AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MG/MG_sum_all008_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238906 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MG294 117 conserved hypothetical protein #1 MG296 119 conserved hypothetical protein #2 MG298 202 P115 protein #3 MG301 30 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (gap) #4 MG304 176 ABC transporter, ATP binding protein #5 MG305 87 heat shock protein 70 (dnaK) #6 MG309 53 lipoprotein, putative #7 MG386 286 protein P200 #8 MG388 142 conserved hypothetical protein #9 MG390 107 ABC transporter, ATP-binding protein #10 MG393 125 heat shock protein (groES) #11 MG395 300 putative lipoprotein #12 MG406 140 conserved hypothetical protein #13 MG407 66 enolase (eno) Motif 1 TAACTTTTACTTTCTTTTAAATTAGTTTTTAA 10 84 1 AACATTATTTTTCTTTTTAAAAGTAAGTGAAG 0 31 1 TAGCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATA 4 95 1 GAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA 10 5 0 GCAATTAATGTAATTTTTAAATTAAATAAACT 2 40 1 TTTATTCTGCTTAGTTTTAGATGCAATTAAAA 11 161 0 ACTTTTTTTTTAGATCAATAACAAT 5 72 0 ATTAATTTTTTTGGTTTTAATTTAGTTAGTTT 11 43 1 CATTAGCTTCTTCTTTTTAATTGCATCTAAAA 11 147 1 AATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTGAAAT 6 18 1 AAATAATTTTTAGCTTTTAAAAAT 7 2 0 ATTACATTAATTGCTTTTAGAAAAGCAATATC 2 22 0 AATAAACTAGTTACTATTAAAACATAGAAGCT 2 64 1 TTTTGTTATCTTGATATTAAAAATTACAATTT 7 219 1 TATTAAAATCTAATTATTAAATTAAAGT 3 12 1 CCATCCACTTTTATTATTAGATGTATATTTAA 0 75 1 AATTTGGATGTTGTTATTAGATTATACTAGTT 2 163 0 TCTTTTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATAT 10 96 1 AAAAAATAAATAGATTTTAATTACTATTTATA 7 171 0 TGTTTTAAGATTTCTATTAATTCAAGTAAT 13 8 0 TTAATTACTATTTATATTAATTTATTTAATGT 7 155 0 TCACTTTTCATTGCTATTAATAAGACAAAACA 9 79 1 TGTAAAAGGTTTAATTTAAAAA 1 0 0 CTAATAACGCTTCATTTAAAAAAGCTTCTATG 2 86 0 AATATCTCACTAAATATTAATTAATGTTTAGC 10 29 1 GTTATTAGCTTATTTTTTAGTAACCTAATAAT 2 110 1 GTTAAAAACCTCAGTTTTAAATACCCAAAACA 4 144 1 TAAGTAACTTTATTTTTAACTAATAAAACAG 9 9 1 TAATATCAGATAAATTTAAGATAACTTTTACT 10 63 1 AAAAGAAAAATAGTTATAAAATCAAAAATTAA 7 93 0 TGGTTAGTAGTTTATTTAAGTAATACTGAAAT 1 38 1 AAAATCTATTTATTTTTTAGCATATATAGCTA 7 185 1 AGCTGTCAAATTTTTTTGAAATTAAAGTGATT 7 63 1 GGTCAAACGATAGGTTTAAACTGCTTTTAATA 8 85 0 AGTTCTATTTTCATTTTTAACTTTTTTGATGG 11 90 1 ** ******** MAP Score: 48.8221 Motif 2 TGAGTGCTAATTTTTGTTTATAATTACTGAGT 5 39 1 GGGATTAATTTTTTTGGTTTTAATTTAGTTAG 11 40 1 AAGTGATTAATTTTTGATTTTATAACTATTTT 7 87 1 AAACTGAGGTTTTTAACTTGTAGCAAACTAAG 4 129 0 AACAAATAATTTTTAGCTTTTAAAAAT 7 5 0 AACTCAATTATTTTTGAAGCTAAAGCCTAAGT 11 221 1 AAACTTTTAAATGATATTGCTTTTCT 2 4 1 TCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATAAGCT 4 99 1 ATTTCAATAATTTTAAAATTTATATTTTTATT 6 18 0 TCTATTTATTTTTTAGCATATATAGCTAACTT 7 189 1 AAAATTTATATTTTTATTATTACCAC 6 4 0 ATTATTTTTCTTTTTAAAAGTAAGTGAAGAAC 0 34 1 TTTTTAAATTAAACCTTTTACA 1 0 1 ACTTTTTTTTTAGATCAATAACAATTAC 5 69 0 ATTAATGTAATTTTTAAATTAAATAAACTAGT 2 43 1 CATAGAAGCTTTTTTAAATGAAGCGTTATTAG 2 86 1 CTGTCAAATTTTTTTGAAATTAAAGTGATTAA 7 65 1 TTTTGAAATATTTTTGTATTAAA 11 287 1 TTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATATTTTT 10 100 1 AATAAATAGATTTTAATTACTATTTATATTAA 7 167 0 GTAACTTTATTTTTAACTAATAAAACAGTTTG 9 13 1 AAATTGTAATTTTTAATATCAAGATAACAAAA 7 219 0 TTCTGCTTAGTTTTAGATGCAATTAAAAAGAA 11 157 0 AGCTTCTATGTTTTAATAGTAACTAGTTTATT 2 64 0 TTTAAGCGCTTTTTTGGTAAAAATTACCAAGC 8 29 1 ATTAACAATATTTTTCTATTTAAT 13 52 1 AGTAGTTCTATTTTCATTTTTAACTTTTTTGA 11 87 1 AAATTAAAGCTTTTTAGAACAA 2 190 1 TATTGTTAATTTTTAAATACAAA 10 1 0 TGAGTTCATCTTTTCACTGATAAATTTAATTA 11 195 0 CATTTTTCACTTTTCATTGCTATTAATAAGAC 9 73 1 AACAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAA 4 52 1 ATTTTTAACTTTTTTGATGGTTGCATTTGCTT 11 102 1 ACCTTAATTATTTTTGTAGCTTGGTTATTTGT 12 54 1 GAATTTGCGCTTTTAATTGTTTCCTGTTCAAA 8 119 1 GAAAAAATAGTTTTTCTAGTAAACATTATTTT 0 10 1 GTGCTGCTCTTTTTTATTTGGAATATGTTCTA 4 20 0 TTTAAACTGCTTTTAATAATTTGGAAACAAAG 8 71 0 AAAAATCTGTTTTTTGGTAGATAAAAAACAAA 4 64 0 ****** ** ** MAP Score: 45.779 Motif 3 TAAACATTATTTTTCTTTTTAAAAGTAAGTG 0 29 1 TTCCATCCACTTTTATTATTAGATGTATATT 0 73 1 ATTAGATGTATATTTAATTTATCCCACTTTA 0 90 1 TTTTTAAATTAAACCTTTTAC 1 0 1 GTTTATTTAATTTAAAAATTACATTAATTGC 2 40 0 GCGTTATTAGCTTATTTTTTAGTAACCTAAT 2 108 1 ACTTTAATTTAATAATTAGATTTTAATA 3 12 0 TTGTGCTGCTCTTTTTTATTTGGAATATGTT 4 23 0 ACAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAA 4 53 1 TCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATAAGC 4 99 1 ACTTTTTTTTTAGATCAATAAC 5 75 0 AAATTTATATTTTTATTATTACCAC 6 4 0 ATAATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTGA 6 16 1 TGTCAAATTTTTTTGAAATTAAAGTGATTAA 7 66 1 AGTGATTAATTTTTGATTTTATAACTATTTT 7 88 1 TTTTAATTACTATTTATATTAATTTATTTAA 7 158 0 AATTAAAATCTATTTATTTTTTAGCATATAT 7 181 1 TAGTGCTAAGTATTTTTATTA 7 275 1 TTAAACTGCTTTTAATAATTTGGAAACAAAG 8 71 0 TAAGTAACTTTATTTTTAACTAATAAAA 9 7 1 TTTGTAACAGCTTACAAATTTGTCATTTTTC 9 50 1 AATTTGTCATTTTTCACTTTTCATTGCTATT 9 66 1 TTTGTATTTAAAAATTAACAATATCTC 10 6 1 CTTTTACTTTCTTTTAAATTAGTTTTTAATT 10 87 1 TAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATATTTTT 10 101 1 TTCTAACGGGATTAATTTTTTTGGTTTTAAT 11 33 1 ATAGTAGTTCTATTTTCATTTTTAACTTTTT 11 85 1 CTTTCATTAGTTTTTTCATTAGCTTCTTCTT 11 131 1 CACTGATAAATTTAATTATTTTTATTCTGCT 11 182 0 TTTTGAAATATTTTTGTATTAAA 11 287 1 CAACAACTGCTATTAAAATTAGTACAAATAA 12 78 0 TCTTAAAACATATAATAATTTTATTAACAAT 13 30 1 TTAACAATATTTTTCTATTTAAT 13 53 1 **** ****** MAP Score: 21.3884 Motif 4 CCATCCACTTTTATTATTAGATGTATATTTA 0 75 1 AGCTTCTATGTTTTAATAGTAACTAGTTTAT 2 65 0 ATAGAAGCTTTTTTAAATGAAGCGTTATTAG 2 87 1 TTATTAGCTTATTTTTTAGTAACCTAATAAT 2 111 1 ATTTGGATGTTGTTATTAGATTATACTAGTT 2 163 0 TGCTGCTCTTTTTTATTTGGAATATGTTCTA 4 20 0 GCTAAAAATCTGTTTTTTGGTAGATAAAAAA 4 68 0 AAACTAAGCTTATTTATAAATTTTAAAAATA 4 106 0 AACAAACTTTAATTAGCACTTTTAGTGT 5 7 1 ACTTTTTTTTTAGATCAATAACAAT 5 72 0 AAAATTTATATTTTTATTATTACCAC 6 5 0 CAGTCAAAAATTTCAATAATTTTAAAATTTA 6 28 0 AAGCTTTACATTTTATTAACAACAGAACAAA 7 31 0 TAGCTGTCAAATTTTTTTGAAATTAAAGTGA 7 62 1 AAATCTATTTATTTTTTAGCATATATAGCTA 7 186 1 TTTAAACTGCTTTTAATAATTTGGAAACAAA 8 72 0 GAATTTGCGCTTTTAATTGTTTCCTGTTCAA 8 119 1 CTACAAACTGTTTTATTAGTTAAAAATAAAG 9 17 0 TTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATATTTT 10 100 1 TTGCATTTGCTTTCATTAGTTTTTTCATTAG 11 122 1 TCATTAGTTTTTTCATTAGCTTCTTCTTTTT 11 134 1 AGCTTCTTCTTTTTAATTGCATCTAAAACTA 11 151 1 TCACTGATAAATTTAATTATTTTTATTCTGC 11 183 0 CTTTCTATTGTTTCAATTGAACAAAACTT 12 8 0 ATTACCTTAATTATTTTTGTAGCTTGGTTAT 12 51 1 TTTGTACTAATTTTAATAGCAGTTGTTGTTT 12 81 1 AATTTGGACATTTTATTTGGTTGA 12 126 1 CATATAATAATTTTATTAACAATATTTTTCT 13 38 1 ********* * MAP Score: 10.7208