AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all003_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238704
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG217	300	proline-rich P65 protein
#1	MG256	166	conserved hypothetical protein
#2	MG257	45	ribosomal protein L31 (rpL31)
#3	MG298	202	P115 protein
#4	MG332	300	conserved hypothetical protein
#5	MG446	300	ribosomal protein S16 (rps16)

Motif 1
CGAGACCACCATTAAAAGTTTTTAAAAAAGCCCTA	0	152	1
AAAGCCCCTTTTTAGGGCTTTTTTAAAAACTTTTA	0	164	0
GTTACCACCAATTAAAATATTTTTATAGCAAGCAG	0	205	1
CCAATTTATGATAAAAACTTAGTTAAATTGCTAGG	1	44	1
AAGTGAATATATTAATATTTATTGGTCTTTGTCAA	2	12	1
TAAAAATTACATTAATTGCTTTTAGAAAAGCAATA	3	24	0
CTATTAAAACATAGAAGCTTTTTTAAATGAAGCGT	3	77	1
GCTTTTTTAAATGAAGCGTTATTAGCTTATTTTTT	3	93	1
CAACATCCAAATTAAAGCTTTTTAGAACAA     	3	182	1
     GTAAGATTAAAAATTATTAGCAACTTGGTC	4	280	0
ACAGAAAATAATTAAGACTTTGTTAGATATAAAGA	5	71	1
AGATATAAAGATAAGAACTTATTTATCTAAAAAAA	5	95	1
CAAAATGAAAATCGGGCCTTATTGGATGATTAAAT	5	152	1
GAATAACTTAATCAGCTATTTTTTATTCGTCTAGT	5	193	0
AAAGCGGCTAATTATAACTTTTTAAAGTTCTATTT	5	241	0
          ** **   ***** *
MAP Score: 13.1266

Motif 2
          TTGTTCTAAAAAGCTTTAATTT	3	190	0
TAAGAACTTATTTATCTAAAAAAATAATGAGT	5	106	1
ATGCAACTGCTTGCTATAAAAATATTTTAATT	0	214	0
TTTATTGGTCTTTGTCAAAAAATAAG      	2	29	1
AATAAACTAGTTACTATTAAAACATAGAAGCT	3	64	1
AGCTGTTTAATTCATATTAAAGCGC       	0	285	1
CCATTAAAAGTTTTTAAAAAAGCCCTAAAAAG	0	160	1
ACTAGTTTATTTAATTTAAAAATTACATTAAT	3	43	0
CTAATAACGCTTCATTTAAAAAAGCTTCTATG	3	86	0
AATGATATTGCTTTTCTAAAAGCAATTAATGT	3	19	1
AATGATTTTTTTCTTAATAAAGCGGCTAATTA	5	262	0
ATAATTCTAACTTATATTAAAAATATGCAACT	0	238	0
AATTATTAGGTTACTAAAAAATAAGCTAATAA	3	111	0
TAGTAACATATTTGTCTTGAAAGGTTTTATTA	4	24	0
TAACTAAGTTTTTATCATAAATTGGCCTTCCC	1	37	0
TGTTTTTATCTTTGTAAAGAATTTTAGTGTCA	4	213	0
          **  ********
MAP Score: 12.8732

Motif 3
TTAAAAGTTTTTAAAAAAGCCCTAAAAAGG	0	163	1
GGTGGTAACACTAAAAAAGCCCCTTTTTAG	0	184	0
CAACTGCTTGCTATAAAAATATTTTAATTG	0	213	0
TTAATTGCTTTTAGAAAAGCAATATCATTT	3	18	0
AATTTTTAAATTAAATAAACTAGTTACTAT	3	51	1
AAACTAGTTACTATTAAAACATAGAAGCTT	3	67	1
AACGCTTCATTTAAAAAAGCTTCTATGTTT	3	83	0
AAAAAATAAGCTAATAACGCTTCATTTAAA	3	98	0
GTCTTTGTAGCTAATAAAACCTTTCAAGAC	4	13	1
CCTTGTGACGCTAAAACAACTACCTTAAGA	4	84	0
ATCTTTATATCTAACAAAGTCTTAATTATT	5	77	0
ACTTATTTATCTAAAAAAATAATGAGTTTG	5	111	1
GATTTTTTTCTTAATAAAGCGGCTAATTAT	5	261	0
          **********
MAP Score: 12.165

Motif 4
CGAGACCACCATTAAAAGTTTTTAAAAAAGCCCTAAA	0	152	1
GTTACCACCAATTAAAATATTTTTATAGCAAGCAGTT	0	205	1
TAGCAATTTAACTAAGTTTTTATCATAAATTGGCCTT	1	40	0
ACCAATAAATATTAATATATTCACTTAA         	2	1	0
TCTAAAAGCAATTAATGTAATTTTTAAATTAAATAAA	3	33	1
TAATTTTTAAATTAAATAAACTAGTTACTATTAAAAC	3	50	1
CAACATCCAAATTAAAGCTTTTTAGAACAA       	3	182	1
CAAATATGTTACTAAAGGTGCTTCTAAGGGATTACTT	4	42	1
AGTGTCATCAATTAAAACACTCTCAAAATGTGTAACA	4	183	0
AATTGATGACACTAAAATTCTTTACAAAGATAAAAAC	4	207	1
     GTAAGATTAAAAATTATTAGCAACTTGGTCAA	4	278	0
AGTTTAACGCCTTAAAATAATATGCTAAACAACAGAA	5	40	1
ACAGAAAATAATTAAGACTTTGTTAGATATAAAGATA	5	71	1
TTATTGGATGATTAAATTTATTAACTAGACGAATAAA	5	170	1
ATTATAACTTTTTAAAGTTCTATTTTATCTATGCTTA	5	229	0
          ******  * * *   *
MAP Score: 10.7114

Motif 5
CGAGACCACCATTAAAAGTTTTTAAAAAAGCCCTA	0	152	1
ACTGCTTGCTATAAAAATATTTTAATTGGTGGTAA	0	206	0
CCAATTTATGATAAAAACTTAGTTAAATTGCTAGG	1	44	1
CTAAAACTAGATAAAAACCTAGCAATTTAACTAAG	1	61	0
ACTAGTTACTATTAAAACATAGAAGCTTTTTTAAA	3	69	1
AGGTTACTAAAAAATAAGCTAATAACGCTTCATTT	3	101	0
GTATAATCTAATAACAACATCCAAATTAAAGCTTT	3	168	1
CTTTGTAGCTAATAAAACCTTTCAAGACAAATATG	4	15	1
TTAACGCCTTAAAATAATATGCTAAACAACAGAAA	5	43	1
ACAGAAAATAATTAAGACTTTGTTAGATATAAAGA	5	71	1
AGATATAAAGATAAGAACTTATTTATCTAAAAAAA	5	95	1
ATCTAAAAAAATAATGAGTTTGCAGATGACATGCA	5	119	1
GCATAGATAAAATAGAACTTTAAAAAGTTATAATT	5	232	1
          **** *** *   **
MAP Score: 8.91272

Motif 6
AGGCCAATTTATGATAAAAACTTAGTTAAA	1	41	1
CCCCTAAAACTAGATAAAAACCTAGCAATT	1	69	0
AAAACCTTTCAAGACAAATATGTTACTAAA	4	28	1
CAACTACCTTAAGATTAGTAAGTAATCCCT	4	68	0
ATTCTTTACAAAGATAAAAACAAGCAAGAG	4	223	1
        GTAAGATTAAAAATTATTAGCA	4	288	0
GTTAGATATAAAGATAAGAACTTATTTATC	5	92	1
ATTATTTTTTTAGATAAATAAGTTCTTATC	5	104	0
TTCTTAAGCATAGATAAAATAGAACTTTAA	5	225	1
CCGCTTTATTAAGAAAAAAATCATTGGTCA	5	269	1
          **********
MAP Score: 8.74099

Motif 7
        TGGTTCCATGGTGTAGTGATAACATAT	0	2	1
TTTTAAAAACTTTTAATGGTGGTCTCGGGCAGAAT	0	144	0
AAAAAGCCCCTTTTTAGGGCTTTTTTAAAAACTTT	0	166	0
GTTAGAATTATTGGTATAGTGTCTTCAGCTGTTTA	0	259	1
CTTAGTTAAATTGCTAGGTTTTTATCTAGTTTTAG	1	61	1
TTTTTATCTAGTTTTAGGGGGTGTAGTTTAGTGGT	1	79	1
CACAGACAGTTTTGGAGACTGTTGTTCTACCACTA	1	107	0
TATATTAATATTTATTGGTCTTTGTCAAAAAATAA	2	19	1
AAAGCTTTAATTTGGATGTTGTTATTAGATTATAC	3	168	0
CATATTTGTCTTGAAAGGTTTTATTAGCTACAAAG	4	15	0
CTAAAGGTGCTTCTAAGGGATTACTTACTAATCTT	4	53	1
TACTTACTAATCTTAAGGTAGTTGTTTTAGCGTCA	4	74	1
ATGTTAGTAATTTAAAGGGCTTGTTTGGTTTTGCA	4	146	1
CTTGTTTGGTTTTGCAGGTGTTACACATTTTGAGA	4	165	1
GTGTTACACATTTTGAGAGTGTTTTAATTGATGAC	4	182	1
TAGCATATTATTTTAAGGCGTTAAACTTGTTTTCA	5	32	0
          ***  **** **  *
MAP Score: 8.30681

Motif 8
CGAGACCACCATTAAAAGTTTTTAAAAAAGCCCTAA	0	152	1
TGTTACCACCAATTAAAATATTTTTATAGCAAGCAG	0	204	1
       TTAAGTGAATATATTAATATTTATTGGTC	2	3	1
TAAAAATTACATTAATTGCTTTTAGAAAAGCAATAT	3	23	0
CTATTAAAACATAGAAGCTTTTTTAAATGAAGCGTT	3	77	1
CAACATCCAAATTAAAGCTTTTTAGAACAA      	3	182	1
AATTGATGACACTAAAATTCTTTACAAAGATAAAAA	4	207	1
AACAGAAAATAATTAAGACTTTGTTAGATATAAAGA	5	70	1
TCATCTGCAAACTCATTATTTTTTTAGATAAATAAG	5	112	0
TAAAGCGGCTAATTATAACTTTTTAAAGTTCTATTT	5	241	0
TATTTTGACCAATGATTTTTTTCTTAATAAAGCGGC	5	268	0
          * * **  * **** *
MAP Score: 4.51903

Motif 9
GACTGAGCTACAAGACCAATGGCGGTTCCA	0	74	0
GCTGAAGACACTATACCAATAATTCTAACT	0	258	0
CTCCTCTAGGGAAGGCCAATTTATGATAAA	1	29	1
ATTTTTTGACAAAGACCAATAAATATTAAT	2	22	0
GTAAACTAAACTAGGCTAATTATTAGGTTA	3	130	0
TAAAACCTTTCAAGACAAATATGTTACTAA	4	27	1
AATTTATTAACTAGACGAATAAAAAATAGC	5	184	1
          **********
MAP Score: 4.43283

Motif 10
CTTTTTTAAAAACTTTTAATGGTGGTCTCG	0	152	0
CCCTTTTTAGGGCTTTTTTAAAAACTTTTA	0	164	0
CCTAAAAAGGGGCTTTTTTAGTGTTACCAC	0	183	1
TTGCTATAAAAATATTTTAATTGGTGGTAA	0	206	0
TAGTGTCTTCAGCTGTTTAATTCATATTAA	0	275	1
CAATTTAACTAAGTTTTTATCATAAATTGG	1	44	0
ATAAAAACCTAGCAATTTAACTAAGTTTTT	1	56	0
TTAAATTGCTAGGTTTTTATCTAGTTTTAG	1	66	1
   TTAAGTGAATATATTAATATTTATTGG	2	7	1
         AAACTTTTAAATGATATTGCT	3	1	1
CTTTTCTAAAAGCAATTAATGTAATTTTTA	3	29	1
CAATTAATGTAATTTTTAAATTAAATAAAC	3	41	1
AATAGTAACTAGTTTATTTAATTTAAAAAT	3	52	0
AAAACATAGAAGCTTTTTTAAATGAAGCGT	3	82	1
AAGCGTTATTAGCTTATTTTTTAGTAACCT	3	106	1
TGATCATGTTAGTAATTTAAAGGGCTTGTT	4	141	1
ACATTTTGAGAGTGTTTTAATTGATGACAC	4	189	1
AGTTGCTAATAATTTTTAATCTTAC     	4	285	1
TCTGTTGTTTAGCATATTATTTTAAGGCGT	5	46	0
TAAAGATAAGAACTTATTTATCTAAAAAAA	5	100	1
TGGATGATTAAATTTATTAACTAGACGAAT	5	174	1
TAACTTAATCAGCTATTTTTTATTCGTCTA	5	195	0
GGCTAATTATAACTTTTTAAAGTTCTATTT	5	241	0
        CAATCTTATTTTGACCAATGAT	5	288	0
          **********
MAP Score: 2.76429