AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all007_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238858
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG077	233	oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB)
#1	MG081	55	ribosomal protein L11 (rpl11)
#2	MG087	28	ribosomal protein S12 (rpS12)
#3	MG090	51	ribosomal protein S6 (rpS6)
#4	MG094	49	replicative DNA helicase (dnaB)
#5	MG096	182	conserved hypothetical protein
#6	MG097	56	uracil DNA glycosylase (ung)
#7	MG104	257	virulence-associated protein homolog (vacB)

Motif 1
 CTAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAA	0	9	1
GCACATGATCTTTATCACTAAATTTATGTTTGGTTT	0	60	1
GATTTAGAAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAACCA	0	143	1
TTTGTTTCAGGTAACCAGTACCATTTCCAAAAAACT	0	162	1
AACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA     	0	212	1
AAATATAACTTTACTCAATGAGTTTTTCCAAAAAGT	3	21	1
     CAATTTTAGCCATTCAGTTTTGAAAAGAAAA	5	5	1
AATGGTAAAATTATTCATTAAACTTTCCTTGTTAGT	5	50	1
GTTAGTTGTAGTTTTCAATACTGTTTGTATTTCGAA	5	80	1
TTAAAATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTAATTTCA	5	148	1
TAAGAAATTTTTGATCAGTTACTTTTACCTAGATAA	6	15	1
TGTTATCTGTTTAATTATTGGACTTTTGCTTTCTAA	7	66	1
TAATTCTTGGGTTGATATTTAGTTTTGCACCAAGAT	7	227	1
          *** *** *    ***
MAP Score: 15.0319

Motif 2
TCTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAATAACGA	0	17	0
TTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGGATTATAAATCC	0	83	1
ACCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCTGAAAAA	0	175	1
          TTACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACC	0	216	0
  TTTAAAATTTTCCAAAAATGTGGGAGCTAATTAAG	1	8	1
      ATACTTAATAAAAATATAACTTTACTCAATG	3	4	1
GCCATTCAGTTTTGAAAAGAAAAGTTTAAATTAATGG	5	18	1
CTACGAATTTTTTAAAATGAACTTCGAAATACAAACA	5	101	0
TAAATAACATATTTTAAAGATCTAGAACTACGAATTT	5	128	0
ATTTATGAAATTAAAAAAGACAATTAAATAACATATT	5	152	0
TAAAAGTAACTGATCAAAAATTTCTTAATAGA     	6	5	0
          TTTAAAATTAGTTCACAAGCAATGCAT	7	0	1
ATCTTTGGTTTTACGAAAGATCTCCAAGTCCTGACCT	7	135	0
AGATAGGGGTTTTGTAAAGATCTTACAGATTATCATG	7	168	1
          ***  *****  *   *
MAP Score: 14.337

Motif 3
TAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAA	0	11	1
GATCTTTATCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGGA	0	66	1
TATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGGATTATAAATCCTGCTTTAT	0	84	1
CCTGCTTTATTGTAATCATGCTTTAGATTTAGAAGCTGGTTACT	0	118	1
ACCTGAAAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA   	0	202	1
GCACGTTCAATGTTGCTATCATTTGCATATTTAAAA        	4	2	0
AATTTTACCATTAATTTAAACTTTTCTTTTCAAAACTGAATGGC	5	18	0
TCATTAAACTTTCCTTGTTAGTTGTAGTTTTCAATACTGTTTGT	5	64	1
TAGTTGTAGTTTTCAATACTGTTTGTATTTCGAAGTTCATTTTA	5	82	1
TCTTTAAAATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTAATTTCATAAAT	5	145	1
       AAATAAACTTTAAATTTATCTAGGTAAAAGTAACTGA	6	29	0
ATAGTAATGTTCATTATGGCTGTTATCTGTTTAATTATTGGACT	7	46	1
TTATCTGTTTAATTATTGGACTTTTGCTTTCTAACCATGGTTCT	7	68	1
ATTATCATGTTTATCTTAGTAGTTTTATTTTTAATTCTTGGGTT	7	196	1
TTTTTAATTCTTGGGTTGATATTTAGTTTTGCACCAAGATAACA	7	223	1
          *     *    ***   ***  **
MAP Score: 11.6897

Motif 4
GTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAA	0	13	1
GCACATGATCTTTATCACTAAATTTATGTTTGGTT	0	60	1
TCCTGCTTTATTGTAATCATGCTTTAGATTTAGAA	0	117	1
ACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA     	0	213	1
AAATATAACTTTACTCAATGAGTTTTTCCAAAAAG	3	21	1
     CAATTTTAGCCATTCAGTTTTGAAAAGAAA	5	5	1
TACCATTAATTTAAACTTTTCTTTTCAAAACTGAA	5	22	0
AATGGTAAAATTATTCATTAAACTTTCCTTGTTAG	5	50	1
TTAGTTGTAGTTTTCAATACTGTTTGTATTTCGAA	5	81	1
ACTGTTTGTATTTCGAAGTTCATTTTAAAAAATTC	5	99	1
TAAGAAATTTTTGATCAGTTACTTTTACCTAGATA	6	15	1
        AAATAAACTTTAAATTTATCTAGGTAA	6	39	0
GATGCATTGCTTGTGAACTAATTTTAAA       	7	3	0
ATAATGAACATTACTATTTGGATTGGATGCATTGC	7	28	0
TGTTTAATTATTGGACTTTTGCTTTCTAACCATGG	7	73	1
CATGTTTATCTTAGTAGTTTTATTTTTAATTCTTG	7	201	1
AATTCTTGGGTTGATATTTAGTTTTGCACCAAGAT	7	228	1
          ***  ****   ***
MAP Score: 7.82961

Motif 5
TATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAA	0	21	1
AGGTTCTCAGTTTTTTGGAAATGGTACTGGT	0	175	0
TAGCTCCCACATTTTTGGAAAATTTTAAA  	1	8	0
TACTCAATGAGTTTTTCCAAAAAGTTTTT  	3	32	1
TTAGCCATTCAGTTTTGAAAAGAAAAGTTTA	5	15	1
AAATACAAACAGTATTGAAAACTACAACTAA	5	81	0
AGAACTACGAATTTTTTAAAATGAACTTCGA	5	111	0
CTGATCAAAAATTTCTTAATAGA        	6	2	0
CAAAGATAGGGGTTTTGTAAAGATCTTACAG	7	165	1
          ******* ***
MAP Score: 4.96078

Motif 6
AATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAA	0	15	1
TCATGTGCTGATGTTCTTGATTATTTTATAAAA	0	35	0
ACATCAGCACATGATCTTTATCACTAAATTTAT	0	54	1
CACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTG	0	75	1
TGAAAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTT	0	205	1
ATTAATTTAAACTTTTCTTTTCAAAACTGAATG	5	20	0
TATTCATTAAACTTTCCTTGTTAGTTGTAGTTT	5	61	1
TTGTATTTCGAAGTTCATTTTAAAAAATTCGTA	5	104	1
TAATTATTGGACTTTTGCTTTCTAACCATGGTT	7	77	1
CTGGAGGATTAGCTTCTCTATCAGGTCAGGACT	7	113	1
CAAAACCCCTATCTTTGGTTTTACGAAAGATCT	7	149	0
GATCTTACAGATTATCATGTTTATCTTAGTAGT	7	186	1
TTATCTTAGTAGTTTTATTTTTAATTCTTGGGT	7	206	1
          *  *** ******
MAP Score: 2.89724