AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all011_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238947
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG001	300	DNA polymerase III, subunit beta (dnaN)
#1	MG018	188	ATP-dependent RNA helicase, putative
#2	MG019	41	heat shock protein (dnaJ)
#3	MG200	251	dnaJ-like protein
#4	MG205	35	transcription repressor (hrcA)
#5	MG305	87	heat shock protein 70 (dnaK)
#6	MG309	53	lipoprotein, putative

Motif 1
GCATTTATGCTTAATTATAAGCTTTTTATG	0	116	1
CCTTAGAGTGTTAATTATAATTCTTGCT  	2	8	0
TTAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTAA	0	86	1
CAATTACTCAGTAATTATAAACAAAAATTA	5	46	0
ATGTACATATGTAATTATTACTGCT     	0	5	0
TAATTACTGAGTAATTGTTATTGATCTAAA	5	59	1
TTCACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTT	0	258	0
AACTATCTAGTTAATTAATAAAATTATACT	3	213	1
ATATCTATTATTTATTATAAGAACTAAAAT	0	161	0
TAGTGCTGTTTTAATTGAAAAAAAACAGCT	3	102	0
AATTTATATTTTTATTATTACCAC      	6	4	0
GCATAAATGCTTAATTATAGTAATAATTAA	0	96	0
TCATTTTTGATTAAGTATTAATTTCTGGGT	0	235	0
ATCAATCAGAGTAAGTATAATTTTATTAAT	3	226	0
TTTGAATCAGTTACTTGTAAATTTTCCAAG	3	65	1
      GCTGGTTATTGTTAAAAGATAAAA	4	4	1
TCACTGCCAATTAAATAAAAATCAGCTGGT	3	171	1
          **********
MAP Score: 26.7945

Motif 2
ATCAATGGTTTTGTAATCATCAAAAACAGTTTTAAAAA	1	151	0
ACTGAGTAATTGTTATTGATCTAAAAAAAAAGT     	5	64	1
AATAAGCTGTTTTTTTTCAATTAAAACAGCACTAACAC	3	98	1
ACCCAGAAATTAATACTTAATCAAAAATGAAAATATTA	0	235	1
AATTACTCAGTAATTATAAACAAAAATTAGCACTCAAA	5	37	0
GACATTTTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTAAAG	0	158	1
    GCTGGTTATTGTTAAAAGATAAAATTAGATAACT	4	6	1
CATAAAAAGCTTATAATTAAGCATAAATGCTTAATTAT	0	108	0
GATTCATCACTGCCAATTAAATAAAAATCAGCTGGTTT	3	165	1
ATATCATTAATTTCTGTTATATATAATAGTATCTATTT	0	49	1
TTTGAAAACATTCCCATTAAAGATAAGAATCAAATTGC	1	111	1
AATTATAAGCTTTTTATGAACAAAATTATAGACATTTT	0	128	1
         GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTTAAA	6	1	1
GTTGCAACTATCTAGTTAATTAATAAAATTATACTTAC	3	208	1
AAATGCTTAATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAA	0	84	0
CCTTTGTAGTGCTTGTTCATAAAAAAGTAAACGGTTGA	1	34	0
TTCAATTCACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTTTGA	0	255	0
CAGTCAAAAATTTCAATAATTTTAAAATTTATATTTTT	6	21	0
CATATGTACATAGTACATATGTAAAATATCATTAATTT	0	24	1
AAAAACAGCTTATTAATCTTGGAAAATTTACAAGTAAC	3	74	0
TAATAGATATTAAAGAAAATAAAAAAATAGAAATAAAT	0	181	1
          *  *  * **  **** *
MAP Score: 21.3752

Motif 3
TTTTAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTAA	0	84	1
AATTATAAGCTTTTTATGAACAAAATTATAGA	0	128	1
TATCTATTATTTATTATAAGAACTAAAATGTC	0	158	0
AAATAATAGATATTAAAGAAAATAAAAAAATA	0	178	1
AATTCACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTT	0	258	0
ACCGTTTACTTTTTTATGAACAAGCACTACAA	1	37	1
TCAAATAGATTATTTAAGAAGATTTGAAAACA	1	89	1
TTAAAACTGTTTTTGATGATTACAAAACCATT	1	154	1
  AGCAAGAATTATAATTAACACTCTAAGGAT	2	8	1
AGCTGTTTTTTTTCAATTAAAACAGCACTAAC	3	102	1
ACTATCTAGTTAATTAATAAAATTATACTTAC	3	214	1
TAATTTTATCTTTTAACAATAACCAGC     	4	5	0
TACTCAGTAATTATAAACAAAAATTAGCACTC	5	40	0
      GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTT	6	4	1
          ******* ** *
MAP Score: 8.49099

Motif 4
ATAGATACTATTATATATAACAGAAATTAATGATATTTTA	0	45	0
TTAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTAAGCATTTATGC	0	86	1
TTATAAGCTTTTTATGAACAAAATTATAGACATTTTAGTT	0	130	1
ATATCTATTATTTATTATAAGAACTAAAATGTCTATAATT	0	151	0
ATAATAGATATTAAAGAAAATAAAAAAATAGAAATAAATA	0	180	1
AAATTAATACTTAATCAAAAATGAAAATATTAATTAATAA	0	241	1
CTACAAAGGTTTTATGAAGAATTATTTCAAATAGATTATT	1	63	1
AAATAGATTATTTAAGAAGATTTGAAAACATTCCCATTAA	1	91	1
AACATTCCCATTAAAGATAAGAATCAAATTGCGCTTTTTA	1	117	1
AGCAAGAATTATAATTAACACTCTAAGGATGCAAGTGATA	2	10	1
TACTTGTAAATTTTCCAAGATTAATAAGCTGTTTTTTTTC	3	76	1
TCACTGCCAATTAAATAAAAATCAGCTGGTTTGTAATGTT	3	171	1
AACTATCTAGTTAATTAATAAAATTATACTTACTCTGATT	3	213	1
  AACAAACTTTAATTAGCACTTTTAGTGTTTGAGTGCTA	5	8	1
CTAATTTTTGTTTATAATTACTGAGTAATTGTTATTGATC	5	45	1
    GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTG	6	6	1
          ****  ** * *   *   *
MAP Score: 5.84215