AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MG/MG_sum_all005_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238810 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MG014 239 ABC transporter, ATP-binding protein #1 MG015 46 ABC transporter, ATP-binding protein #2 MG077 233 oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB) #3 MG142 258 translation initiation factor 2 (infB) #4 MG144 24 conserved hypothetical protein #5 MG148 38 conserved hypothetical protein #6 MG149 75 lipoprotein, putative #7 MG149.1 90 conserved hypothetical protein #8 MG150 89 ribosomal protein S10 (rpS10) #9 MG304 176 ABC transporter, ATP binding protein #10 MG390 107 ABC transporter, ATP-binding protein #11 MG412 120 lipoprotein, putative #12 MG468.1 62 ABC transporter, ATP-binding protein #13 MG469 300 chromosomal replication initiator protein (dnaA) Motif 1 AGGAACAAAATTTTCAATATCATAATAATGGTTTCTTA 13 36 1 GTGTTTTTGGTTTAAAGCTAGATAAAAAACACCTCAAA 3 145 1 AATTAATCTCTTTAAAATCTTTCAAGAACTTGGTTTTA 1 12 0 ATTTGCTTATTTTGAATTTTTCTAAATAAGCTAACAAA 6 17 0 TCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATAAGCTTAGTTT 9 99 1 ATTTTTCACTTTTCATTGCTATTAATAAGACAAAACAA 10 74 1 AATATCCCAATTTCGAGAATTTTAACTATCATTCTTGA 13 254 1 TCTAAACTTTTTGCAACTAATTAATTAGTTAACTAAT 5 9 1 TAAAAATCTGTTTTTTGGTAGATAAAAAACAAAAAAGC 9 59 0 ATAAGCTTAGTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTT 9 124 1 TAAGTAACTTTATTTTTAACTAATAAAACAGTTTGT 10 8 1 ATAACAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAACATTTTGT 3 18 1 TGCAGTAAGCTTTGCATCATTACAACTAACCTTAAGGT 3 199 0 TTTGGTTAAATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAAAT 0 164 0 ACCCCTCGAATTTTAACAGTTTTTATAATCAAAACAGC 0 204 1 TTACACTGTTTTTTTATTTAATTGAGAAAATATTGGG 7 63 1 ACCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCTGAAAAAA 2 175 1 ATTAGTTAATTCTAAATTAAGTTAATAACTATCTTTTT 7 13 0 ATATTGAAAATTTTGTTCCTCTTGAAAATATCTCTCTT 13 18 0 AAATGACAAATTTGTAAGCTGTTACAAACACTACAAAC 10 40 0 TATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAACATCAGCACA 2 27 1 AACTAAAGCGTTATGATTGTAGCAAATAT 8 1 0 AGCTTCTAAATCTAAAGCATGATTACAATAAAGCAGGA 2 117 0 CAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA 2 214 1 AAAATCTAGTTCACTAGTTAGTTAATAAATTGACTACG 8 60 0 TTCATTTAAATTAATTGGCTTGTGAAAAAACTAGACTA 11 33 1 *** * * *** ** MAP Score: 23.7819 Motif 2 GTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTTA 9 133 1 TTGGTGTATCAACTAAAAACTAAAGCGTTA 8 26 0 TTCACTAGTTAGTTAATAAATTGACTACGG 8 59 0 GTTTAAAGCTAGATAAAAAACACCTCAAAG 3 154 1 GTTTTTTGGTAGATAAAAAACAAAAAAGCA 9 58 0 TTCTAAATTAAGTTAATAACTATCTTTTTT 7 12 0 CTTTATTTTTAACTAATAAAACAGTTTGTA 10 17 1 TGCAACTAATAACAAGACTTTGT 3 3 1 ATTTGCAATTAATAAAAATGCATTTC 11 6 1 TACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTT 2 212 0 TTTCTCAATTAAATAAAAAAACAGTGTAAG 7 62 0 AACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCACA 9 23 1 TTTCTAAATAAGCTAACAAATTAAACC 6 7 0 AAAAACACTCAAATAATAACCCCTGCCCTT 3 123 0 AAACTAGACTAAATAATAACCTGAGTGTCA 11 60 1 TATAATAATTAGTTAAATACCCTTAGGATT 0 152 0 AACTTTTTGCAACTAATTAATTAGTTAACT 5 14 1 TATTAGTTAACTAATTAATTAGTT 5 24 0 GGTTTCTTACAGCAAAAAAATCAAAATTTT 13 65 1 CTTAATTTAGAATTAACTAATGACAGTGTA 7 30 1 AATAAGTCAGAGCTAAAAATCTGTTTTTTG 9 80 0 TCATTAAGTCATCTAAAAAAATACCCTGAG 12 36 0 ********** MAP Score: 23.5023 Motif 3 TGTTATAATAATTAGTTAAATACCCTTAGGATTATGCT 0 147 0 AACAGTTTTTATAATCAAAACAGCTAATTTT 0 218 1 AACCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCTGAAAAA 2 174 1 CTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTTTTTTTCAGGT 2 202 0 TAATTTTACAAGACGTAAAAGTTCTCTTTTAACAAAAT 3 49 0 ATCTAGCTTTAAACCAAAAACACTCAAATAATAACCCC 3 130 0 GTTTAAAGCTAGATAAAAAACACCTCAAAGCTGTAGTT 3 154 1 TCAAAGCTGTAGTTGAAAAACACCTTAAGGTTAGTTGT 3 178 1 TTGTTAGCTTATTTAGAAAAATTCAAAATAAGCAAATT 6 18 1 TTCTCAATTAAATAAAAAAACAGTGTAAGTGTACACTG 7 53 0 AACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCACAACAGCTGC 9 23 1 TTGGTAGATAAAAAACAAAAAAGCAGCTGTTGTGCTGC 9 45 0 AAAATAAGTCAGAGCTAAAAATCTGTTTTTTGGTAGAT 9 74 0 TCAGTTTTAAATACCCAAAACACCAAAACAAT 9 154 1 TTTATTTTTAACTAATAAAACAGTTTGTAGTGTTTGTA 10 18 1 ATTTGCAATTAATAAAAATGCATTTCATTTAAATT 11 7 1 CAAAATTAAAATTTTCTAATAGTGTTCTC 12 1 1 CATTAAGTCATCTAAAAAAATACCCTGAGAACACTATT 12 27 0 ATGGTTTCTTACAGCAAAAAAATCAAAATTTTCAACAA 13 63 1 TCCCCAACCTAAAACAAAAATACCAGGAATAGTTCCTG 13 127 1 GTCAAGAATGATAGTTAAAATTCTCGAAATTGGGATAT 13 255 0 * * **** *** * MAP Score: 21.1883 Motif 4 ATTATAACAATTTTAATTTAACCAAAATACCCCTC 0 176 1 TTTAACAGTTTTTATAATCAAAACAGCTAATTTT 0 215 1 TCTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAATAAC 2 19 0 TAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGGATTA 2 78 1 ACCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCTGAAA 2 175 1 CAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA 2 214 1 AACAAAATGTTTTCTTGTTAATAAACAAAGTCTTG 3 22 0 CAAGAAAACATTTTGTTAAAAGAGAACTTTTACGT 3 40 1 CCCTTGAGATTTTGATTAAGATCAATTTCAAGTTG 3 93 0 TTTGAGTGTTTTTGGTTTAAAGCTAGATAAAAAAC 3 140 1 TCTAAACTTTTTGCAACTAATTAATTAGTTAACT 5 9 1 ATTTTGAATTTTTCTAAATAAGCTAACAAATTAAA 6 12 0 ATTTTTAGTAAAGAAAGACACCTAAT 6 59 0 ATTAACTTAATTTAGAATTAACTAATGACAGTGTA 7 25 1 TTACACTGTTTTTTTATTTAATTGAGAAAATATTG 7 63 1 AACGCTTTAGTTTTTAGTTGATACACCAAAATCCG 8 27 1 CCGTAGTCAATTTATTAACTAACTAGTGAACTAGA 8 59 1 CAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAAAACA 9 54 1 ATTTATAAATTTTAAAAATAAGTCAGAGCTAAAAA 9 91 0 TAAGTAACTTTATTTTTAACTAATAAAACAGTT 10 8 1 ATTTGCAATTAATAAAAATGCATTTC 11 1 1 TAAAAATGCATTTCATTTAAATTAATTGGCTTGTG 11 22 1 TTTAGTCTAGTTTTTTCACAAGCCAATTAATTTAA 11 38 0 TCGAATTCTCTTTAGAAAAGATTTAATCTGTTTAA 11 92 1 TCAGGGTATTTTTTTAGATGACTTAATGATTGTTT 12 37 1 *** * **** * * MAP Score: 18.489 Motif 5 CGAATTTTAACAGTTTTTATAATCAAAACA 0 210 1 AAAATTAGCTGTTTTGATTATAAAAACT 0 221 0 ATTATAAATCCTGCTTTATTGTAATCATGC 2 109 1 TTCAGGTTCTCAGTTTTTTGGAAATGGTAC 2 179 0 AAAAAAGAACCTGTTTTTTTCAGGTTCTCA 2 197 0 AAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAG 2 210 1 AATAACAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAA 3 17 1 TACACTTACACTGTTTTTTTATTTAATTGA 7 58 1 TTGTGCTGCTCTTTTTTATTTGGAATATGT 9 24 0 AGCACAACAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATC 9 47 1 AGCTAAAAATCTGTTTTTTGGTAGATAAAA 9 70 0 TAAGTAACTTTATTTTTAACTAATAAA 10 7 1 ACACTACAAACTGTTTTATTAGTTAAAAAT 10 21 0 CGCCTTTGTTTTGTCTTATTAAT 10 94 0 AAATGAAATGCATTTTTATTAATTGCAAAT 11 10 0 GAAAATATCTCTCTTTTTTTGGT 13 3 0 ********** MAP Score: 17.421 Motif 6 GTTTTATTAGTTAAAAATAAAGTTACTTA 10 0 0 ATGCTTTAGATTTAGAAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGT 2 135 1 GTCTAGTTTTTTCACAAGCCAATTAATTTAAATGAAATG 11 30 0 TAAATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAAATACCCTTA 0 157 0 TTTTTAAAATTTATAAATAAGCTTAGTTTGCTACAAGTT 9 108 1 CTAAATTAAGTTAATAACTATCTTTTTTAG 7 1 0 TCTAATAGTGTTCTCAGGGTATTTTTTTAGATGACTTAA 12 24 1 CTAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAAT 2 10 1 GACAACCAACTTGAAATTGATCTTAATCAAAATCTCAAG 3 87 1 TCGAATTCTCTTTAGAAAAGATTTAATCTGTTTAAAAA 11 92 1 AGAATTCGAATTGACACTCAGGTTATTATTTAGTCTAGT 11 62 0 AAGACACCTAATTATAATTTGCTTATTTTGAATTTTTCT 6 32 0 CATTTTTCACTTTTCATTGCTATTAATAAGACAAAACAA 10 73 1 AAAGCAGGATTTATAATCCAACTTCATTTGAAACCAAAC 2 87 0 TTCTTGAAAGATTTTAAAGAGATTAATTACTTCA 1 22 1 ACAGTGTAAGTGTACACTGTCATTAGTTAATTCTAAATT 7 33 0 AAAACAGATTTTTAGCTCTGACTTATTTTTAAAATTTAT 9 83 1 TTTTGGGTATTTAAAACTGAGGTTTTTAACTTGTAGCAA 9 135 0 TCTAAACTTTTTGCAACTAATTAATTAGTTAACTAAT 5 8 1 CACATGATCTTTATCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAA 2 61 1 ATTAATTTAAATGAAATGCATTTTTATTAATTGCAAAT 11 9 0 GAATTGTTGTTGAAAATTTTGATTTTTTTGCTGTAAGAA 13 68 0 ACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA 2 213 1 TATTATGATATTGAAAATTTTGTTCCTCTTGAAAATATC 13 24 0 ** * * *** *** MAP Score: 15.145 Motif 7 GGTATTTTGGTTAAATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAAATAC 0 162 0 ATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAACATCAGCACATG 2 22 1 ATAACAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAACATTTTGTTAAAAGA 3 18 1 CAATTTCAAGTTGGTTGTCTAATTTTACAAGACGTAAAAGTTCTC 3 61 0 TTTGAGTGTTTTTGGTTTAAAGCTAGATAAAAAACACCTCAAAGC 3 140 1 GGTTTAATTTGTTAGCTTATTTAGAAAAATTCAAAATA 6 3 1 CTGTCATTAGTTAATTCTAAATTAAGTTAATAACTATCTTTTTTA 7 11 0 CCCAATATTTTCTCAATTAAATAAAAAAACAGTGTAAGT 7 61 0 CAAAATCTAGTTCACTAGTTAGTTAATAAATTGACTACGGA 8 58 0 GCTGCTCTTTTTTATTTGGAATATGTTCTATATGAACAGG 9 5 0 CAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAAAACAGATTTTTAGC 9 54 1 TAGCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATAAGCTTAGTTTGCT 9 95 1 ATAAATAAGCTTAGTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTTAAA 9 120 1 GTTAAAAACCTCAGTTTTAAATACCCAAAACACCAAAACAAT 9 144 1 TAAGTAACTTTATTTTTAACTAATAAAACAGTTTGTAGTGTTT 10 8 1 TTTAGTCTAGTTTTTTCACAAGCCAATTAATTTAAATGAAATGCA 11 28 0 TATCATAATAATGGTTTCTTACAGCAAAAAAATCAAAATTTTCAA 13 53 1 CCAGGAATAGTTCCTGTTGAACGCCAAGAAAAACTAGATACAGGT 13 149 1 ** *** * ** * * MAP Score: 9.98632 Motif 8 ATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGA 2 22 1 TAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGGA 2 78 1 AGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAACCAGTAC 2 151 1 AAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGT 2 209 1 TTTTTTTATTTCTATTTAGTAA 2 221 1 ATAAACAAAGTCTTGTTATTAGTTGCA 3 5 0 ATAACAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAACA 3 18 1 CAAGAAAACATTTTGTTAAAAGAGAACTTTTA 3 40 1 TTTGAGTGTTTTTGGTTTAAAGCTAGATAAAA 3 140 1 AATTTGTTAGCTTATTTAGAAAAATTCAAAAT 6 15 1 TTATAATTTGCTTATTTTGAATTTTTCTAAAT 6 28 0 ATTAGGTGTCTTTCTTTACTAAAAAT 6 59 1 ACTTACACTGTTTTTTTATTTAATTGAGAAAA 7 61 1 ATCATAACGCTTTAGTTTTTAGTTGATACACC 8 22 1 TTGTGCTGCTCTTTTTTATTTGGAATATGTTC 9 22 0 ACAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAA 9 53 1 GAGCTAAAAATCTGTTTTTTGGTAGATAAAAA 9 69 0 TTAGCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAAT 9 94 1 TAAGTAACTTTATTTTTAACTAATAAAAC 10 7 1 CTTTGTTTTGTCTTATTAATAGCAATGAAAAG 10 82 0 CAATTCGAATTCTCTTTAGAAAAGATTTAATC 11 88 1 AAAGATTTAATCTGTTTAAAAA 11 108 1 TCTCAGGGTATTTTTTTAGATGACTTAATGAT 12 35 1 TGAAAATATCTCTCTTTTTTTGGT 13 2 0 *** **** *** MAP Score: 6.89983 Motif 9 AAAATACCCCTCGAATTTTAACAGTTTTTA 0 199 1 GTAATCATGCTTTAGATTTAGAAGCTGGTT 2 129 1 TTTCAGGTTCTCAGTTTTTTGGAAATGGTA 2 180 0 AAGTTGGTTGTCTAATTTTACAAGACGTAA 3 69 0 GTGTTTTTTATCTAGCTTTAAACCAAAAAC 3 147 0 TAGGATTAATTTTACTTCAAGCTG 4 10 0 GGTTTAATTTGTTAGCTTATTT 6 2 1 TTTGCTTATTTTGAATTTTTCTAAATAAGC 6 24 0 GTACACTTACACTGTTTTTTTATTTAATTG 7 57 1 ATCATAACGCTTTAGTTTTTAGTTGATACA 8 22 1 CAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAA 9 54 1 GAGCTAAAAATCTGTTTTTTGGTAGATAAA 9 71 0 AACTGAGGTTTTTAACTTGTAGCAAACTAA 9 130 0 TAAGTAACTTTATTTTTAACTAATAAAA 10 8 1 CGCCTTTGTTTTGTCTTATTAATA 10 93 0 TATTATTTAGTCTAGTTTTTTCACAAGCCA 11 48 0 TACACCTGTATCTAGTTTTTCTTGGCGTTC 13 167 0 TGGAGTAATTTCTAACTTTTTGTCATACTC 13 216 0 ********** MAP Score: 2.18037 Motif 10 TCGAGGGGTATTTTGGTTAAATTAAAATTGTTATA 0 178 0 AAATTAGCTGTTTTGATTATAAAAACTGTTAAAAT 0 213 0 TCTTGAAAGATTTTAAAGAGATTAATTACTTCA 1 23 1 TGTTCTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAAT 2 22 0 TTACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTT 2 212 0 AAATGTTTTCTTGTTAATAAACAAAGTCTTGTTAT 3 18 0 CTTTTACGTCTTGTAAAATTAGACAACCAACTTGA 3 66 1 CAGCTTGAAGTAAAATTAATCCTA 4 4 1 TCTAAACTTTTTGCAACTAATTAATTAGTTAACT 5 9 1 TTTAATTTGTTAGCTTATTTAGAAAAATTCAAAAT 6 12 1 ATTAACTTAATTTAGAATTAACTAATGACAGTGTA 7 25 1 ATATTTTCTCAATTAAATAAAAAAACAGTGTAAGT 7 61 0 CCAAAATCCGTAGTCAATTTATTAACTAACTAGTG 8 52 1 TATAGAACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCACA 9 18 1 TGTTTTTTGGTAGATAAAAAACAAAAAAGCAGCTG 9 54 0 TAAGCTTATTTATAAATTTTAAAAATAAGTCAGAG 9 98 0 TAAGTAACTTTATTTTTAACTAATAAAACAGTT 10 8 1 ATTAATAGCAATGAAAAGTGAAAAATGACAAATTT 10 65 0 TTTTCATTGCTATTAATAAGACAAAACAAAGGCG 10 83 1 ATTTGCAATTAATAAAAATGCATTT 11 0 1 TAAAAATGCATTTCATTTAAATTAATTGGCTTGTG 11 22 1 GTGAAAAAACTAGACTAAATAATAACCTGAGTGTC 11 54 1 TTTTTAAACAGATTAAATCTTTTCTA 11 104 0 AACAATCATTAAGTCATCTAAAAAAATACCCTGAG 12 36 0 ATTTTGATTTTTTTGCTGTAAGAAACCATTATTAT 13 57 0 *** * *** *** MAP Score: 0.629903