AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all011_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238963
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG001	300	DNA polymerase III, subunit beta (dnaN)
#1	MG014	239	ABC transporter, ATP-binding protein
#2	MG015	46	ABC transporter, ATP-binding protein
#3	MG017	65	ATP-dependent RNA helicase, putative
#4	MG018	188	ATP-dependent RNA helicase, putative
#5	MG019	41	heat shock protein (dnaJ)
#6	MG200	251	dnaJ-like protein
#7	MG205	35	transcription repressor (hrcA)
#8	MG305	87	heat shock protein 70 (dnaK)
#9	MG309	53	lipoprotein, putative

Motif 1
ATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAATA	0	82	0
TCACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTTTG	0	256	0
ACTATCTAGTTAATTAATAAAATTATACTTA	6	214	1
CTAAAAGTGCTAATTAAAGTTTGTT      	8	4	0
TATTTTGGTTAAATTAAAATTGTTATAATAA	1	174	0
CTTAGAGTGTTAATTATAATTCTTGCT    	5	6	0
AGCTGATCAAAAATTAATAATGTTTGTCTTT	3	28	0
TGTACATATGTAATTATTACTGCT       	0	3	0
GATAACCCAGAAATTAATACTTAATCAAAAA	0	231	1
GGTATTTAACTAATTATTATAACAATTTTAA	1	161	1
TATATAACAGAAATTAATGATATTTTACATA	0	41	0
AATTAATACTTAATCAAAAATGAAAATATTA	0	242	1
CATTTATGCTTAATTATAAGCTTTTTATGAA	0	117	1
AATTACTCAGTAATTATAAACAAAAATTAGC	8	44	0
CACTGCCAATTAAATAAAAATCAGCTGGTTT	6	172	1
CATAAATGCTTAATTATAGTAATAATTAATA	0	94	0
ACAGTTTTTATAATCAAAACAGCTAATTTT 	1	219	1
TTTGATCAGCTAAATAAAACAAAGCAA    	3	48	1
GTTCTTATAATAAATAATAGATATTAAAGAA	0	167	1
ATAAATTTTAAAATTATTGAAATTTTTGACT	9	27	1
GATATTAAAGAAAATAAAAAAATAGAAATAA	0	186	1
   TTCTGCTAAATCAATGGTTTTGTAATCA	4	170	0
TTTATGAACAAAATTATAGACATTTTAGTTC	0	140	1
GGTAATAATAAAAATATAAATTTTAAAATTA	9	12	1
          ********* *
MAP Score: 26.3504

Motif 2
AAAATTGTTATAATAATTAGTTAAATACCCTTAGGAT	1	153	0
         GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTTAA	9	1	1
AAAATGAAAATATTAATTAATAAAAGTGAATTGAATA	0	258	1
ATTTTAACAGTTTTTATAATCAAAACAGCTAATTTT 	1	213	1
CATTATTAATTTTTGATCAGCTAAATAAAACAAAGCA	3	37	1
GTTAGTGCTGTTTTAATTGAAAAAAAACAGCTTATTA	6	97	0
AATTATAAGCTTTTTATGAACAAAATTATAGACATTT	0	128	1
AATTACTCAGTAATTATAAACAAAAATTAGCACTCAA	8	38	0
CATAAAAAGCTTATAATTAAGCATAAATGCTTAATTA	0	109	0
ATTTTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTAAAGAA	0	161	1
        GCTGGTTATTGTTAAAAGATAAAATTAGA	7	2	1
TGCTTAATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAATA	0	82	0
ACCCAGAAATTAATACTTAATCAAAAATGAAAATATT	0	235	1
ATCAATGGTTTTGTAATCATCAAAAACAGTTTTAAAA	4	152	0
AGTATAATTTTATTAATTAACTAGATAGTTGCAACAT	6	206	0
GATTCATCACTGCCAATTAAATAAAAATCAGCTGGTT	6	165	1
AATATAAATTTTAAAATTATTGAAATTTTTGACTGTG	9	24	1
TAGATACTATTATATATAACAGAAATTAATGATATTT	0	47	0
ACTGAGTAATTGTTATTGATCTAAAAAAAAAGT    	8	64	1
AAAAACAGCTTATTAATCTTGGAAAATTTACAAGTAA	6	75	0
          *  **** *   *** *
MAP Score: 24.4671

Motif 3
CAAGCACTACAAAGGTTTTATGAAGAATTATTTCAA	4	57	1
TATTTCAAATAGATTATTTAAGAAGATTTGAAAACA	4	85	1
ATGCTTAATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAA	0	84	0
AATTAATAAAAGTGAATTGAATAAAATTTTGGGAAA	0	272	1
TCGAATTTTAACAGTTTTTATAATCAAAACAGCTAA	1	209	1
TTGCATCCTTAGAGTGTTAATTATAATTCTTGCT  	5	8	0
CAAGTTCTTGAAAGATTTTAAAGAGATTAATTACTT	2	18	1
 ATAAATTTAATAGTGTTGAAAGACAAACATTATTA	3	9	1
ACCCAGAAATTAATACTTAATCAAAAATGAAAATAT	0	235	1
TTATCTAATTTTATCTTTTAACAATAACCAGC    	7	6	0
AATGTCTATAATTTTGTTCATAAAAAGCTTATAATT	0	128	0
TAACAATTACTCAGTAATTATAAACAAAAATTAGCA	8	43	0
AAATAAAAAAATAGAAATAAATATCATAACCCTTGA	0	197	1
ATTTACAAGTAACTGATTCAAAAAAACTCAGTGATC	6	51	0
TGTTGCAACTATCTAGTTAATTAATAAAATTATACT	6	207	1
ATCAAAAATGAAAATATTAATTAATAAAAGTGAATT	0	254	1
ATTATATATAACAGAAATTAATGATATTTTACATAT	0	40	0
ATAATAAATAATAGATATTAAAGAAAATAAAAAAAT	0	173	1
GTTAGTGCTGTTTTAATTGAAAAAAAACAGCTTATT	6	98	0
AATCAATGGTTTTGTAATCATCAAAAACAGTTTTAA	4	154	0
AATTAAGCATTTATGCTTAATTATAAGCTTTTTATG	0	110	1
TTAAATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAAATACC	1	161	0
TTCAACCGTTTACTTTTTTATGAACAAGCACTACAA	4	33	1
TAATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTGAAATTTT	9	17	1
   ACTTTTTTTTTAGATCAATAACAATTACTCAGT	8	64	0
CATCACTGCCAATTAAATAAAAATCAGCTGGTTTGT	6	169	1
          * **  ** ** ** *
MAP Score: 20.7621