AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all010_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238928
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG194	300	phenylalanyl-tRNA synthetase, subunit alpha (pheS)
#1	MG196	58	translation initiation factor 3 (infC)
#2	MG449	260	conserved hypothetical protein

Motif 1
TTGAAAGCGTATCTTTTATTAATGAATGTG	0	32	1
GGAACTAAGCAACTATTATTTAAACACAGC	0	61	1
AAAGCGTGTAATTTTTTATTAAAAGCGATT	0	92	1
AGTCATGTTAATCTTTTATTTCTGTTCCCA	0	125	0
TTTGTCAAAAAGCTTTTTTTGTGCAATTTA	0	180	0
TACAAAAAATAACTATTTTTTTGTCAAAAA	0	199	0
TAACAAACTAAACTATTATTGTTACTTAAT	0	243	1
         GAAGTTATATTAATTGTGCTA	0	289	0
AATAGTTGGTAACTATCTTGATAGTAATAA	1	16	0
GATAGTTACCAACTATTTTGTTAGTAAAAC	1	29	1
   TTGTATTAAGTTTTACTAACAAAATAG	1	41	0
        CTAACTTTTATGTTTGATATAT	2	2	1
TTTTGTTTCTATCTTTTATCGTAAAGAAAC	2	39	1
CAGTTTTTTAATGTTTCTTTACGATAAAAG	2	51	0
ACAAAGACTGAAGTTTTTTTGTTAATGATG	2	134	1
TACTGGTTTTAACTTTTTTAATATCAAAAA	2	174	1
AACTTCTTAAAACTTTTTTTGATATTAAAA	2	189	0
AAGTTTTAAGAAGTTTTTTTATCACACCGC	2	204	1
          **********
MAP Score: 30.4806

Motif 2
AAGCGTGTAATTTTTTATTAAAAGCGATTTAG	0	93	1
AAGACTGAAGTTTTTTTGTTAATGATGCAAAT	2	137	1
AAAATAACTATTTTTTTGTCAAAAAGCTTTTT	0	192	0
TACCAACTATTTTGTTAGTAAAACTTAATACA	1	35	1
AATAGTTTAGTTTGTTATTAAATTAAGCAATT	0	228	0
TTTTAAGAAGTTTTTTTATCACACCGCTTTAA	2	207	1
         TATTTTTAATGAAGGATAGTTTA	2	247	0
TGGTTTTAACTTTTTTAATATCAAAAAAAGTT	2	177	1
GTCAAAAAGCTTTTTTTGTGCAATTTAGTAGA	0	175	0
CTAAACTATTATTGTTACTTAATGATTTTTTG	0	250	1
ATCTAAAGATTTTGTTTCTATCTTTTATCGTA	2	30	1
TACTTAATGATTTTTTGATCTATATAGCACAA	0	265	1
AAGCGTATCTTTTATTAATGAATGTGGAACTA	0	36	1
AAACATACAGTTTTTTAATGTTTCTTTACGAT	2	56	0
AAAAAAATAGTTATTTTTTGTAATTGCTTAAT	0	207	1
ATGTTAATCTTTTATTTCTGTTCCCACTAAAT	0	119	0
          ******* * **
MAP Score: 22.0175

Motif 3
TAAATTAGGTTGGTCGTATAT          	0	0	0
AAAGCGTATCTTTTATTAATGAATGTGGAAC	0	35	1
ACGCTTTTGCTGTGTTTAAATAATAGTTGCT	0	68	0
GCGTGTAATTTTTTATTAAAAGCGATTTAGT	0	95	1
AAATAGTTATTTTTTGTAATTGCTTAATTTA	0	211	1
TAGTTTAGTTTGTTATTAAATTAAGCAATTA	0	227	0
      GAAGTTATATTAATTGTGCTATATA	0	285	0
GTAACTATCTTGATAGTAATAAGTAATT   	1	7	0
TTACCAACTATTTTGTTAGTAAAACTTAATA	1	34	1
          TTGTATTAAGTTTTACTAACA	1	47	0
TTTCTATCTTTTATCGTAAAGAAACATTAAA	2	44	1
TGTCATTTTGTTGGCGTAAAGTTGTTTCACT	2	106	0
ACTGAAGTTTTTTTGTTAATGATGCAAATAG	2	140	1
TTCTTAAAACTTTTTTTGATATTAAAAAAGT	2	185	0
          **** ******
MAP Score: 1.8915