AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all012_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238994
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG069	300	PTS system, glucose-specific IIABC component (ptsG)
#1	MG070	110	ribosomal protein S2 (rpS2)
#2	MG335.2	58	conserved hypothetical protein
#3	MG336	108	nitrogen fixation protein (nifS)
#4	MG433	85	elongation factor Ts (tsf)

Motif 1
CATATGCTCTTTTAGTTGTTTTTGGAATTTT	0	27	1
AAGTCAAATCATTAGTAATTTGACCTTTCTT	0	119	0
GTTAATAAAATTTAGTAGTTTTAAA      	0	285	1
AATAAAACTAATTTGTTGTTTCTTTTTCATC	0	189	0
TTGACCTTTCTTTTGTTCTTTAAGTGAAATT	0	100	0
TTTTATGGCTTTTAGTTATTATCGAGTTTTA	1	14	0
TTTTGCTTGCAATAGTTTTTTTAATGCTAGG	0	219	1
TTACTATCTTATTAGTAATATTAAGCTTAGT	4	58	1
AATTTTGGTAATTAATAATTTCTTATTTACT	4	32	1
GAACAATTATTTTAATAATTTTGGTAATTAA	4	16	1
TTGGAATTTTATTAGTTCTAATTGGACTAGG	0	48	1
TTTTAAAATGTTTAATTATTAATATATAGCT	2	10	0
AAAACCTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTT	1	41	1
ATCTTGTTAAATTAATACTTAACTGGTTTA 	3	88	1
TTATTAAAATAATTGTTCTTAACT       	4	3	0
CTAAAAGAGCATATGTTGTTTGCATGCAACA	0	11	0
AATTCGATTATTTAATTTTATAAGACTTTTA	2	36	0
TCAATGAGATTAAAGTTATTTAAAGCTTATT	3	29	1
ACTGCAATAATATTGTTATAAACAAGCTAAA	1	61	0
          ******* ***
MAP Score: 24.6753

Motif 2
TGCAAACAACATATGCTCTTTTAGTTGTTTTTGGA	0	18	1
TTTTAGTTGTTTTTGGAATTTTATTAGTTCTAATT	0	36	1
TTCTAATTGGACTAGGATTTTTATTTTGAGCTTTA	0	63	1
CTTTTGTTCTTTAAGTGAAATTTTTAAAGCTCAAA	0	87	0
AGAACAAAAGAAAGGTCAAATTACTAATGATTTGA	0	112	1
GAAACAACAAATTAGTTTTATTTTTGCTTGCAATA	0	198	1
TTTTGCTTGCAATAGTTTTTTTAATGCTAGGAATA	0	219	1
AGCTGTTTGGTTAATAAAATTTAGTAGTTTTAAA 	0	276	1
CTTTTAGTTATTATCGAGTTTTATTGA        	1	2	0
AAACCAAGGTTTTATGGCTTTTAGTTATTATCGAG	1	19	0
AAAACCTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTATA	1	41	1
ATAACAATATTATTGCAGTTTTACTGCATAATGTA	1	73	1
AAGACTTTTAAAATGTTTAATTATTAATATATAGC	2	11	0
        TAATTCGATTATTTAATTTTATAAGAC	2	41	0
TTTAAAGCTTATTGTTTAATTTACTTAAATTAAGA	3	47	1
AGAATCTTTATCTTGTTAAATTAATACTTAACTGG	3	79	1
        AGTTAAGAACAATTATTTTAATAATTT	4	2	1
TATTTTAATAATTTTGGTAATTAATAATTTCTTAT	4	23	1
GGTAATTAATAATTTCTTATTTACTATCTTATTAG	4	38	1
TTACTATCTTATTAGTAATATTAAGCTTAGTGCAA	4	58	1
          *** *   ***** *
MAP Score: 16.3273

Motif 3
ACATATGCTCTTTTAGTTGTTTTTGGAATTTTATTAGTT	0	26	1
TTTGGAATTTTATTAGTTCTAATTGGACTAGGATTTTTA	0	47	1
TAATTTGACCTTTCTTTTGTTCTTTAAGTGAAATTTTTA	0	96	0
AGAAAGGTCAAATTACTAATGATTTGACTTCCAATAACT	0	120	1
AACAAATTAGTTTTATTTTTGCTTGCAATAGTTTTTTTA	0	203	1
CTTGCAATAGTTTTTTTAATGCTAGGAATAGGTGGACTT	0	224	1
GTTTTATGGCTTTTAGTTATTATCGAGTTTTATTGA   	1	7	0
GTTTTTAGCTTGTTTATAACAATATTATTGCAGTTTTAC	1	58	1
ATAACTTTAATCTCATTGATTTTTTAAAGAGAACTTAA 	3	9	0
AGAACAATTATTTTAATAATTTTGGTAATTAATAATTTC	4	15	1
ATTAATAATTTCTTATTTACTATCTTATTAGTAATATTA	4	42	1
          * *** *  *  * * * *
MAP Score: 12.8631

Motif 4
ACATATGCTCTTTTAGTTGTTTTTGGAATTTTATTAGTTCT	0	26	1
TCATTAGTAATTTGACCTTTCTTTTGTTCTTTAAGTGAAAT	0	101	0
ATAAAACTAATTTGTTGTTTCTTTTTCATCAACTCCCTCTA	0	178	0
TTAGTTTTATTTTTGCTTGCAATAGTTTTTTTAATGCTAGG	0	209	1
TCCTAAGCTGTTTGGTTAATAAAATTTAGTAGTTTTAAA  	0	271	1
GTTTTATGGCTTTTAGTTATTATCGAGTTTTATTGA     	1	5	0
AAAACCTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTATAACAATA	1	41	1
TTATTGCAGTTTTACTGCATAATGTAAAATTACACAGC   	1	82	1
TTTTAAAATGTTTAATTATTAATATATAGCT          	2	0	0
TAATTAAACATTTTAAAAGTCTTATAAAATTAAATAATCGA	2	23	1
TTAAGTTCTCTTTAAAAAATCAATGAGATTAAAGTTATTTA	3	10	1
ATTAAAGTTATTTAAAGCTTATTGTTTAATTTACTTAAATT	3	37	1
AGAACAATTATTTTAATAATTTTGGTAATTAATAATTTCTT	4	15	1
TAATTAATAATTTCTTATTTACTATCTTATTAGTAATATTA	4	40	1
          ***      * ** *  * **
MAP Score: 12.2015

Motif 5
CATATGCTCTTTTAGTTGTTTTTGGAATTTTA	0	27	1
TTGACCTTTCTTTTGTTCTTTAAGTGAAATTT	0	99	0
AAACAACAAATTAGTTTTATTTTTGCTTGCAA	0	199	1
TTTGCTTGCAATAGTTTTTTTAATGCTAGGAA	0	220	1
TCCTAAGCTGTTTGGTTAATAAAATTTAGTAG	0	271	1
TTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTATAACAATATT	1	52	1
TTTTAAAATGTTTAATTATTAATATATAGCT 	2	9	0
ATTCGATTATTTAATTTTATAAGACTTTTAAA	2	34	0
CTTTAATCTCATTGATTTTTTAAAGAGAACTT	3	12	0
TCAATGAGATTAAAGTTATTTAAAGCTTATTG	3	29	1
AGCTTATTGTTTAATTTACTTAAATTAAGAAT	3	52	1
TTAAGAATCTTTATCTTGTTAAATTAATACTT	3	76	1
AAATTAATACTTAACTGGTTTA          	3	96	1
GTAATTAATAATTTCTTATTTACTATCTTATT	4	39	1
  TATTGCACTAAGCTTAATATTACTAATAAG	4	65	0
          **** ** ****
MAP Score: 7.29628