAATTATTTTTATTCTGCTTAGT 8 178 0 ATTAAAGGTTTTGAAATATTTTTGTATTAAA 8 279 1 GGAACAAAATTTTCAATATCATAATAATGGTTTCT 11 37 1 TGTTGAAAATTTTGATTTTTTTGCTGTAAGAAACC 11 65 0 TGTCATACTCTTTGACTTGTATAGAAGTGTACACC 11 191 0 ATTAACTGCTTTGGAGTAATTTCTAACTTTTTGTC 11 222 0 TTTCGAGAATTTTAACTATCATTCTTGACAATGTT 11 264 1 *** * ** *** * MAP Score: 30.5444 Motif 2 TTTAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTAA 0 85 1 TAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATATTTTT 7 101 1 TAACCCAGAAATTAATACTTAATCAAAAATG 0 233 1 CTAAACATTAATTAATATTTAGTGAGATATT 7 29 0 TTCTAACGGGATTAATTTTTTTGGTTTTAAT 8 33 1 TAATCACCTGATTAATTGTTTC 9 13 1 ACTTACTCTGATTGATTCTTA 2 240 1 AATTTGCGCTTTTAATTGTTTCCTGTTCAAA 5 120 1 CACTGATAAATTTAATTATTTTTATTCTGCT 8 182 0 ACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTTTGAT 0 254 0 TTAAACTGCTTTTAATAATTTGGAAACAAAG 5 71 0 CCAAGTTGCTAATAATTTTTAATCTTAC 4 282 1 TGTTGAAAATTTTGATTTTTTTGCTGTAAGA 11 69 0 ATGTGTTATAATTATTTGTTATGCCATAAAT 1 27 1 TTTAATATCTATTATTTATTATAAGAACTAA 0 164 0 AAAACCTTTCATTTTTAATGTGTTATA 1 6 1 GTAGTTCTATTTTCATTTTTAACTTTTTTGA 8 88 1 TTATAGACATTTTAGTTCTTATAATAAATAA 0 153 1 ATTTGCTTTCATTAGTTTTTTCATTAGCTTC 8 126 1 TAAGTATAATTTTATTAATTAACTAGATAGT 2 214 0 TACAAACTGTTTTATTAGTTAAAAATAAAGT 6 16 0 TAGATGACTTAATGATTGTTT 10 51 1 CATTGTCAAGAATGATAGTTAAAATTCTCGA 11 266 0 TATGTACATATGTAATTATTACTGCT 0 5 0 TATCAAGGGTTATGATATTTATTTCTATTTT 0 204 0 AACAGAAATTAATGATATTTTACATATGTAC 0 36 0 TTAGTGAGATATTGTTAATTTTTAAATACAA 7 11 0 ******* *** MAP Score: 25.7399 Motif 3 ATATGTAAAATATCATTAATTTCTGTTATATATAATAG 0 40 1 ATTTTTTTATTTTCTTTAATATCTATTATTTATTATAA 0 171 0 GGTTATGATATTTATTTCTATTTTTTTATTTTCTTTAA 0 190 0 CAAAATTTTATTCAATTCACTTTTATTAATTAATATTT 0 265 0 AAAACCTTTCATTTTTAATGTGTTATAATTATTTG 1 7 1 CAGTTACTTGTAAATTTTCCAAGATTAATAAGCTGTTT 2 72 1 GATTAATAAGCTGTTTTTTTTCAATTAAAACAGCACTA 2 94 1 TCAGAGTAAGTATAATTTTATTAATTAACTAGATAGTT 2 213 0 AAGGGCTTGTTTGGTTTTGCAGGTGTTACACATTTTGA 4 160 1 GTAAGATTAAAAATTATTAGCAACTTGGT 4 281 0 TTTTTAAGCGCTTTTTTGGTAAAAATTACCAAGCAGGA 5 27 1 GGAGTCGAACTTTGTTTCCAAATTATTAAAAGCAGTTT 5 62 1 TAAGTAACTTTATTTTTAACTAATAAAACAGTTTGT 6 8 1 TGAAAAATGACAAATTTGTAAGCTGTTACAAACACTAC 6 44 0 TGTCATTTTTCACTTTTCATTGCTATTAATAAGACAAA 6 70 1 AAAGTTATCTTAAATTTATCTGATATTAGCGCTAAACA 7 53 0 AAGATAACTTTTACTTTCTTTTAAATTAGTTTTTAATT 7 80 1 TCTAACGGGATTAATTTTTTTGGTTTTAATTTAGTTAG 8 34 1 TCAATAGTAGTTCTATTTTCATTTTTAACTTTTTTGAT 8 82 1 TTATTCTGCTTAGTTTTAGATGCAATTAAAAAGAAGAA 8 154 0 TTTTCACTGATAAATTTAATTATTTTTATTCTGCTTAG 8 179 0 ACCCTGAGAACACTATTAGAAAATTTTAATTTTG 10 6 0 GTTGAAAATTTTGATTTTTTTGCTGTAAGAAACCATTA 11 61 0 ** *** * * *** MAP Score: 21.9187 Motif 4 TGTCTTATTAATAGCAATGAAAAGTGAAAAATGACAAATT 6 66 0 TTCTTACAGCAAAAAAATCAAAATTTTCAACAACAATTCA 11 68 1 AGATATTTTCAAGAGGAACAAAATTTTCAATATCATAATA 11 23 1 CAAGTCAAAGAGTATGACAAAAAGTTAGAAATTACTCCAA 11 207 1 TAAATAATAGATATTAAAGAAAATAAAAAAATAGAAATAA 0 177 1 AACTAACTAAATTAAAACCAAAAAAATTAATCCCGTTAGA 8 34 0 TCTAAAACTAAGCAGAATAAAAATAATTAAATTTATCAGT 8 172 1 TGCAACCATCAAAAAAGTTAAAAATGAAAATAGAACTACT 8 87 0 AAAATTCTTTACAAAGATAAAAACAAGCAAGAGGTAGTTG 4 220 1 CAGAAATTAATACTTAATCAAAAATGAAAATATTAATTAA 0 238 1 TTCCTGTTGAACGCCAAGAAAAACTAGATACAGGTGTACA 11 159 1 TTCCTCCCCAACCTAAAACAAAAATACCAGGAATAGTTCC 11 123 1 ATTGTCAAGAATGATAGTTAAAATTCTCGAAATTGGGATA 11 256 0 GTGCTGTTTTAATTGAAAAAAAACAGCTTATTAATCTTGG 2 90 0 TTTAAGCGCTTTTTTGGTAAAAATTACCAAGCAGGAGTCG 5 29 1 TTATAAGCTTTTTATGAACAAAATTATAGACATTTTAGTT 0 130 1 TAAAAAGAAGAAGCTAATGAAAAAACTAATGAAAGCAAAT 8 126 0 * ** **** * ** MAP Score: 12.2521 Motif 5 TAATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAA 0 84 0 TAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTAAAG 0 165 1 AATAATAGATATTAAAGAAAATAAAAAAATA 0 179 1 AAAAAATAGAAATAAATATCATAACCCTTGA 0 202 1 ATTCACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTT 0 258 0 ATAAAAGTGAATTGAATAAAATTTTGGGAAA 0 277 1 ATTATAACACATTAAAAATGAAAGGTTTT 1 8 0 TGGCATAACAAATAATTATAACACATTAAAA 1 22 0 TGCTGTTTTAATTGAAAAAAAACAGCTTATT 2 98 0 ATCACTGCCAATTAAATAAAAATCAGCTGGT 2 170 1 CTATCTAGTTAATTAATAAAATTATACTTAC 2 215 1 TCTTTACAAAGATAAAAACAAGCAAGAGGTA 4 225 1 GTAAGATTAAAAATTATTAGCAACTT 4 284 0 TGTTTTATTAGTTAAAAATAAAGTTACTTA 6 9 0 TTAAAAACTAATTTAAAAGAAAGTAAAAGTT 7 85 0 TATTTTAATAATTAAAAACTAATTTAAAAGA 7 96 0 TTTAGATGCAATTAAAAAGAAGAAGCTAATG 8 147 0 AACTAAGCAGAATAAAAATAATTAAATTTAT 8 177 1 ******** ** MAP Score: 8.05684 Motif 6 TGTACATATGTAATTATTACTGCT 0 4 0 TAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTAAG 0 87 1 CATTTATGCTTAATTATAAGCTTTTTATGA 0 117 1 TTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTAA 0 164 1 GATATTAAAGAAAATAAAAAAATAGAAATA 0 186 1 GATAACCCAGAAATTAATACTTAATCAAAA 0 231 1 ATCAAAAATGAAAATATTAATTAATAAAAG 0 254 1 GCATAACAAATAATTATAACACATTAAAAA 1 21 0 TGTTTTTTTTCAATTAAAACAGCACTAACA 2 105 1 CACTGCCAATTAAATAAAAATCAGCTGGTT 2 172 1 ACTATCTAGTTAATTAATAAAATTATACTT 2 214 1 ATCATGTTAGTAATTTAAAGGGCTTGTTTG 4 143 1 TTAGTGTCATCAATTAAAACACTCTCAAAA 4 192 0 GTAAGATTAAAAATTATTAGCAACTTGGTC 4 280 0 TCCTGCTTGGTAATTTTTACCAAAAAAGCG 5 35 0 GAACAGGAAACAATTAAAAGCGCAAATTCT 5 118 0 ACTGTTTTATTAGTTAAAAATAAAGTTACT 6 12 0 GAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA 7 7 0 TAATATCAGATAAATTTAAGATAACTTTTA 7 63 1 AATATTTTAATAATTAAAAACTAATTTAAA 7 99 0 AAGCCAATGCAAATTCTAACGGGATTAATT 8 20 1 TAAACTAACTAAATTAAAACCAAAAAAATT 8 46 0 ACCATCAAAAAAGTTAAAAATGAAAATAGA 8 93 0 AAGAAGAAGCTAATGAAAAAACTAATGAAA 8 132 0 GTTTTAGATGCAATTAAAAAGAAGAAGCTA 8 150 0 CAAAATTAAAATTTTCTAATAG 10 2 1 ********** MAP Score: 5.17955 Motif 7 TATATAACAGAAATTAATGATATTTTACATATGTACT 0 35 0 ATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAATAGATACT 0 76 0 CATTTATGCTTAATTATAAGCTTTTTATGAACAAAAT 0 117 1 TTTATGAACAAAATTATAGACATTTTAGTTCTTATAA 0 140 1 GTTCTTATAATAAATAATAGATATTAAAGAAAATAAA 0 167 1 GTTATGATATTTATTTCTATTTTTTTATTTTCTTTAA 0 190 0 GATAACCCAGAAATTAATACTTAATCAAAAATGAAAA 0 231 1 ATCAAAAATGAAAATATTAATTAATAAAAGTGAATTG 0 254 1 TTTTTCCCAAAATTTTATTCAATTCACTTTTATTAA 0 274 0 GCATAACAAATAATTATAACACATTAAAAATGAAAGG 1 14 0 GCCACAAACTAAATTTATGGCATAACAAATAATTATA 1 33 0 TCCTGCTTGGTAATTTTTACCAAAAAAGCGCTTAAAA 5 28 0 TGTTTCCAAATTATTAAAAGCAGTTTAAACCTATCGT 5 74 1 TTTGCGCTTTTAATTGTTTCCTGTTCAAAA 5 122 1 TAAGTAACTTTATTTTTAACTAATAAAACAGTTTGT 6 9 1 AACAGCTTACAAATTTGTCATTTTTCACTTTTCATTG 6 55 1 TTAGCGCTAAACATTAATTAATATTTAGTGAGATATT 7 29 0 AAGTTATCTTAAATTTATCTGATATTAGCGCTAAACA 7 53 0 ACTTTCTTTTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATATT 7 92 1 TAACGGGATTAATTTTTTTGGTTTTAATTTAGTTAGT 8 36 1 TTTCACTGATAAATTTAATTATTTTTATTCTGCTTAG 8 179 0 AATACAAAAATATTTCAAAACCTTTAATTAATGAAGT 8 270 0 TGATATTGAAAATTTTGTTCCTCTTGAAAATATCTCT 11 21 0 TGCTTTGGAGTAATTTCTAACTTTTTGTCATACTCTT 11 214 0 TTAATATCCCAATTTCGAGAATTTTAACTATCATTCT 11 252 1 ***** * * ** * MAP Score: 0.536951