AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MG/MG_sum_all003_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238728 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MG217 300 proline-rich P65 protein #1 MG255 175 conserved hypothetical protein #2 MG255.1 196 conserved hypothetical protein #3 MG256 166 conserved hypothetical protein #4 MG257 45 ribosomal protein L31 (rpL31) #5 MG298 202 P115 protein #6 MG301 30 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (gap) #7 MG304 176 ABC transporter, ATP binding protein #8 MG305 87 heat shock protein 70 (dnaK) #9 MG309 53 lipoprotein, putative #10 MG332 300 conserved hypothetical protein #11 MG446 300 ribosomal protein S16 (rps16) Motif 1 AATATGCAACTGCTTGCTATAAAAATATTTTAATT 0 214 0 GTAACTAGTTTATTTAATTTAAAAATTACATTAAT 5 43 0 TCCCGTTATCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGTA 1 58 0 AAGCTTAGTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTT 7 126 1 TTAAATAAACTAGTTACTATTAAAACATAGAAGCT 5 61 1 TTTTAATTGGTGGTAACACTAAAAAAGCCCCTTTT 0 187 0 ATATAGAACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCAC 7 17 1 CTAAGCTTATTTATAAATTTTAAAAATAAGTCAGA 7 99 0 TGAGTAATTGTTATTGATCTAAAAAAAAAGT 8 66 1 AGATAAGAACTTATTTATCTAAAAAAATAATGAGT 11 103 1 TAATATTTATTGGTCTTTGTCAAAAAATAAG 4 24 1 ATTAAGACTTTGTTAGATATAAAGATAAGAACTTA 11 81 1 AACCTAACCTTGATCAATTTCAAGAAAATCAAAAG 2 15 1 AAGCTAATAACGCTTCATTTAAAAAAGCTTCTATG 5 86 0 TCACAACACGTTATTAAACTCAAAATCAGTACCAA 2 87 0 GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTT 9 1 1 ATTTGGAATATGTTCTATATGAACAGG 7 2 0 TTCAGCTGTTTAATTCATATTAAAGCGC 0 282 1 AGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAACGCA 1 147 0 CCAATAATTCTAACTTATATTAAAAATATGCAACT 0 238 0 AAAATTACATTAATTGCTTTTAGAAAAGCAATATC 5 22 0 AGAATTTTAGTGTCATCAATTAAAACACTCTCAAA 10 193 0 TACTATAAATAAGAAAAATCCTGAC 1 0 1 TTTAGAAAAGCAATATCATTTAAAAGTTT 5 4 0 ACTATTTCATCATTAATTCTGAAAACAAGTTTAAC 11 13 1 TTGCTTGTTTTTATCTTTGTAAAGAATTTTAGTGT 10 215 0 CTGACTTAGTTGATACCAATCAGGATTTTACAAAG 1 30 1 ** * ** * **** MAP Score: 23.585 Motif 2 TAGGGCTTTTTTAAAAACTTTTAATGGTGGTCTCG 0 152 0 CTGCTTGCTATAAAAATATTTTAATTGGTGGTAAC 0 205 0 TAGCAAGCAGTTGCATATTTTTAATATAAGTTAGA 0 230 1 TCAACTAAGTCAGGATTTTTCTTATTTATAGTA 1 8 0 CAGGATTTTACAAAGAAGTTTTAATTTGGAGCAGA 1 50 1 GCTAAAAAATCAAATAATTTCTTTTGATTTTCTTG 2 35 0 GATCATTTAATAACCACTTTGTAATTGATAACAGT 2 120 1 CCTAGCAATTTAACTAAGTTTTTATCATAAATTGG 3 44 0 CTTAGTTAAATTGCTAGGTTTTTATCTAGTTTTAG 3 61 1 AAATGAAGCGTTATTAGCTTATTTTTTAGTAACCT 5 101 1 TTGGATGTTGTTATTAGATTATACTAGTTGAAGTA 5 157 0 TTTAATTTAATAATTAGATTTTAATACT 6 3 0 AGCACAACAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCA 7 47 1 TTTATAATTACTGAGTAATTGTTATTGATCTAAAA 8 55 1 ATTTTAAAATTTATATTTTTATTATTACCAC 9 6 0 CATATTTGTCTTGAAAGGTTTTATTAGCTACAAAG 10 15 0 TTACTAATCTTAAGGTAGTTGTTTTAGCGTCACAA 10 77 1 GACCAAGTTGCTAATAATTTTTAATCTTAC 10 280 1 TTTCTGTTGTTTAGCATATTATTTTAAGGCGTTAA 11 43 0 TTTTTTTAGATAAATAAGTTCTTATCTTTATATCT 11 95 0 ATGTCATCTGCAAACTCATTATTTTTTTAGATAAA 11 116 0 ATAACTTAATCAGCTATTTTTTATTCGTCTAGTTA 11 191 0 AAATAGAACTTTAAAAAGTTATAATTAGCCGCTTT 11 241 1 TTATTTTGACCAATGATTTTTTTCTTAATAAAGCG 11 270 0 *** * ** **** MAP Score: 20.8043 Motif 3 AAAAAAGCCCTAAAAAGGGGCTTTTTTAGTGTTACCACCAA 0 175 1 AAGACACTATACCAATAATTCTAACTTATATTAAAAATATG 0 243 0 TACTATAAATAAGAAAAATCCTGACTTAGTTGATACCAATC 1 10 1 TCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGTAAAATCCTGATTGGT 1 44 0 TTGTGATCATTTAATAACCACTTTGTAATTGATAACAGTTT 2 116 1 AAACAGGAATATGACAAACCCAACATTACTGCTTTCTTTAA 2 158 1 AGGCCAATTTATGATAAAAACTTAGTTAAATTGCTAGGTTT 3 41 1 CTTCTATGTTTTAATAGTAACTAGTTTATTTAATTTAAAAA 5 53 0 TTACTATTAAAACATAGAAGCTTTTTTAAATGAAGCGTTAT 5 74 1 GTATAATCTAATAACAACATCCAAATTAAAGCTTTTTAGAA 5 168 1 AAAAAAGAGCAGCACAACAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCT 7 37 1 CAAAAAACAGATTTTTAGCTCTGACTTATTTTTAAAATTTA 7 80 1 TTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTTAAATACCCAAAACA 7 135 1 GCACTCAAACACTAAAAGTGCTAATTAAAGTTTGTT 8 5 0 CTAATTTTTGTTTATAATTACTGAGTAATTGTTATTGATCT 8 45 1 ACAACTATTTCATCATTAATTCTGAAAACAA 11 0 1 ACAACAGAAAATAATTAAGACTTTGTTAGATATAAAGATAA 11 68 1 GTTAGATATAAAGATAAGAACTTATTTATCTAAAAAAATAA 11 92 1 ACTAGACGAATAAAAAATAGCTGATTAAGTTATTCTTAAGC 11 193 1 AATTATAACTTTTTAAAGTTCTATTTTATCTATGCTTAAGA 11 226 0 * * ** ** *** * MAP Score: 19.1741 Motif 4 TTTTACAAAGAAGTTTTAATTTGGAGCAGAT 1 55 1 AAACTTTTAAATGATATTGCTT 5 1 1 CAATTAATGTAATTTTTAAATTAAATAAACT 5 41 1 GCTTATTTATAAATTTTAAAAATAAGTCAGA 7 99 0 ATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTGAAAT 9 19 1 TGCTATAAAAATATTTTAATTGGTGGTAACA 0 204 0 TTGTTCTAAAAAGCTTTAATTTGGATGTTGT 5 181 0 AACAAACTTTAATTAGCACTTTTA 8 3 1 TTAAAAACCTCAGTTTTAAATACCCAAAACA 7 145 1 AAAAGCTTCTATGTTTTAATAGTAACTAGTT 5 68 0 CTTTTTTAAAAACTTTTAATGGTGGTCTCGG 0 151 0 AGTTGCTAATAATTTTTAATCTTAC 10 285 1 ATTAAAATCTAATTATTAAATTAAAGT 6 13 1 ATATCTAACAAAGTCTTAATTATTTTCTGTT 11 70 0 GGCTAATTATAACTTTTTAAAGTTCTATTTT 11 240 0 TTTAAAATTTATATTTTTATTATTACCAC 9 8 0 AACATAGAAGCTTTTTTAAATGAAGCGTTAT 5 84 1 AAGCAGTTGCATATTTTTAATATAAGTTAGA 0 234 1 AAAGACCAATAAATATTAATATATTCACTTA 4 11 0 CAATTTAACTAAGTTTTTATCATAAATTGGC 3 43 0 TAATTGATAACAGTTTTAAACAGGAATATGA 2 141 1 AAAATATACTAAATATTAAAGTAACAACGCA 1 147 0 ** ******** MAP Score: 16.1299 Motif 5 AAAAAGCCCTAAAAAGGGGCTTTTTTAGTGTTACCA 0 176 1 TTTAATATGAATTAAACAGCTGAAGACACTATACCA 0 270 0 TCAGGATTTTACAAAGAAGTTTTAATTTGGAGCAGA 1 49 1 TATTAAAGTAACAACGCAGATATAGTTCAATGGTAG 1 129 0 GTTATCAATTACAAAGTGGTTATTAAATGATCACAA 2 116 0 GAACGATTAAAGAAAGCAGTAATGTTGGGTTTGTCA 2 169 0 AAACTAGATAAAAACCTAGCAATTTAACTAAGTTTT 3 57 0 ATGTTTTAATAGTAACTAGTTTATTTAATTTAAAAA 5 53 0 TACTATTAAAACATAGAAGCTTTTTTAAATGAAGCG 5 75 1 TAGGTTACTAAAAAATAAGCTAATAACGCTTCATTT 5 101 0 ACTTTAATTTAATAATTAGATTTTAATACT 6 4 0 ATAAAAAACAAAAAAGCAGCTGTTGTGCTGCTCTTT 7 40 0 TTTATCTACCAAAAAACAGATTTTTAGCTCTGACTT 7 71 1 TTTAAAATTTATAAATAAGCTTAGTTTGCTACAAGT 7 110 1 TTGGGTATTTAAAACTGAGGTTTTTAACTTGTAGCA 7 136 0 ATCAATAACAATTACTCAGTAATTATAAACAAAAAT 8 48 0 ATTTTTTTAGATAAATAAGTTCTTATCTTTATATCT 11 95 0 CTAGACGAATAAAAAATAGCTGATTAAGTTATTCTT 11 194 1 TTAAGCATAGATAAAATAGAACTTTAAAAAGTTATA 11 228 1 TTTTTTCTTAATAAAGCGGCTAATTATAACTTTTTA 11 252 0 * *** ** * ** * MAP Score: 15.4709 Motif 6 TTTTAGTAACCTAATAATTAGCCTAGTTTAGTTTACTTC 5 124 1 TTTTGATTTTCTTGAAATTGATCAAGGTTAGGTTTTGTT 2 10 0 AAACTTTTAAATGATATTGCTTTTCTAAAAGC 5 3 1 GCTCATAACGCTAAAAAATCAAATAATTTCTTTTGATTT 2 40 0 AGATAAAAACCTAGCAATTTAACTAAGTTTTTATCATAA 3 49 0 ACTTATTTATCTAAAAAAATAATGAGTTTGCAGATGACA 11 111 1 GCTGATCATGTTAGTAATTTAAAGGGCTTGTTTGGTTTT 10 139 1 GTTATGAGCATTAGTAATTGGTACTGATTTTGAGTTTAA 2 70 1 CAACTGCTTGCTATAAAAATATTTTAATTGGTGGTAACA 0 204 0 TTAAAAATTATTAGCAACTTGGTCAACTTTGTGTGCAAA 10 265 0 TTTTTAAAATTTATAAATAAGCTTAGTTTGCTACAAGTT 7 108 1 GTTTATTTAATTTAAAAATTACATTAATTGCTTTTAGAA 5 32 0 AAAATATAAATTTTAAAATTATTGAAATTTTTGACTGTG 9 22 1 TAATAACCACTTTGTAATTGATAACAGTTTTAAACAGGA 2 127 1 AATCAGGATTTTACAAAGAAGTTTTAATTTGGAGCAGAT 1 47 1 TGTTTTTTATCTACCAAAAAACAGATTTTTAGCTCTGAC 7 66 1 CTAATAAAACCTTTCAAGACAAATATGTTACTAAAGGTG 10 23 1 TAAATTTAATCATCCAATAAGGCCCGATTTTCATTTTGC 11 151 0 TGATTGGTATCAACTAAGTCAGGATTTTTCTTATTTATA 1 13 0 CTAATAACAACATCCAAATTAAAGCTTTTTAGAACAA 5 175 1 AATAATATGCTAAACAACAGAAAATAATTAAGACTTTGT 11 55 1 *** ** * * * ** MAP Score: 15.3853 Motif 7 AAAAGCCCTAAAAAGGGGCTTTTTTAGTGTTACCACCA 0 177 1 CCATTGAACTATATCTGCGTTGTTACTTTAATATTTAG 1 132 1 CAAACCCAACATTACTGCTTTCTTTAATCGTTCT 2 172 1 CCAATTTATGATAAAAACTTAGTTAAATTGCTAGGTTT 3 44 1 TGTTTTAATAGTAACTAGTTTATTTAATTTAAAAATTA 5 50 0 CTATTAAAACATAGAAGCTTTTTTAAATGAAGCGTTAT 5 77 1 AAATGAAGCGTTATTAGCTTATTTTTTAGTAACCTAAT 5 101 1 GAAGTAAACTAAACTAGGCTAATTATTAGGTTACTAAA 5 125 0 TTATCTACCAAAAAACAGATTTTTAGCTCTGACTTATT 7 72 1 TAAAATTTATAAATAAGCTTAGTTTGCTACAAGTTAAA 7 112 1 TGGGTATTTAAAACTGAGGTTTTTAACTTGTAGCAAAC 7 133 0 AGAAGCACCTTTAGTAACATATTTGTCTTGAAAGGTTT 10 29 0 TGTTAGTAATTTAAAGGGCTTGTTTGGTTTTGCAGGTG 10 147 1 ACAGAAAATAATTAAGACTTTGTTAGATATAAAGATAA 11 71 1 AGATATAAAGATAAGAACTTATTTATCTAAAAAAATAA 11 95 1 GCAAAATGAAAATCGGGCCTTATTGGATGATTAAATTT 11 151 1 AAAGTTATAATTAGCCGCTTTATTAAGAAAAAAATCAT 11 255 1 *** ** ** ** * MAP Score: 5.02631 Motif 8 GTTGATACCAATCAGGATTTTACAAAGAAGTTTTAATTT 1 38 1 AAGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAACGCAGAT 1 144 0 TTTAAATGATATTGCTTTTCTAAAAGCAATTAATGTAAT 5 15 1 AAAAGCAATTAATGTAATTTTTAAATTAAATAAACTAGT 5 36 1 ATTAAAACATAGAAGCTTTTTTAAATGAAGCGTTATTAG 5 79 1 AGTATTAAAATCTAATTATTAAATTAAAGT 6 8 1 CTAAGCTTATTTATAAATTTTAAAAATAAGTCAGAGCTA 7 95 0 TAACAATTACTCAGTAATTATAAACAAAAATTAGCACTC 8 40 0 AATAATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTGAAATTTTT 9 15 1 AACTATTTCATCATTAATTCTGAAAACAAGTTTAACGCC 11 12 1 TAAAGATAAGAACTTATTTATCTAAAAAAATAATGAGTT 11 100 1 AGTTATAATTAGCCGCTTTATTAAGAAAAAAATCATTGG 11 257 1 ATTAAGAAAAAAATCATTGGTCAAAATAAGATTG 11 276 1 * *** * *** ** MAP Score: 3.13315 Motif 9 CATTAAAAGTTTTTAAAAAAGCCCTAAAAAGG 0 161 1 TTCTAACTTATATTAAAAATATGCAACTGCTT 0 234 0 GCAAGTTAAAATATACTAAATATTA 1 160 0 TGTTGTGATCATTTAATAACCACTTTGTAATT 2 114 1 TTGATAACAGTTTTAAACAGGAATATGACAAA 2 144 1 GGCCAATTTATGATAAAAACTTAGTTAAATTG 3 42 1 CCCTAAAACTAGATAAAAACCTAGCAATTTAA 3 66 0 GACCAATAAATATTAATATATTCACTTAA 4 7 0 TATTGGTCTTTGTCAAAAAATAAG 4 31 1 AGTTTATTTAATTTAAAAATTACATTAATTGC 5 40 0 ATAACGCTTCATTTAAAAAAGCTTCTATGTTT 5 83 0 ATTATTAGGTTACTAAAAAATAAGCTAATAAC 5 110 0 TTGTTCTAAAAAGCTTTAATTTGGA 5 187 0 AGTATTAAAATCTAATTATTAAAT 6 2 1 AACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCACAAC 7 23 1 GTTTTTTGGTAGATAAAAAACAAAAAAGCAGC 7 56 0 TATTTATAAATTTTAAAAATAAGTCAGAGCTA 7 95 0 GTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTTAAA 7 133 1 ATTGTTATTGATCTAAAAAAAAAGT 8 72 1 GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTTAAA 9 7 1 TGCACAGTCAAAAATTTCAATAATTTT 9 36 0 TTCTTTACAAAGATAAAAACAAGCAAGAGGTA 10 224 1 TTGACCAAGTTGCTAATAATTTTTAATCTTAC 10 278 1 TAAAATAATATGCTAAACAACAGAAAATAATT 11 52 1 TTATCTTTATATCTAACAAAGTCTTAATTATT 11 77 0 GAACTTATTTATCTAAAAAAATAATGAGTTTG 11 109 1 TTATTCGTCTAGTTAATAAATTTAATCATCCA 11 174 0 TTAACTAGACGAATAAAAAATAGCTGATTAAG 11 190 1 TCTTAAGCATAGATAAAATAGAACTTTAAAAA 11 226 1 ********* * MAP Score: 2.82962