AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all008_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238895
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG294	117	conserved hypothetical protein
#1	MG386	286	protein P200
#2	MG406	140	conserved hypothetical protein

Motif 1
TTTAAAAGCTAAAAATTATTTGTTCTGTTG	1	13	1
GAAAGGTTGCAAAAATTATTACCTTAATTA	2	34	1
ACCAAGCTACAAAAATAATTAAGGTAATAA	2	49	0
TTTTTCTAGTAAACATTATTTTTCTTTTTA	0	20	1
      TAATAAAAATACTTAGCACTAGTG	1	272	0
        GAAAAAATAGTTTTTCTAGTAA	0	2	1
TTTGCAAAAGAAAAATAGTTATAAAATCAA	1	100	0
TTATAAAATCAAAAATTAATCACTTTAATT	1	82	0
ATATATGCTAAAAAATAAATAGATTTTAAT	1	182	0
TTTTCTTTTTAAAAGTAAGTGAAGAACGTT	0	39	1
AAAGAAGCTGAAACACTATTAAATCTACAT	1	129	1
GATGGAAGTGAAACGTTCTTCACTTACTTT	0	50	0
CAACTGCTATTAAAATTAGTACAAATAACC	2	76	0
AATTAATATAAATAGTAATTAAAATCTATT	1	165	1
TCTACATTAAATAAATTAATATAAATAGTA	1	152	1
          **********
MAP Score: 22.0739

Motif 2
TGTTTACTAGAAAAACTATTTTTTC      	0	4	0
TTTTTCTAGTAAACATTATTTTTCTTTTTAA	0	20	1
TTCCATCCACTTTTATTATTAGATGTATATT	0	73	1
TATTAGATGTATATTTAATTTATCCCACTTT	0	89	1
TTTAAAAGCTAAAAATTATTTGTTCTGTTGT	1	13	1
TTTTTGATTTTATAACTATTTTTCTTTTGCA	1	97	1
AAAGAAGCTGAAACACTATTAAATCTACATT	1	129	1
ACTATTTATATTAATTTATTTAATGTAGATT	1	150	0
AATAGATTTTAATTACTATTTATATTAATTT	1	164	0
AATAGTAATTAAAATCTATTTATTTTTTAGC	1	175	1
TGATATTAAAAATTACAATTTAGTGAGTCAG	1	230	1
TAGTGCTAAGTATTTTTATTA          	1	275	1
GAAAGGTTGCAAAAATTATTACCTTAATTAT	2	34	1
AAATTATTACCTTAATTATTTTTGTAGCTTG	2	46	1
          *** *******
MAP Score: 14.9573

Motif 3
GAAAAAATAGTTTTTCTAGTAAACATTATTTTTCTTTTTAAAAGTA	0	10	1
TTCCATCCACTTTTATTATTAGATGTATATTTAATTTATCCCACTT	0	73	1
       ATTTTTAAAAGCTAAAAATTATTTGTTCTGTTGTTAATA	1	3	1
TTCAAAAAAATTTGACAGCTAAAGCTTTACATTTTATTAACAACAG	1	37	0
TGTCAAATTTTTTTGAAATTAAAGTGATTAATTTTTGATTTTATAA	1	66	1
AGTGATTAATTTTTGATTTTATAACTATTTTTCTTTTGCAAAAAGA	1	88	1
TATATTAATTTATTTAATGTAGATTTAATAGTGTTTCAGCTTCTTT	1	129	0
ATAAATAGATTTTAATTACTATTTATATTAATTTATTTAATGTAGA	1	152	0
CTATTTATTTTTTAGCATATATAGCTAACTTTTGTTATCTTGATAT	1	190	1
TAAATTGTAATTTTTAATATCAAGATAACAAAAGTTAGCTATATAT	1	206	0
GTCAGATAACTTTAGTCACTAGTGCTAAGTATTTTTATTA      	1	256	1
GTTGCAAAAATTATTACCTTAATTATTTTTGTAGCTTGGTTATTTG	2	39	1
          ***      ** *  **    *   *
MAP Score: 11.9947

Motif 4
GTTTACTAGAAAAACTATTTTTTC        	0	2	0
TCTAGTAAACATTATTTTTCTTTTTAAAAGTA	0	24	1
TTCACTTCCATCCACTTTTATTATTAGATGTA	0	68	1
TTAAAAGCTAAAAATTATTTGTTCTGTTGTTA	1	14	1
GCTTTAGCTGTCAAATTTTTTTGAAATTAAAG	1	58	1
ATTAAAGTGATTAATTTTTGATTTTATAACTA	1	83	1
TGATTTTATAACTATTTTTCTTTTGCAAAAAG	1	101	1
GATTTTAATTACTATTTATATTAATTTATTTA	1	159	0
ACTAGTGCTAAGTATTTTTATTA         	1	273	1
AATTATTACCTTAATTATTTTTGTAGCTTGGT	2	47	1
CTTGGTTATTTGTACTAATTTTAATAGCAGTT	2	73	1
          * ******* **
MAP Score: 5.86541