AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all004_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238762
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG018	188	ATP-dependent RNA helicase, putative
#1	MG019	41	heat shock protein (dnaJ)
#2	MG022	29	DNA-directed RNA polymerase, subunit delta (rpoE)
#3	MG077	233	oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB)
#4	MG081	55	ribosomal protein L11 (rpl11)
#5	MG227	300	thymidylate synthase (thyA)
#6	MG232	92	ribosomal protein L21 (rpL21)
#7	MG267	33	conserved hypothetical protein
#8	MG268	150	conserved hypothetical protein
#9	MG335.1	58	M. genitalium predicted coding region MG335.1
#10	MG345	43	isoleucyl-tRNA synthetase (ileS)
#11	MG384.1	170	conserved hypothetical protein
#12	MG393	125	heat shock protein (groES)

Motif 1
CTTCAACCGTTTACTTTTTTATGAACAAGCACTACAA	0	32	1
TGGGTTAAGGTTTATTTTTAATAAAAAACCATCACAC	8	103	0
CTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAACATTTTAACAGT	5	233	0
TTCTTTTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATATTTTT	12	95	1
AAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA  	3	208	1
TGAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA         	12	1	0
   TTTTGAATTATTTTTTCAAGTCAAATAAAAAAAC	11	7	1
TTACTAGGCTTTAATTTTTTAATTGCAGCACAAAACA	11	135	1
TTTAAAATGTTTAATTATTAATATATAGCT       	9	38	1
GCTTTTTAAAACTGTTTTTGATGATTACAAAACCATT	0	149	1
TTATTTCAAATAGATTATTTAAGAAGATTTGAAAACA	0	84	1
TCAAAACCGTTGCCTTTCTAATTTATATATTAGGGAT	6	61	0
GAAGTTTTAGTTTCTTTTTAGTTTTTATTTATTATCT	11	67	1
      TAATTCGATTATTTAATTTTATAAGACTTTT	9	4	1
TTGTTAGAATTACTTGTTTTAAAACTATCTTAATCCC	6	29	1
CCACCTTGAGTGACTTTATTATCAGAAGAATTGGGAT	5	131	0
GTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAAC	3	19	1
AAATCAGAGTAATTTTATTAATATTTATCTAACTTAC	10	15	0
ATAATTGAAATAACTTACTGAAAACTACA        	7	14	1
TATCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGG	3	72	1
TTTTTATTTATTATCTTTTGATTTGAATTCTTTTTGG	11	88	1
          *   ***** ** *  *
MAP Score: 23.6705

Motif 2
GTTTACTTTTTTATGAACAAGCACTACAAAGGTTTTATG	0	40	1
AATATTTTAATAATTAAAAACTAATTTAAAAGAAAGTAA	12	90	0
TACAAAGGTTTTATGAAGAATTATTTCAAATAGATTATT	0	64	1
AATCAAAAGATAATAAATAAAAACTAAAAAGAAACTAAA	11	72	0
TAAATTGATTTCACCAAAAAGAATTCAAATCAAAAGATA	11	99	0
TTATTTTGTTTTTTTAATAAACATTTTAACAGTCACTGG	5	227	0
ATGGTTCTAAATTCTAACAATTATTTAAATC        	8	2	0
TTTTTATTTGACTTGAAAAAATAATTCAAAA        	11	2	0
TTAAGATAGTTTTAAAACAAGTAATTCTAACAAATTCTA	6	23	0
TAAAAAAATGATACTAATAACGATTACTAG         	3	1	0
GGTTTTGTAATCATCAAAAACAGTTTTAAAAAGCGCAAT	0	144	0
          TTACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTG	3	214	0
AGCTATATATTAATAATTAAACATTTTAAAAGTCTTATA	9	29	0
TGATGGTTTTTTATTAAAAATAAACCTTAACCCAACATA	8	106	1
TCAAATAGATTATTTAAGAAGATTTGAAAACATTCCCAT	0	89	1
      TTTGTATTTAAAAATTAACAATATCTCACTAAA	12	4	1
TAAAAGTCTTATAAAATTAAATAATCGAATTA       	9	3	0
TTAAAAAAACAAAATAAAAAGCGGTTTTATACAATGTAT	5	249	1
AACCCCTAATTGACTAATAGGAAGTTTTAGTTTCTTTTT	11	47	1
   AGCAAGAATTATAATTAACACTCTAAGGATGCAAGT	1	7	1
AATTTAAAAGAAAGTAAAAGTTATCTTAAATTTATCTGA	12	68	0
   CTTTATAATTGAAATAACTTACTGAAAACTACA   	7	7	1
CAAGTCAAATAAAAAAACTAAAACCCCTAATTGACTAAT	11	26	1
          * *  ** **  * *  **
MAP Score: 22.7814

Motif 3
TAGGAAGTTTTAGTTTCTTTTTAGTTTTTATTT	11	64	1
GTGAGTGTGATGGTTTTTTATTAAAAATAAACC	8	99	1
GGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA      	3	216	1
TAGTGAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA  	12	8	0
TTCAACCGTTTACTTTTTTATGAACAAGCACTA	0	33	1
  TAATTCGATTATTTAATTTTATAAGACTTTT	9	8	1
TCTTTTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATATT	12	96	1
ACTTTTAAAATGTTTAATTATTAATATATAGCT	9	35	1
TTCTTTTTAGTTTTTATTTATTATCTTTTGATT	11	78	1
CAGAGTAATTTTATTAATATTTATCTAACTTAC	10	15	0
CGCTAAACATTAATTAATATTTAGTGAGATATT	12	29	0
GTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAA	3	19	1
AACCGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAACAT	5	242	0
GGGGTTTTAGTTTTTTTATTTGACTTGAAAAAA	11	20	0
TTATTTATTATCTTTTGATTTGAATTCTTTTTG	11	91	1
AGATAACTTTTACTTTCTTTTAAATTAGTTTTT	12	81	1
ATTTAAATAATTGTTAGAATTTAGAACCATCAC	8	11	1
AATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGGATTA	3	80	1
ATTTAGAAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAAC	3	144	1
          *  *** ******
MAP Score: 19.8042

Motif 4
AACTTCAACCGTTTACTTTTTTATGAACAAGCAC	0	30	1
AGCGCAATTTGATTCTTATCTTTAATGGGAATGT	0	118	0
 GAAAAGTAGTATTAGAATTTTATTGATTT    	2	9	1
ATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATC	3	16	1
GTGCTGATGTTCTTGATTATTTTATAAAAAAATG	3	30	0
GAAAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAG	3	206	1
GCTCCCACATTTTTGGAAAATTTTAAA       	4	3	0
CACCAGTGACTGTTAAAATGTTTATTAAAAAAAC	5	225	1
CCGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAACATTTT	5	239	0
GTGAGTGTGATGGTTTTTTATTAAAAATAAACCT	8	99	1
    TAATTCGATTATTTAATTTTATAAGACTTT	9	6	1
TTTATAAGACTTTTAAAATGTTTAATTATTAATA	9	27	1
          TTTTGAATTATTTTTTCAAGTCAA	11	0	1
CAATTAGGGGTTTTAGTTTTTTTATTTGACTTGA	11	25	0
TAATAGGAAGTTTTAGTTTCTTTTTAGTTTTTAT	11	61	1
TTCTTTTTAGTTTTTATTTATTATCTTTTGATTT	11	78	1
ATTATCTTTTGATTTGAATTCTTTTTGGTGAAAT	11	97	1
AATTTACTAGGCTTTAATTTTTTAATTGCAGCAC	11	132	1
      TTTGTATTTAAAAATTAACAATATCTCA	12	4	1
TTAAGATAACTTTTACTTTCTTTTAAATTAGTTT	12	78	1
TTTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATATTTTTA	12	99	1
          * **  *** ****
MAP Score: 12.8741