AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MG/MG_sum_all005_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238840 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MG014 239 ABC transporter, ATP-binding protein #1 MG015 46 ABC transporter, ATP-binding protein #2 MG077 233 oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB) #3 MG140 300 conserved hypothetical protein #4 MG142 258 translation initiation factor 2 (infB) #5 MG144 24 conserved hypothetical protein #6 MG148 38 conserved hypothetical protein #7 MG149 75 lipoprotein, putative #8 MG149.1 90 conserved hypothetical protein #9 MG150 89 ribosomal protein S10 (rpS10) #10 MG304 176 ABC transporter, ATP binding protein #11 MG305 87 heat shock protein 70 (dnaK) #12 MG309 53 lipoprotein, putative #13 MG390 107 ABC transporter, ATP-binding protein #14 MG393 125 heat shock protein (groES) #15 MG395 300 putative lipoprotein #16 MG412 120 lipoprotein, putative #17 MG414 64 conserved hypothetical protein #18 MG415 300 conserved hypothetical protein #19 MG468.1 62 ABC transporter, ATP-binding protein #20 MG469 300 chromosomal replication initiator protein (dnaA) Motif 1 AGCAGAATAAAAATAATTAAATTTATCAGTG 15 182 1 AAAAATATTTTAATAATTAAAAACTAATTTA 14 101 0 GTGGTAATAATAAAAATATAAATTT 12 4 1 TTTCTCAATTAAATAAAAAAACAGTGTAAGT 8 61 0 TACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTTT 2 211 0 GTTTTCTTGTTAATAAACAAAGTCTTGTTAT 4 18 0 TTAACAGTTTTTATAATCAAAACAGCTAATT 0 216 1 AAACTTCCCTTTATAATCAAATATCGCC 3 282 1 CTTTATTTTTAACTAATAAAACAGTTTGTAG 13 17 1 CTAATGAAAAAACTAATGAAAGCAAATGCAA 15 122 0 GATCCTGAGAAATTAATTAAAAAATCTTTAA 18 169 1 ATTTGCAATTAATAAAAATGCATTTCA 16 6 1 TACTCAGTAATTATAAACAAAAATTAGCACT 11 41 0 CTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAAT 2 22 0 GACTCAGGTAAACTAACTAAATTAAAACCAA 15 53 0 ATAAATGTGTATTTAATGAAATATTGACAAT 17 28 0 TCATTAAGTCATCTAAAAAAATACCCTGAGA 19 35 0 ATTGTTATTGATCTAAAAAAAAAGT 11 72 1 AACAGTAATGATTTAACTAAATGGGGTTCTA 18 250 1 AACAATTTTAATTTAACCAAAATACCCCTCG 0 181 1 AAAAGTTCTCTTTTAACAAAATGTTTTCTTG 4 40 0 TCTTACAGCAAAAAAATCAAAATTTTCAACA 20 69 1 TCAAAAAAGTTAAAAATGAAAATAGAACTAC 15 88 0 TGCAACTAATAACAAGACTTTGTTTAT 4 6 1 TTTGGTAGATAAAAAACAAAAAAGCAGCTGT 10 53 0 TTTTCATTGCTATTAATAAGACAAAACAAAG 13 83 1 GTGTATCAACTAAAAACTAAAGCGTTATGAT 9 22 0 TAAATAAGCTAACAAATTAAACC 7 2 0 TTTTAGATGCAATTAAAAAGAAGAAGCTAAT 15 148 0 ATACACATTTATTTAATGAGATAAATT 17 47 1 AACTGTTTCTATAAAAATAAATCAGGTTTTT 3 171 0 ACTAACTAAATTAAAACCAAAAAAATTAATC 15 42 0 ATTAAATCTTTTCTAAAGAGAATTCGAATTG 16 88 0 TTTTTAAACAGATTAAATCTTT 16 108 0 TCTTGAAAGATTTTAAAGAGATTAATTACTT 1 23 1 AGCCAATTAATTTAAATGAAATGCATTTTTA 16 22 0 TAAAAACTAATTTAAAAGAAAGTAAAAGTTA 14 84 0 TTTATCTAGCTTTAAACCAAAAACACTCAAA 4 140 0 ACCAAAAAAAGAGAGATATTTTCA 20 3 1 TTGGCTTGTGAAAAAACTAGACTAAATAATA 16 47 1 ATTGTTACAAATCAGAAAAATTTCAG 18 5 1 ACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCACAAC 10 24 1 ******* *** MAP Score: 32.4034 Motif 2 TTTTAGATGCAATTAAAAAGAAGAAGCTAATGA 15 146 0 ATTGTTATTGATCTAAAAAAAAAGT 11 72 1 TTGGTGTATCAACTAAAAACTAAAGCGTTATGA 9 23 0 CTGTTTTATTAGTTAAAAATAAAGTTACTTA 13 8 0 ATATTTTAATAATTAAAAACTAATTTAAAAGAA 14 95 0 TTTGTATTTAAAAATTAACAATATCTCA 14 5 1 CCATCAAAAAAGTTAAAAATGAAAATAGAACTA 15 89 0 GTAGATAAAAAACAAAAAAGCAGCTGTTGTGCT 10 47 0 ACCAAAAAAAGAGAGATATTTTC 20 0 1 TTTTAATTGCATCTAAAACTAAGCAGAATAAAA 15 161 1 AATAAGTCAGAGCTAAAAATCTGTTTTTTGGTA 10 77 0 TTCTCAATTAAATAAAAAAACAGTGTAAGTGTA 8 58 0 TGTTTTGGGTATTTAAAACTGAGGTTTTTAACT 10 143 0 TTCCTCCCCAACCTAAAACAAAAATACCAGGAA 20 123 1 GCCATTGAATAGTTAAAAACCTGATTTATTTTT 3 157 1 TCATTAAGTCATCTAAAAAAATACCCTGAGAAC 19 33 0 ACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTTTTTT 2 208 0 AAACTAACTAAATTAAAACCAAAAAAATTAATC 15 42 0 AACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCACAACA 10 23 1 TATTTTTAAAATTTATAAATAAGCTTAGTTTGC 10 106 1 TGCAACTAATAACAAGACTTTGTTTA 4 3 1 ATTACTCAGTAATTATAAACAAAAATTAGCACT 11 41 0 TTCACTAGTTAGTTAATAAATTGACTACGGATT 9 56 0 TATTTAGAAAAATTCAAAATAAGCAAATTATAA 7 27 1 * ******* ** MAP Score: 29.4731 Motif 3 ATGCTTTAGATTTAGAAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAAC 2 135 1 TCAGATAAATTTAAGATAACTTTTACTTTCTTTTAAATTAGT 14 68 1 ATTGAATAGTTAAAAACCTGATTTATTTTTATAGAAACAGTT 3 160 1 GAATTGTTGTTGAAAATTTTGATTTTTTTGCTGTAAGAAACC 20 65 0 ACAGTGTAAGTGTACACTGTCATTAGTTAATTCTAAATTAAG 8 30 0 TTTTTAAAATTTATAAATAAGCTTAGTTTGCTACAAGTTAAA 10 108 1 ATCTTTTCACTGATAAATTTAATTATTTTTATTCTGCTTAGT 15 178 0 TGCAACTAATAACAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAA 4 6 1 AAGCAAATTATAATTAGGTGTCTTTCTTTACTAAAAAT 7 47 1 TAAATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAAATACCCTTAGGA 0 154 0 TCTAATAGTGTTCTCAGGGTATTTTTTTAGATGACTTAATGA 19 24 1 TCAATATTTCATTAAATACACATTTATTTAATGAGATAAATT 17 32 1 GTTCCTCTTGAAAATATCTCTCTTTTTTTGGT 20 0 0 ACTGGGCTTAATTAAAGATTTTTTAATTAATTTCTCAGGATC 18 169 0 GAACCTGAAAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTA 2 200 1 TGTTACAAACACTACAAACTGTTTTATTAGTTAAAAATAAAG 13 17 0 ATTAATTTAAATGAAATGCATTTTTATTAATTGCAAAT 16 6 0 CCATTTAGTTAAATCATTACTGTTAATTATTTGTGCTGAAAC 18 232 0 TTCTTGAAAGATTTTAAAGAGATTAATTACTTCA 1 22 1 TCGAATTCTCTTTAGAAAAGATTTAATCTGTTTAAAAA 16 92 1 TTTACCTGAGTCAATAGTAGTTCTATTTTCATTTTTAACTTT 15 72 1 TTCAATGTCATTAACACTGAAATTTTTCTGATTTGTAACAAT 18 10 0 GACACTCAGGTTATTATTTAGTCTAGTTTTTTCACAAGCCAA 16 47 0 AGGGGGTGTTAGTCAAACCTTTTCCTTTGTTGTTCCTTATT 3 9 1 TTCAATAATTTTAAAATTTATATTTTTATTATTACCAC 12 6 0 CTAAAAAAGATAGTTATTAACTTAATTTAGAAT 8 1 1 CTAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAA 2 1 1 TTTTGGGTATTTAAAACTGAGGTTTTTAACTTGTAGCAAACT 10 132 0 * * * *** *** * MAP Score: 23.042 Motif 4 ATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAAATACCCTTAGG 0 155 0 CCCCTCGAATTTTAACAGTTTTTATAATCAAAACAGCT 0 205 1 TGAAGTAATTAATCTCTTTAAAATCTTTCAAGAACT 1 20 0 GTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCA 2 13 1 GTTCCACTAGTTCCCGTATTTGTATGATTCATTGAATA 3 47 0 CTTTAGATTGCTTAACTCTTTAAAACTTCCCTTTATAA 3 260 1 AACTACAGCTTTGAGGTGTTTTTTATCTAGCTTTAAAC 4 154 0 ACAACTAACCTTAAGGTGTTTTTCAACTACAGCTTTGA 4 178 0 GGTTTAATTTGTTAGCTTATTTAGAAAAAT 7 2 1 CTAATTATAATTTGCTTATTTTGAATTTTTCTAAATAA 7 26 0 AAGATAGTTATTAACTTAATTTAGAATTAACTAATGAC 8 16 1 CAGTGTACACTTACACTGTTTTTTTATTTAATTGAGAA 8 53 1 AATCATAACGCTTTAGTTTTTAGTTGATACACCAAAAT 9 21 1 AGCTGTTGTGCTGCTCTTTTTTATTTGGAATATGTTCT 10 21 0 ACAACAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAAAAC 10 50 1 ATTTTTAGCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATAA 10 90 1 GTATTTAAAACTGAGGTTTTTAACTTGTAGCAAACTAA 10 130 0 ATTGTTTTGGTGTTTTGGGTATTTAAAACTGA 10 154 0 TAATTAGCACTTTTAGTGTTTGAGTGCTAATTTTTGTT 11 19 1 AATTTTAAAATTTATATTTTTATTATTACCAC 12 4 0 AATATAAATTTTAAAATTATTGAAATTTTTGACTGTGC 12 24 1 TTACTTTCTTTTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATAT 14 90 1 ACGGGATTAATTTTTTTGGTTTTAATTTAGTTAGTTTA 15 38 1 TATTTTCATTTTTAACTTTTTTGATGGTTGCATTTGCT 15 95 1 ATGGTTGCATTTGCTTTCATTAGTTTTTTCATTAGCTT 15 118 1 TTTCATTAGCTTCTTCTTTTTAATTGCATCTAAAACTA 15 144 1 CACTGATAAATTTAATTATTTTTATTCTGCTTAGTTTT 15 175 0 ATTAAAGGTTTTGAAATATTTTTGTATTAAA 15 279 1 CGAATTGACACTCAGGTTATTATTTAGTCTAGTTTTTT 16 57 0 TAATGAAATATTGACAATTTTTATTGCTAGTTCTTG 17 8 0 AATTTATCTCATTAAATAAATGTGTATTTA 17 44 0 AACACTGAAATTTTTCTGATTTGTAACAAT 18 2 0 AATATTTAAATTGTTTTCTTTTTGAGAAGTAAAACTAT 18 104 0 CTCAGGATCTTTTATGTATTTTATTGTAGCGGATGAAA 18 140 0 CTGGGCTTAATTAAAGATTTTTTAATTAATTTCTCAGG 18 172 0 GAGAACACTATTAGAAAATTTTAATTTTG 19 1 0 TGTTGAAAATTTTGATTTTTTTGCTGTAAGAAACCATT 20 62 0 TTTGGAGTAATTTCTAACTTTTTGTCATACTCTTTGAC 20 210 0 ** * ***** * * MAP Score: 5.3017