AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all007_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238875
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG077	233	oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB)
#1	MG081	55	ribosomal protein L11 (rpl11)
#2	MG087	28	ribosomal protein S12 (rpS12)
#3	MG090	51	ribosomal protein S6 (rpS6)
#4	MG094	49	replicative DNA helicase (dnaB)
#5	MG096	182	conserved hypothetical protein
#6	MG097	56	uracil DNA glycosylase (ung)
#7	MG098	99	Glu-tRNA amidotransferase subunit gatC-related protein
#8	MG104	257	virulence-associated protein homolog (vacB)

Motif 1
AATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTAATTTCATAAATTGT    	5	152	1
TAAAGCAGGATTTATAATCCAACTTCATTTGAAACCAAACATAA	0	83	0
ACCTGTTTTTTTCAGGTTCTCAGTTTTTTGGAAATGGTACTGGT	0	175	0
TTTCAGCACGTTCAATGTTGCTATCATTTGCATATTTAAAA   	4	7	0
TCAATACTGTTTGTATTTCGAAGTTCATTTTAAAAAATTCGTAG	5	94	1
CTAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGA	0	10	1
AAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA         	0	208	1
AATAGTAATGTTCATTATGGCTGTTATCTGTTTAATTATTGGAC	8	45	1
AATGGTAAAATTATTCATTAAACTTTCCTTGTTAGTTGTAGTTT	5	50	1
AGTTAAATAATTTTACAAGGTTGTTGTTTTTCTAATCAATAAAC	7	37	0
AATTTTACCATTAATTTAAACTTTTCTTTTCAAAACTGAATGGC	5	18	0
AACTCATTGAGTAAAGTTATATTTTTATTAAGTAT         	3	1	0
ATTATCATGTTTATCTTAGTAGTTTTATTTTTAATTCTTGGGTT	8	196	1
       ATTTTGTTAGAATACTTCAGTTGTCTAT         	2	3	1
TATTAAGAAATTTTTGATCAGTTACTTTTACCTAGATAAATTTA	6	12	1
          ** *   *     **  **   **
MAP Score: 15.5412

Motif 2
 CTAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAA	0	9	1
GCACATGATCTTTATCACTAAATTTATGTTTGGTTT	0	60	1
TTTGTTTCAGGTAACCAGTACCATTTCCAAAAAACT	0	162	1
AACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA     	0	212	1
AAATATAACTTTACTCAATGAGTTTTTCCAAAAAGT	3	21	1
     CAATTTTAGCCATTCAGTTTTGAAAAGAAAA	5	5	1
AATGGTAAAATTATTCATTAAACTTTCCTTGTTAGT	5	50	1
GTTAGTTGTAGTTTTCAATACTGTTTGTATTTCGAA	5	80	1
TTAAAATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTAATTTCA	5	148	1
TAAGAAATTTTTGATCAGTTACTTTTACCTAGATAA	6	15	1
TAATAATCACTTAGTTAAATAATTTTACAAGGTTGT	7	57	0
TAAGTGATTATTACTTAATTGCACTTTAG       	7	80	1
TGTTATCTGTTTAATTATTGGACTTTTGCTTTCTAA	8	66	1
          *** *** *    ***
MAP Score: 15.4231

Motif 3
TCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGA	0	17	1
GGATTTATAATCCAACTTCATTTGAAACCAAACATAA	0	83	0
GGATTATAAATCCTGCTTTATTGTAATCATGCTTTAG	0	107	1
TTTTTCAGGTTCTCAGTTTTTTGGAAATGGTACTGGT	0	175	0
CTTAATTAGCTCCCACATTTTTGGAAAATTTTAAA  	1	8	0
AAAAGAAAAGTTTAAATTAATGGTAAAATTATTCATT	5	32	1
GATCTAGAACTACGAATTTTTTAAAATGAACTTCGAA	5	110	0
AAATTCGTAGTTCTAGATCTTTAAAATATGTTATTTA	5	128	1
TATTTAATTGTCTTTTTTAATTTCATAAATTGT    	5	159	1
AGTTGACACTTGTTTATTGATTAGAAAAACAACAACC	7	26	1
ACAACAACCTTGTAAAATTATTTAACTAAGTGATTAT	7	54	1
ACTAAGTGATTATTACTTAATTGCACTTTAG      	7	78	1
ATGCATTGCTTGTGAACTAATTTTAAA          	8	0	0
GGCTGTTATCTGTTTAATTATTGGACTTTTGCTTTCT	8	63	1
CATGATAATCTGTAAGATCTTTACAAAACCCCTATCT	8	168	0
          * * *  * ***  ***
MAP Score: 14.7955

Motif 4
AGAACATCAGCACATGATCTTTATCACTAAATTTATGTTTGGTT	0	51	1
CTGAAAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA     	0	204	1
TGTGGTACAAACGCTTAATTAGCTCCCACATTTTTGGAAAATTT	1	14	0
ACTTAATAAAAATATAACTTTACTCAATGAGTTTTTCCAAAAAG	3	12	1
GAATAATTTTACCATTAATTTAAACTTTTCTTTTCAAAACTGAA	5	22	0
ATTATTCATTAAACTTTCCTTGTTAGTTGTAGTTTTCAATACTG	5	59	1
GTTTTCAATACTGTTTGTATTTCGAAGTTCATTTTAAAAAATTC	5	90	1
CTAGATCTTTAAAATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTAATTTCA	5	140	1
    TCTATTAAGAAATTTTTGATCAGTTACTTTTACCTAGATA	6	6	1
TCAATAAACAAGTGTCAACTACAGCTTTGTTTTTAA        	7	2	0
CAATTAAGTAATAATCACTTAGTTAAATAATTTTACAAGGTTGT	7	57	0
TTTGGATTGGATGCATTGCTTGTGAACTAATTTTAAA       	8	3	0
ACAGATTATCATGTTTATCTTAGTAGTTTTATTTTTAATTCTTG	8	192	1
TTTATTTTTAATTCTTGGGTTGATATTTAGTTTTGCACCAAGAT	8	219	1
          *   *    **  **  *   ***
MAP Score: 13.0886

Motif 5
AGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAA	0	25	1
ACCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACC	0	175	1
  TTTAAAATTTTCCAAAAATGTGGGAGCT	1	8	1
TCAATGAGTTTTTCCAAAAAGTTTTT    	3	35	1
AGCCATTCAGTTTTGAAAAGAAAAGTTTAA	5	17	1
TCGAAGTTCATTTTAAAAAATTCGTAGTTC	5	111	1
TCTTTTTTAATTTCATAAATTGT       	5	169	1
CTTGGAGATCTTTCGTAAAACCAAAGATAG	8	144	1
          **********
MAP Score: 7.83703

Motif 6
TGCTGATGTTCTTGATTATTTTATAAAAAAAT	0	31	0
ATTATAAATCCTGCTTTATTGTAATCATGCTT	0	109	1
GATTTAGAAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTA	0	143	1
CTGAAAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTAT	0	204	1
CATTAATTTAAACTTTTCTTTTCAAAACTGAA	5	22	0
TTAAACTTTCCTTGTTAGTTGTAGTTTTCAAT	5	67	1
GTTTTCAATACTGTTTGTATTTCGAAGTTCAT	5	90	1
GTGTCAACTACAGCTTTGTTTTTAA       	7	3	0
TGGCTGTTATCTGTTTAATTATTGGACTTTTG	8	62	1
CAAAACCCCTATCTTTGGTTTTACGAAAGATC	8	150	0
TACAGATTATCATGTTTATCTTAGTAGTTTTA	8	191	1
TTTATCTTAGTAGTTTTATTTTTAATTCTTGG	8	205	1
          ******  ****
MAP Score: 0.537818