AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all012_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238991
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG070	110	ribosomal protein S2 (rpS2)
#1	MG336	108	nitrogen fixation protein (nifS)
#2	MG433	85	elongation factor Ts (tsf)

Motif 1
GGCTTTTAGTTATTATCGAGTTTTATTGA    	0	6	0
AAAACCAAGGTTTTATGGCTTTTAGTTATTATC	0	22	0
AAAACCTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTA	0	41	1
TTTATAACAATATTATTGCAGTTTTACTGCATA	0	70	1
ATAACTTTAATCTCATTGATTTTTTAAAGAGAA	1	15	0
AACAATAAGCTTTAAATAACTTTAATCTCATTG	1	30	0
ATTTAAAGCTTATTGTTTAATTTACTTAAATTA	1	46	1
AGAATCTTTATCTTGTTAAATTAATACTTAACT	1	79	1
AGAACAATTATTTTAATAATTTTGGTAATTAAT	2	15	1
ATTAATAATTTCTTATTTACTATCTTATTAGTA	2	42	1
          * ***** * ***
MAP Score: 7.96434

Motif 2
GTAAAACTGCAATAATATTGTTATAAACAAGCTAAAAACC	0	57	0
ATAAGCTTTAAATAACTTTAATCTCATTGATTTTTTAAAG	1	19	0
TTATTTAAAGCTTATTGTTTAATTTACTTAAATTAAGAAT	1	44	1
TACTTAAATTAAGAATCTTTATCTTGTTAAATTAATACTT	1	68	1
ATCTTGTTAAATTAATACTTAACTGGTTTA          	1	88	1
      AGTTAAGAACAATTATTTTAATAATTTTGGTAAT	2	4	1
CTAATAAGATAGTAAATAAGAAATTATTAATTACCAAAAT	2	33	0
    TATTGCACTAAGCTTAATATTACTAATAAGATAGTA	2	59	0
          * ***   * *  * * * *
MAP Score: 6.97903