AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all010_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238935
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG194	300	phenylalanyl-tRNA synthetase, subunit alpha (pheS)
#1	MG196	58	translation initiation factor 3 (infC)
#2	MG449	260	conserved hypothetical protein
#3	MG450	158	conserved hypothetical protein
#4	MG451	52	elongation factor Tu (tuf)

Motif 1
TTGAAAGCGTATCTTTTATTAATGAATGTGGA	0	32	1
GGAACTAAGCAACTATTATTTAAACACAGCAA	0	61	1
TTTGTCAAAAAGCTTTTTTTGTGCAATTTAGT	0	178	0
TACAAAAAATAACTATTTTTTTGTCAAAAAGC	0	197	0
TAACAAACTAAACTATTATTGTTACTTAATGA	0	243	1
AATAGTTGGTAACTATCTTGATAGTAATAAGT	1	14	0
GATAGTTACCAACTATTTTGTTAGTAAAACTT	1	29	1
        CTAACTTTTATGTTTGATATATCT	2	2	1
TTTTGTTTCTATCTTTTATCGTAAAGAAACAT	2	39	1
GCCAAACATACAGTTTTTTAATGTTTCTTTAC	2	59	0
ACAAAGACTGAAGTTTTTTTGTTAATGATGCA	2	134	1
TACTGGTTTTAACTTTTTTAATATCAAAAAAA	2	174	1
AACTTCTTAAAACTTTTTTTGATATTAAAAAA	2	187	0
AAGTTTTAAGAAGTTTTTTTATCACACCGCTT	2	204	1
   TGAGGATCGCTTTTTTAGTTGATTCTGTC	3	7	1
ACATAGAGATGACTATTTTTATCTTCCTTTAG	3	45	0
CCTGATTTGAATGTTTCTTGGTGTTCAGCAAT	3	102	0
GCTTATCTTAAACTTATTTAAAATTAACAACA	4	18	1
          *********  *
MAP Score: 27.9049

Motif 2
TGAAAGCGTATCTTTTATTAATGAATGTGG	0	33	1
AAGCGTGTAATTTTTTATTAAAAGCGATTT	0	93	1
GTCATGTTAATCTTTTATTTCTGTTCCCAC	0	124	0
TCAAAAAGCTTTTTTTGTGCAATTTAGTAG	0	176	0
AAATAACTATTTTTTTGTCAAAAAGCTTTT	0	193	0
AAAATAGTTATTTTTTGTAATTGCTTAATT	0	210	1
AATAGTTTAGTTTGTTATTAAATTAAGCAA	0	230	0
TACTTAATGATTTTTTGATCTATATAGCAC	0	265	1
AGTTACCAACTATTTTGTTAGTAAAACTTA	1	32	1
AGAAACAAAATCTTTAGATATATCAAACAT	2	19	0
TTTGTTTCTATCTTTTATCGTAAAGAAACA	2	40	1
AAACATACAGTTTTTTAATGTTTCTTTACG	2	58	0
AGACTGAAGTTTTTTTGTTAATGATGCAAA	2	138	1
TGGTTTTAACTTTTTTAATATCAAAAAAAG	2	177	1
TTTAAGAAGTTTTTTTATCACACCGCTTTA	2	208	1
        TATTTTTAATGAAGGATAGTTT	2	248	0
GAGGATCGCTTTTTTAGTTGATTCTGTCAG	3	11	1
TTGTTTAAATTATGTTGTTAATTTTAAATA	4	32	0
          **********
MAP Score: 18.8105

Motif 3
AAGCGTGTAATTTTTTATTAAAAGCGATTTAGTGGGAACA	0	93	1
AAAATAACTATTTTTTTGTCAAAAAGCTTTTTTTGTGCAA	0	184	0
AAAAAAATAGTTATTTTTTGTAATTGCTTAATTTAATAAC	0	207	1
AACTAAACTATTATTGTTACTTAATGATTTTTTGATCTAT	0	248	1
AACTTTTATGTTTGATATATCTAAAGATTTTGTTTCTATC	2	12	1
AGTTTTTTTGTTAATGATGCAAATAGAATTACTGGTTTTA	2	145	1
TTTAACTTTTTTAATATCAAAAAAAGTTTTAAGAAGTTTT	2	181	1
TTTTAAGAAGTTTTTTTATCACACCGCTTTAATGAAGGTC	2	207	1
       TATTTTTAATGAAGGATAGTTTAGACCTTCATT	2	237	0
AAAATAGTCATCTCTATGTTTTACCGCTTTATATTATTGA	3	58	1
GGTTTTAAGATCAATGTTAAAACCTGATTTGAATGTTTCT	3	116	0
          *** * *     *  * ***
MAP Score: 9.50649

Motif 4
TTACACGCTTTTGCTGTGTTTAAATAATAGTTGCTTAGT	0	64	0
TCCCACTAAATCGCTTTTAATAAAAAATTACACGCTTTT	0	91	0
TAAAGTCATGTTAATCTTTTATTTCTGTTCCCACTAAAT	0	119	0
AAATAACTATTTTTTTGTCAAAAAGCTTTTTTTGTGCAA	0	184	0
AAAAAAATAGTTATTTTTTGTAATTGCTTAATTTAATAA	0	207	1
AACTAAACTATTATTGTTACTTAATGATTTTTTGATCTA	0	248	1
GGTAACTATCTTGATAGTAATAAGTAATT          	1	0	0
GTTACCAACTATTTTGTTAGTAAAACTTAATACAA    	1	33	1
    CTAACTTTTATGTTTGATATATCTAAAGATTTTGT	2	6	1
ATATCTAAAGATTTTGTTTCTATCTTTTATCGTAAAGAA	2	28	1
ATACAGTTTTTTAATGTTTCTTTACGATAAAAGATAGAA	2	45	0
GACTGAAGTTTTTTTGTTAATGATGCAAATAGAATTACT	2	139	1
GCAAATAGAATTACTGGTTTTAACTTTTTTAATATCAAA	2	163	1
GATGACTATTTTTATCTTCCTTTAGATTACTGACAGAAT	3	31	0
ATTTGAATGTTTCTTGGTGTTCAGCAATTGTTTCAATAA	3	91	0
TGTTTAAATTATGTTGTTAATTTTAAATAAGTTTAAGAT	4	22	0
          **  ****  * *    **
MAP Score: 7.41069

Motif 5
AAGTCATGTTAATCTTTTATTTCTGTTCCCACTAAA	0	120	0
ATGACTTTATACAACTTCTGTTCCCATCTACTAAAT	0	149	1
TTTTGTCAAAAAGCTTTTTTTGTGCAATTTAGTAGA	0	175	0
ACAAAAAATAACTATTTTTTTGTCAAAAAGCTTTTT	0	192	0
AACAAACTAAACTATTATTGTTACTTAATGATTTTT	0	244	1
ATTGTTACTTAATGATTTTTTGATCTATATAGCACA	0	260	1
GATAGTTACCAACTATTTTGTTAGTAAAACTTAATA	1	29	1
TGATATATCTAAAGATTTTGTTTCTATCTTTTATCG	2	24	1
TGACAAAGACTGAAGTTTTTTTGTTAATGATGCAAA	2	132	1
AAACTTCTTAAAACTTTTTTTGATATTAAAAAAGTT	2	184	0
AAAAGTTTTAAGAAGTTTTTTTATCACACCGCTTTA	2	202	1
          **   *******   *
MAP Score: 0.657349