AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MG/MG_sum_all004_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238777 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MG014 239 ABC transporter, ATP-binding protein #1 MG015 46 ABC transporter, ATP-binding protein #2 MG017 65 ATP-dependent RNA helicase, putative #3 MG018 188 ATP-dependent RNA helicase, putative #4 MG019 41 heat shock protein (dnaJ) #5 MG022 29 DNA-directed RNA polymerase, subunit delta (rpoE) #6 MG077 233 oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB) #7 MG081 55 ribosomal protein L11 (rpl11) #8 MG227 300 thymidylate synthase (thyA) #9 MG232 92 ribosomal protein L21 (rpL21) #10 MG267 33 conserved hypothetical protein #11 MG268 150 conserved hypothetical protein #12 MG269 300 conserved hypothetical protein #13 MG335.1 58 M. genitalium predicted coding region MG335.1 #14 MG345 43 isoleucyl-tRNA synthetase (ileS) #15 MG384.1 170 conserved hypothetical protein #16 MG386 286 protein P200 #17 MG388 142 conserved hypothetical protein #18 MG390 107 ABC transporter, ATP-binding protein #19 MG393 125 heat shock protein (groES) #20 MG395 300 putative lipoprotein Motif 1 AAAATTGTTATAATAATTAGTTAAATACCCTTAGG 0 155 0 GTTTTGATTATAAAAACTGTTAAAATTCGAGGGGT 0 204 0 TGTTTGTCTTTCAACACTATTAAATTTAT 2 4 0 GTGTTGAAAGACAAACATTATTAATTTTTGATCAG 2 22 1 CTATTTGAAATAATTCTTCATAAAACCTTTGTAGT 3 62 0 GGGAATGTTTTCAAATCTTCTTAAATAATCTATTT 3 91 0 GTAATCATCAAAAACAGTTTTAAAAAGCGCAATTT 3 142 0 TATTTTATAAAAAAATGATACTAATAACGATTACT 6 12 0 TTACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTG 6 214 0 TTTAAAATTTTCCAAAAATGTGGGAGC 7 2 1 AGTGACTGTTAAAATGTTTATTAAAAAAACAAAAT 8 229 1 TTACTTGTTTTAAAACTATCTTAATCCCTAATATA 9 38 1 ATAAACACTTTTTAATATGTTGGGTT 11 134 0 AGTTAGTTTTAAAAAAATTGCTAATGAAAAGTTAG 12 112 1 CTAACAAAACTAAAGATTGCTAAAACAAAACTAGT 12 195 0 GTGTCTAACATAAACACTAACAAAACTAAAGATTG 12 211 0 AGCATCAGGATCATTAAAGTCTAAATCATAATGGT 12 244 0 TAAACATTTTAAAAGTCTTATAAAATTAAATAATC 13 16 0 GTAAGTTAGATAAATATTAATAAAATTACTCTGAT 14 15 1 TTTGACTTGAAAAAATAATTCAAAA 15 0 0 AATTATTTTTTCAAGTCAAATAAAAAAACTAAAAC 15 15 1 AATAAAAACTAAAAAGAAACTAAAACTTCCTATTA 15 61 0 TGATTTCACCAAAAAGAATTCAAATCAAAAGATAA 15 98 0 ATTAAAAAATTAAAGCCTAGTAAATTGATTTCACC 15 123 0 TTGCAAAAGAAAAATAGTTATAAAATCAAAAATTA 16 94 0 GAAACACTATTAAATCTACATTAAATAAATTAATA 16 138 1 CTACATTAAATAAATTAATATAAATAGTAATTAAA 16 153 1 TGCTAAAAAATAAATAGATTTTAATTACTATTTAT 16 172 0 TCCTGCTTGGTAATTTTTACCAAAAAAGCGCTTAA 17 30 0 TCCAAATTATTAAAAGCAGTTTAAACCTATCGTTT 17 78 1 AATATCTCACTAAATATTAATTAATGTTTAGCGCT 19 29 1 TGTTTAGCGCTAATATCAGATAAATTTAAGATAAC 19 53 1 AAAACTAATTTAAAAGAAAGTAAAAGTTATCTTAA 19 78 0 AATAAAAATATTTTAATAATTAAAAAC 19 108 0 TAAACTAACTAAATTAAAACCAAAAAAATTAATCC 20 41 0 AATGCAACCATCAAAAAAGTTAAAAATGAAAATAG 20 94 0 TTCTTCTTTTTAATTGCATCTAAAACTAAGCAGAA 20 154 1 CTAAGCAGAATAAAAATAATTAAATTTATCAGTGA 20 179 1 TTTAATACAAAAATATTTCAAAACCTTTAATTA 20 277 0 **** * ***** MAP Score: 44.4191 Motif 2 TTTAGCTGATCAAAAATTAATAATGTTTGT 2 32 0 GATCAGCTAAATAAAACAAAGCAA 2 51 1 CTCAAAAAACTAATACATCAAAC 3 3 1 CTTGTTCATAAAAAAGTAAACGGTTGAAGT 3 31 0 TACTGGTTACCTGAAACAAAAGTAACCAGC 6 152 0 TTACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCT 6 215 0 ATGTTTATTAAAAAAACAAAATAAAAAGCG 8 242 1 GGTTTTTTATTAAAAATAAACCTTAACCCA 11 110 1 AGCAATTTTTTTAAAACTAACTACATCACT 12 104 0 CTAAAGATTGCTAAAACAAAACTAGTAAAG 12 191 0 ATAAACACTAACAAAACTAAAGATTGCTAA 12 207 0 TAATTCTCTAAAGAAGCTAATGATAGCATC 12 273 0 TAAAAGTCTTATAAAATTAAATAATCGAAT 13 12 0 AAGTCAAATAAAAAAACTAAAACCCCTAAT 15 27 1 AAAAACTAAAAAGAAACTAAAACTTCCTAT 15 63 0 AGATAATAAATAAAAACTAAAAAGAAACTA 15 74 0 TGCTGCAATTAAAAAATTAAAGCCTAGTAA 15 135 0 ATTTTTAAAAGCTAAAAATTATTTG 16 5 1 TCAAATTTTTTTGAAATTAAAGTGATTAAT 16 68 1 GTTATAAAATCAAAAATTAATCACTTTAAT 16 83 0 TATATATGCTAAAAAATAAATAGATTTTAA 16 183 0 TTTTATTAGTTAAAAATAAAGTTACTTA 18 8 0 TATTAATAAGACAAAACAAAGGCG 18 93 1 TTTGTATTTAAAAATTAACAATATCTCA 19 8 1 TTTTAATAATTAAAAACTAATTTAAAAGAA 19 95 0 ATTAAAACCAAAAAAATTAATCCCGTTAGA 20 34 0 GCAACCATCAAAAAAGTTAAAAATGAAAAT 20 96 0 GAAGCTAATGAAAAAACTAATGAAAGCAAA 20 127 0 AATTAAAAAGAAGAAGCTAATGAAAAAACT 20 139 0 TTAATTGCATCTAAAACTAAGCAGAATAAA 20 163 1 TCAATTATTTTTGAAGCTAAAGCCTAAGTT 20 224 1 CCTTTAATTAATGAAGTTAAGAAGCACTTG 20 257 0 ********** MAP Score: 40.9185 Motif 3 GTGAGTGTGATGGTTTTTTATTAAAAATAAACCTTA 11 99 1 TTTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATATTTTTATT 19 99 1 TAACTTTTGTTATCTTGATATTAAAAATTACAATTT 16 215 1 GAACAAATAATTTTTAGCTTTTAAAAAT 16 2 0 CGAACTTTGTTTCCAAATTATTAAAAGCAGTTTAAA 17 67 1 AAGATAACTTTTACTTTCTTTTAAATTAGTTTTTAA 19 80 1 TAGTGAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA 19 5 0 ACTTTTAAAATGTTTAATTATTAATATATAGCT 13 35 1 AGATGTAAGTTAGATAAATATTAATAAAATTACTCT 14 11 1 TTTTTCACTTTTCATTGCTATTAATAAGACAAAACA 18 75 1 ATGTTTGTCTTTCAACACTATTAAATTTAT 2 4 0 TATTTAATTTTATAAGACTTTTAAAATGTTTAATTA 13 19 1 AAAAAGAAGCTGAAACACTATTAAATCTACATTAAA 16 127 1 TATTAGGGATTAAGATAGTTTTAAAACAAGTAATTC 9 35 0 TAACAATATCTCACTAAATATTAATTAATGTTTAGC 19 25 1 AATTATTTGTTCTGTTGTTAATAAAATGTAAAGCTT 16 26 1 AGTGACTGTTAAAATGTTTATTAAAAAAACAAAATA 8 229 1 AGTAACTTTATTTTTAACTAATAAAACAGTTTGTAG 18 12 1 CGGGATTAATTTTTTTGGTTTTAATTTAGTTAGTTT 20 39 1 TGCTAAAAAATAAATAGATTTTAATTACTATTTATA 16 171 0 GTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAA 6 19 1 AAAATTAGCTGTTTTGATTATAAAAACTGTTAAAA 0 214 0 ATAAACCTTAACCCAACATATTAAAAAGTGTTTAT 11 125 1 AACTAATTATTATAACAATTTTAATTTAACCAAAAT 0 168 1 ACTTTTCATTAGCAATTTTTTTAAAACTAACTACAT 12 108 0 TGTAATCATCAAAAACAGTTTTAAAAAGCGCAATTT 3 142 0 AGAATTCAAATCAAAAGATAATAAATAAAAACTAAA 15 83 0 GATTTTAATTACTATTTATATTAATTTATTTAATGT 16 155 0 GTGTTGAAAGACAAACATTATTAATTTTTGATCAGC 2 22 1 GTTTCAAATGAAGTTGGATTATAAATCCTGCTTTAT 6 92 1 TTTGCAAAAGAAAAATAGTTATAAAATCAAAAATTA 16 94 0 GCATCCTTAGAGTGTTAATTATAATTCTTGCT 4 6 0 * * ******** MAP Score: 31.353 Motif 4 CCTAAGGGTATTTAACTAATTATTATAACAATTTTAAT 0 155 1 ACCCCTCGAATTTTAACAGTTTTTATAATCAAAACAGC 0 204 1 TTGAAAGATTTTAAAGAGATTAATTACTTCA 1 25 1 ACGGTTGAAGTTTGATGTATTAGTTTTTTGAG 3 4 0 TACATCAAACTTCAACCGTTTACTTTTTTATGAACAAG 3 23 1 AAAAGCGCAATTTGATTCTTATCTTTAATGGGAATGTT 3 117 0 ACTTGCATCCTTAGAGTGTTAATTATAATTCTTGCT 4 8 0 GTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCA 6 13 1 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GTAGTTCTATTTTCATTTTTAACTTTTTTGATGGTTGC 20 88 1 ATGGTTGCATTTGCTTTCATTAGTTTTTTCATTAGCTT 20 118 1 TTTCATTAGCTTCTTCTTTTTAATTGCATCTAAAACTA 20 144 1 TTAATTATTTTTATTCTGCTTAGTTTTAGATGCAATTA 20 164 0 GAGTTCATCTTTTCACTGATAAATTTAATTATTTTTAT 20 188 0 CAAGTGCTTCTTAACTTCATTAATTAAAGGTTTTGAAA 20 257 1 ** * * *** ** * MAP Score: 15.8023 Motif 5 ATCCTAAGGGTATTTAACTAATTATTATAACAATTT 0 153 1 GAAAGATTTTAAAGAGATTAATTACTTCA 1 27 1 TTGTTTTATTTAGCTGATCAAAAATTAATAATGTTT 2 34 0 TTTGTAGTGCTTGTTCATAAAAAAGTAAACGGTTGA 3 34 0 TGTTCTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAATA 6 21 0 TGGTACTGGTTACCTGAAACAAAAGTAACCAGCTTC 6 149 0 GGGATTAAGATAGTTTTAAAACAAGTAATTCTAACA 9 30 0 TTAAGGTTTATTTTTAATAAAAAACCATCACACTCA 11 100 0 AGTGATGTAGTTAGTTTTAAAAAAATTGCTAATGAA 12 104 1 ATTGCCATGGTTTTTAACAAACAAATCTAACTTTTC 12 137 0 AAACTAAAGATTGCTAAAACAAAACTAGTAAAGAGG 12 188 0 TTAAAAGTCTTATAAAATTAAATAATCGAATTA 13 7 0 TAAGACTTTTAAAATGTTTAATTATTAATATATAGC 13 31 1 CAGATGTAAGTTAGATAAATATTAATAAAATTA 14 7 1 AGTAAATTGATTTCACCAAAAAGAATTCAAATCAAA 15 104 0 ATTTTTAAAAGCTAAAAATTATTTGTTCTG 16 4 1 TTAATCACTTTAATTTCAAAAAAATTTGACAGCTAA 16 61 0 AGAAAAATAGTTATAAAATCAAAAATTAATCACTTT 16 86 0 ACATTAAATAAATTAATATAAATAGTAATTAAAATC 16 155 1 TTAGCTATATATGCTAAAAAATAAATAGATTTTAAT 16 182 0 TTTTAAGCGCTTTTTTGGTAAAAATTACCAAGCAGG 17 28 1 GAGTCGAACTTTGTTTCCAAATTATTAAAAGCAGTT 17 63 1 TAAGTAACTTTATTTTTAACTAATAAAACAGTTT 18 8 1 TTTGTATTTAAAAATTAACAATATCT 19 0 1 AAATTAACAATATCTCACTAAATATTAATTAATGTT 19 21 1 AAATATTTTAATAATTAAAAACTAATTTAAAAGAAA 19 94 0 ACTAACTAAATTAAAACCAAAAAAATTAATCCCGTT 20 37 0 TTAGTTAGTTTACCTGAGTCAATAGTAGTTCTATTT 20 64 1 ACTTAGGCTTTAGCTTCAAAAATAATTGAGTTCATC 20 217 0 TTTAATACAAAAATATTTCAAAACCTT 20 283 0 ** * ****** * MAP Score: 0.784394